Zprávy CEM (SZÚ, Praha) 2003; 12(4):184-193.

 

Novinky v taxonomii bakterií (č.7)

Zdena Páčová, Ivo Sedláček, Pavel Benda

 

      V taxonomickém okénku č. 7 předkládáme  v tabulce I přehled nových taxonů prokaryot (Bacteria, Archaea), validně publikovaných v International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) č. 4, 5 a 6 v r. 2001 a uvedených na validačních listech č. 81, 82 a 83 v témže časopise. Uvedeny jsou rovněž nové kombinace, které vznikly přeřazením dříve validně publikovaného druhu do nového rodu (původní jméno se stává synonymem). U nových kombinací neuvádíme informace týkající se výskytu.

     V textové části jsou uvedeny základní informace pouze k nově popsaným klinicky významným taxonům z tabulky I. Údaje zde uvedené mají informační charakter, se záměrem poukázat na novinky v taxonomii bakterií, které se vážou k problematice humánní klinické bakteriologie.

 

Základní informace k nově popsaným klinicky významným bakteriálním druhům

 

Acinetobacter ursingii, A. schindleri

      Gramnegativní tyčky, nesporulující, nepigmentující, aerobní, nehemolytické, rostoucí při 37 °C.

Význačné vlastnosti

      kataláza pozitivní

      oxidáza, fosfatáza negativní

      neokyselují glukózu

      neredukují nitráty

      nehydrolyzují želatinu

Výskyt

      humánní klinický materiál (krev, moč, rána, oko, ucho, hrtan, hnis, kůže, cervix, vagina)

Srovnávací materiál

      Acinetobacter ursingii CCM 7024 (typová kultura)

      Acinetobacter schindleri CCM 7027 (typová kultura)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                 C41     C37      Glt       Asr        

Acinetobacter ursingii                                                 -          +          +          +

Acinetobacter schindleri                                            +          +          +          -

Acinetobacter junii                                                     V          +          -           -

Acinetobacter johnsonii                                              -           -           -          V

Acinetobacter lwoffii                                                    -          V          -           -

 

Borrelia sinica

      Nový druh borrelií, příbuzný s druhy způsobujícímí lymskou borreliózu, izolovaný z hlodavců (Niviventer confucianus) a klíštěte (Ixodes ovatus) v provinciích Sichuan a Anhui v Číně, roste na BSKII mediu, obsahuje pouze 4 periplasmatické bičíky na obou koncích spirochety.

Rozlišovací metody

      PCR, RFLP

      SDS-PAGE

      Western blotting

      DNA-DNA hybridizace

 

Brevibacterium paucivorans

      Grampozitivní tyčky s difteroidním uspořádáním, nesporulující, nepohyblivé, nepigmentující, aerobní, fylogeneticky příbuzné druhu B. mcbrellneri.

Význačné vlastnosti

      kataláza, leucin arylamidáza pozitivní

      ureáza, pyrazinamidáza, alkalická fosfatáza, α-galaktosidáza, β-galaktosidáza, β-glukuronidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza negativní

      neredukuje nitráty

      neokyseluje ani neutilizuje žádný cukr

      nehydrolyzuje kasein, tyrozin, xantin

      roste při 37 °C

      neroste při 20 °C

Výskyt

      humánní klinický materiál (krev, cerebrospinální tekutina, absces třísla, výtok z ucha, rána), intravaskulární katétr

 

Základní rozlišující testy

                                                                                 C20     KAS     NO3     PYR     PYZ

Brevibacterium paucivorans                                      -           -           -           -           -

Brevibacterium casei                                                 +          +         (-)         V          +

Brevibacterium epidermidis                                       +          +         (+)         -          +

Brevibacterium iodinum                                             +          +          +          -          +

Brevibacterium linens                                                +          +          +          -          +

Brevibacterium mcbrellneri                                        -          +          -           -           -

Brevibacterium otitidis                                                -          +          -          +          +

 

 

Burkholderia ambifaria

      Gramnegativní rovné tyčky, nesporulující, aerobní, většinou β-hemolytické, rostoucí na MacConkey agaru, biochemicky podobné ostatním druhům B. cepacia komplexu a druhu B. gladioli, některé kmeny tohoto druhu jsou používány při testech fytopatogenity u hub.

Význačné vlastnosti

      kataláza, oxidáza, lysin dekarboxyláza, β-galaktosidáza pozitivní

      ureáza, ornithin dekarboxyláza, arginin dihydroláza negativní

      okyseluje glukózu, laktózu, maltózu, xylózu, adonitol, většinou sacharózu

roste při 30 a 37 °C

Výskyt

      pacientni s cystickou fibrózou (respirační trakt, sputum), prostředí (rhizosféra, půda)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                 C42     BGA     LYS     ORN    SUC    HEM

Burkholderia ambifaria                                               V          +          +          -          +          V

Burkholderia cepacia genomovar I                            V          +          +          V          +          -

Burkholderia cepacia genomovar VI                          +          +          -           -           -           -

Burkholderia cepacia genomovar III                         (+)         +          +          V          +          -

Burkholderia gladioli                                                   -          +          -           -           -          V

Burkholderia multivorans                                           +          +          V          -           -           -

Burkholderia stabilis                                                   -           -          +          +          -           -

Burkholderia vietnamiensis                                       +          +          +          -          +          V

 

Corynebacterium freneyi

      Grampozitivní koryneformní tyčky, nesporulující, nepigmentující, kolonie drsné, suché s nepravidelným okrajem, fylogeneticky příbuzné druhy C. xerosis a C. amycolatum.

Význačné vlastnosti

      kataláza, alkalická fosfatáza, α-glukosidáza, pyrazinamidáza pozitivní

      ureáza, pyrrolidonyl arylamidáza, β-glukuronidáza, β-galaktosidáza, N-acetyl- β-glukosaminidáza negativní

      okyseluje glukózu, maltózu, sacharózu

      neokyseluje xylózu, manitol, laktózu

      nehydrolyzuje eskulin, želatinu

Výskyt

      humánní klinický materiál (hnis z prstu, sperma, podkožní absces)

 

Základní rozlišující testy (od ostatních α-glukosidáza pozitivních druhů)

                                                                                URE     ESL     PYZ    aPHS    SUC

Corynebacterium freneyi                                           -           -          +          +          +

Corynebacterium amycolatum                                  V          -          +          +          V

Corynebacterium diphtheriae                                     -           -           -           -           -

Corynebacterium kutscheri                                       +          +          V          -          +

Corynebacterium pseudotuberculosis                      +          -           -                   V

Corynebacterium sundsvallense                              +          -                   V          +

Corynebacterium ulcerans                                        +          -           -           -           -

Corynebacterium xerosis                                          -           -          +          +          +

 

Enterobacter cowanii

      Gramnegativní tyčky, nesporulující, fakultativně anaerobní, fermentující, rostou na MacConkey agaru, některé kmeny tvoří žlutý pigment.

Význačné vlastnosti

      kataláza pozitivní

      oxidáza, ureáza, arginin dihydroláza, lysin dekarboxyláza,  ornitin dekarboxyláza, fenylalanin deamináza negativní

      okyseluje laktózu, sacharózu, rafinózu, sorbitol, dulcitol, salicin

      neokyseluje inositol

      utilizuje citrát

      neutilizuje malonát

      tvoří acetoin

      netvoří indol

      hydrolyzuje eskulin

Výskyt

      humánní klinický materiál (moč, sputum, krev, hnis), potraviny

Základní rozlišující testy

                                                                                 YEP     GLG      Mal      ESL     SOR     SAL

Enterobacter cowanii                                                 V          +          -          +          +          +

Rahnella aquatilis                                                       -          +          +          +          +          +

Pantoea agglomerans                                               +          -          +          +          -          +

Pantoea dispersa                                                       -           -           -           -           -           -

Erwinia carotovora                                                      -          V          +          +          -          +

 

Lactobacillus coleohominis

      Grampozitivní tyčky, nesporulující, nepigmentující, fakultativně anaerobní.

Význačné vlastnosti

      kataláza, oxidáza, ureáza, alkalická fosfatáza, β-glukosidáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza negativní

      kyselá fosfatáza (slabě), β-galaktosidáza, β-glukuronidáza (slabě) pozitivní

      neokyseluje laktózu, manitol, melibiózu, melezitózu, sorbitol, sacharózu, trehalózu, rafinózu

      nehydrolyzuje eskulin, hippurát, želatinu

      netvoří NH3 z argininu, acetoin

      neredukuje nitráty

      roste  při 45 °C

      neroste při 15 °C

Výskyt

      humánní klinický materiál (moč, vagina, cervix)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                MLB    BGR    BGL     VPT

Lactobacillus coleohominis                                        -          +          -           -

Lactobacillus oris                                                       +          -           -        +sl.

Lactobacillus panis                                                     -           -          +          +

Lactobacillus pontis                                                    -           -           -           -

Lactobacillus vaginalis                                               +          -           -           -

 

Mycobacterium doricum

      Grampozitivní, pomalu rostoucí tyčky, nesporulující, aerobní, acidoresistentní, skotochromogenní, tvořící sytě žluté, hladké kolonie.

Význačné vlastnosti

      ureáza, tellurit reduktáza pozitivní

      arylsulfatáza, β-glukosidáza, niacin negativní

      nehydrolyzuje Tween 80

      neroste při 45 °C, na MacConkey agaru

      citlivý na amikacin, azitromycin, claritromycin, ciprofloxacin, clofazimin, ethambutol, isoniazid, ofloxacin, rifabutin, rifampicin, sparfloxacin, streptomycin

Výskyt

      imunokompetentní pacient s AIDS (cerebrospinální tekutina)

 

Základní rozlišující testy (od některých skotochromogenních, pomalu rostoucích mykobakterií)

                                                                                 NO3     ARS     URE    TWE     C25     C45

Mycobacterium doricum                                           +          -          +          -          +          -

Mycobacterium bohemicum                                      -           -          +          -          V          -

Mycobacterium gordonae                                          -           -           -          +          +          -

Mycobacterium flavescens                                       +          +          -          +          +          -

Mycobacterium scrofulaceum                                   -           -          +          -          +          -

Mycobacterium xenopi                                              -          V          -           -           -          +

 

Mycobacterium immunogenum

      Grampozitivní, rychle rostoucí tyčky, zakřivené, nesporulující, nepigmentující, aerobní, acidoresistentní,  příbuzné s M. abscessus.

Význačné vlastnosti

      arylsulfatáza pozitivní

      neredukuje nitráty

      roste při 30 a 35 °C, na MacConkey agaru bez krystalové violeti

      neroste při 45 °C, v 5% NaCl

      neutilizuje citrát, sorbitol, inositol, manitol

      citlivé k amikacinu, claritromycinu

      rezistentní k cefoxitinu, cefmetazolu, ciprofloxacinu, doxycyklinu, imipenemu, sulfametoxazolu, tobramycinu

Výskyt

      humánní klinický materiál (krev, moč, kůže), nemocniční prostředí, intravenózní katétr, pneumonitida způsobená kontaminovanou kapalinou  při obrábění strojů.

 

Základní rozlišující testy

                                                                                ARS     NO3      Cit         5% NaCl

Mycobacterium immunogenum                                +          -           -                 -

Mycobacterium abscessus                                       +          -           -                +

Mycobacterium chelonae                                          +          -          +                -

 

Nocardia africana

      Grampozitivní, nokardioformní tyčky, nepohyblivé, tvořící větvené substrátové mycelium, aerobní, kolonie oranžové, drsné.

Význačné vlastnosti

      utilizuje propionát

      neutilizuje manitol, rhamnózu, sorbitol, citrát, acetát

      redukuje nitráty

      hydrolyzuje kasein, tyrozin, xantin

      nehydrolyzuje eskulin, ureu, arbutin, elastin

Výskyt

      sputum (pacienti s plicním onemocněním)

Základní rozlišující testy

                                                                                ESL    KAS    Rha     Man      Cit         

Nocardia africana                                                     -          +          -           -           -

Nocardia asteroides                                               +          -           -          +          +

Nocardia brasiliensis                                              +          +          -          +          +

Nocardia farcinica                                                   +          -          +          -           -

Nocardia otitidiscaviarum                                      +          -           -          +          -

Nocardia transvalensis                                          +          -          +          +          -

 

Nocardia cyriacigeorgica (popsána jako N. cyriacigeorgici)

      Grampozitivní, nokardioformní tyčky, tvořící vzdušné i substrátové mycelium, aerobní (popis na základě jednoho kmene).

Význačné vlastnosti

      utilizuje sacharózu, acetamid, acetát, glukonát

      neutilizuje většinu cukrů, např. glukózu, laktózu, maltózu, trehalózu, xylózu, manitol, sorbitol

      hydrolyzuje eskulin, ureu

      nehydrolyzuje kasein, elastin, tyrozin, xantin, želatinu

Výskyt

      bronchiální sekret (pacient  s chronickou bronchitidou)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                ESL     Suc     Rha      Cit      Ace

Nocardia cyriacigeorgica                                       +          +          -           -          +

Nocardia abscessus                                               -          +          V          +          -

Nocardia asteroides                                               +          +          -           -           -

Nocardia brasiliensis                                              +          V          -          +          -

Nocardia paucivorans                                             -           -           -           -           -

Nocardia vaccinii                                                    V          -          V          +          -

Nocardia veterana                                                 NT         -          +          -           -

 

Olsenella profusa, O. uli

      Grampozitivní tyčky, malé, eliptické, nesporulující, striktně anaerobní, fermentující glukózu na kyselinu mléčnou a octovou, druh O. uli byl původně popsán jako Lactobacillus uli.

Význačné vlastnosti

      kataláza, ureáza negativní

      neredukují nitráty

      netvoří indol, sirovodík

      hydrolyzují většinou eskulin

      nehydrolyzují želatinu

Výskyt

      humánní klinický materiál (ústní dutina), pravděpodobně bachor hovězího dobytka

 

Základní rozlišující testy

                                                                                ARG     ARA     MAN     MLB     RAF

Olsenella profusa                                                       -          +          +          +          +

Olsenella uli                                                               +          -           -           -           -

 

Ralstonia taiwanensis

      Gramnegativní tyčky, nesporulující, aerobní, nefermentující, nepigmentující.

Význačné vlastnosti

      kataláza, oxidáza, alkalická a kyselá fosfatáza, leucin arylamidáza pozitivní

      ureáza, DNáza, amyláza, α-galaktosidáza, β-galaktosidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza, N-acetyl- β-glukosaminidáza negativní

      neokyseluje glukózu, fruktózu, maltózu, adonitol

      roste při 30 a 37 °C

      neroste při 42 °C, v 3% NaCl, na cetrimidovém agaru

      hydrolyzuje eskulin, Tween 80

      redukuje nitráty

      netvoří indol

Výskyt

      kořenové hlízky (Mimosa pudica, Mimosa diplotricha), humánní klinický materiál (sputum, pacient s cystickou fibrózou)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                 OXI      C42     FRU     NO3     URE    TWE

Ralstonia taiwanensis                                                +          -           -          +          -          +

Ralstonia basilensis                                                   +          -           -           -          +          +

Ralstonia eutropha                                                     +          +          -          +          -        +sl.

Ralstonia gilardii                                                         -           -          +          -           -           -

Ralstonia mannitolilytica                                            +          +          +          -          +          +

Ralstonia paucula                                                      +          +          -           -          +          +

Ralstonia pickettii                                                       -          +          +          +          V          +

Ralstonia solanacearum                                            +          -           -          +          V          -

 

Streptococcus australis

      Grampozitivní koky v krátkých řetízcích, nesporulující, nepohyblivé, fakultativně anaerobní, α-hemolytické, patří do skupiny orálních streptokoků, nejblíže příbuzné druhy Str. parasanguinis a Str. infantis.

Význačné vlastnosti

      arginin dihydroláza, alkalická fosfatáza pozitivní

      kataláza, ureáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza, α-galaktosidáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza negativní

      okyseluje laktózu, sacharózu, maltózu

      neokyseluje ribózu, manitol, sorbitol, trehalózu, rafinózu, melibiózu, melezitózu, D,L-arabinózu

      roste při 45 °C

      neroste v 6,5% NaCl

      netvoří acetoin

      nehydrolyzuje hippurát

Výskyt

      humánní klinický materiál (sliny, dutina ústní u dětí)

 

Základní rozlišující testy (od některých viridujících streptokoků)

                                                                                ARG     BGL    aPHS    TRE     PUL     TAG

Streptococcus australis                                             +          -          +          -          +          -

Streptococcus parasanguinis                                    +          +          +          +          -          +

Streptococcus infantis                                               -           -           -           -          +          +

Streptococcus mitis                                                   -           -           -           -          +          -

Streptococcus oralis                                                  -           -          +          +          -           -

Streptococcus sanguinis                                           +          +          -          +          +          -

Streptococcus gordonii                                              +          +          +          +          -          +

 

Tropheryma whipplei

Krátké, někdy delší tyčky, barvící se gramnegativně i když složení buněčné stěny a obsah G+C odpovídá grampozitivním bakteriím, nepohyblivé, kultivace na tkáňových kulturách (roste na HEL a MRC-5 buňkách s 10% fetálního telecího séra s L-glutaminem při 37 °C, v atmosféře 5% CO2), v přítomnosti živých eukaryotických buněk tvoří 2 morfologické formy (extra a intracelulární), způsobuje systemickou bakteriální infekci, zvanou jako „Whipple´s disease“.

Výskyt

      myokarditida, perikarditida, endokarditida, postižení centrálního nervového systému

Rozlišovací  metody

      mikroimunofluorescence

      SDS-PAGE

      Western blotting

      PCR

      sekvencování genu pro 16S rRNA

 

Vysvětlivky:

Ace = utilizace acetamidu; aPHS = alkalická fosfatáza; ARG = arginin dihydroláza; ARA = okyselování arabinózy; ARS = arylsulfatáza (3 dny); Asr = utilizace aspartátu;  BGA = β-galaktosidáza; BGL = β-glukosidáza; BGR = β-glukuronidáza; C20 = růst při 20 °C; C25 = růst při 25 °C; C37 = růst při 37 °C; C41 = růst při 41 °C; C42 = růst při 42 °C; C45 = růst při 45 °C; Cit = utilizace citrátu; ESL = hydrolýza eskulinu; FRU = okyselování fruktózy; GLG = plyn z glukózy; Glt = utilizace glutarátu; HEM = β-hemolýza; KAS = hydrolýza kaseinu; LYS = dekarboxylace lysinu; Mal = utilizace malonátu; MAN = okyselování manitolu; Man = utilizace manitolu; MLB = okyselování melibiózy; 5% NaCl = růst v 5% NaCl; NO3 = redukce nitrátů; NT = netestováno; ORN = dekarboxylace ornithinu; OXI = oxidáza; PYR = pyrrolidonyl peptidáza; PUL = okyselování pullulanu; PYZ = pyrazinamidáza; RAF = okyselování rafinózy; Rha = utilizace rhamnózy; SAL = okyselování salicinu; SOR = okyselování sorbitolu; SUC = okyselování sacharózy; Suc = utilizace sacharózy; TAG = okyselování tagatózy; TRE = okyselování trehalózy; TWE = hydrolýza Tweenu 80; URE = ureáza; VPT = Voges-Proskauer test (tvorba acetoinu); YEP = žlutý pigment; + = 90-100% pozitivních reakcí; (+) = 80-90% pozitivních reakcí; +sl. = slabě pozitivní reakce; V = 20-80% pozitivních reakcí; (-) = 10-20% pozitivních reakcí; - = 0-10% pozitivních reakcí

 

Zdena Páčová

Ivo Sedláček

Pavel Benda

Česká sbírka mikroorganismů

Přírodovědecká fakulta

Masarykovy univerzity, Brno

 

 

Charakteristika rizikových skupin 1 až 2 dle patogenity mikroorganismů

1 Mikroorganismy, u nichž je malá pravděpodobnost, že vyvolají onemocnění lidí nebo zvířat.

2 Mikroorganismy, které mohou být příčinou onemocnění lidí a/nebo zvířat. Existuje proti nim obvykle účinná profylaxe a způsobená onemocnění jsou léčitelná.

? Údaje o patogenitě nejsou známy.

 

 

Tabulka : Nové druhy prokaryot včetně nomeklatorických změn

 (červenec 2001 až prosinec  2001)                  

 

 

 

     

Druh

Původní označení

Riziková skupina

Výskyt

Autor

Citace v IJSEM

Acinetobacter schindleri

 

?

humánní klinický materiál

Nemec et al. 2001

51:1898

Acinetobacter ursingii

 

?

humánní klinický materiál

Nemec et al. 2001

51:1898

Actinomyces suimastitidis

 

?

mastitida prasat

Hoyles et al. 2001

51:1326

Agreia bicolorata

 

?

hálky rostlin, nematoda

Evtushenko et al. 2001

51:2077

Agromyces bracchium

 

?

půda v rhizosféře mangrovů

Takeuchi and Hatano 2001

51:1536

Agromyces luteolus

 

?

půda v rhizosféře mangrovů

Takeuchi and Hatano 2001

51:1535

Agromyces rhizosphaerae

 

?

půda a kořeny v rhizosféře mangrovů

Takeuchi and Hatano 2001

51:1536

Alcaligenes faecalis  subsp. parafaecalis

 

?

prostředí

Schroll et al. 2001

51:1619

Alkalilimnicola halodurans

 

?

sediment sodného jezera

Yakimov et al. 2001

51:2142

Alkaliphilus transvaalensis

 

?

voda v hlubinném dolu na zlato

Takai et al. 2001

51:1254

Anaerococcus hydrogenalis

<- Peptostreptococcus hydrogenalis

1

 

(Ezaki et al. 1990) Ezaki et al. 2001

51:1526

Anaerococcus lactolyticus

<- Peptostreptococcus lactolyticus

1

 

(Li et al. 1992) Ezaki et al. 2001

51:1527

Anaerococcus octavius

<- Peptostreptococcus octavius

1

 

(Murdoch et al. 1997) Ezaki et al. 2001

51:1527

Anaerococcus prevotii

<- Peptostreptococcus prevotii

2

 

(Foubert and Douglas 1948) Ezaki et al. 2001

51:1526

Anaerococcus tetradius

<- Peptostreptococcus tetradius

1

 

(Ezaki et al. 1983) Ezaki et al. 2001

51:1526

Anaerococcus vaginalis

<- Peptostreptococcus vaginalis

2

 

(Li et al. 1992) Ezaki et al. 2001

51:1527

Anaplasma phagocytophila

<- Ehrlichia phagocytophila

2

 

(Foggie 1949) Dumler et al. 2001

51:2158

Arenibacter latericius

 

?

mořské sedimenty, sumýši, řasy

Ivanova et al. 2001

51:1994

Bacillus sonorensis

 

?

pouštní půda

Palmisano et al. 2001

51:1678

Bartonella schoenbuchensis

 

?

jelení krev

Dehio et al. 2001

51:1563

Bordetella petrii

 

?

anaerobní bioreaktor s říčním sedimentem

von Wintzingerode et al. 2001

51:1263

Borrelia sinica

 

?

hlodavci, klíšťata

Masuzawa et al. 2001

51:1823

Brevibacterium paucivorans

 

?

humánní klinický materiál

Wauters et al. 2001

51:1706

Burkholderia ambifaria

 

?

prostředí, humánní klinický materiál

Coenye et al. 2001

51:1488

Burkholderia sacchari

 

?

půda z plantáže s cukrovou třtinou

Brämer et al. 2001

51:1711

Caloranaerobacter azorensis

 

?

hlubokomořský hydrotermální průduch

Wery et al. 2001

51:1795

Chromohalobacter canadensis

<- Halomonas canadensis

1

 

(Huval et al. 1996) Arahal et al. 2001

51:1447

Chromohalobacter israelensis

<- Halomonas israelensis

1

 

(Huval et al. 1996) Arahal et al. 2001

51:1447

Chromohalobacter salexigens

 

?

prostředí solivaru

Arahal et al. 2001

51:1460

Clostridium saccharobutylicum

 

?

průmyslová fermentace

Keis et al. 2001

51:2101

Clostridium saccharoperbutylaceton

 

?

průmyslová fermentace

Keis et al. 2001

51:2101

Corynebacterium felinum

 

?

uhynulá divoká zvířata

Collins et al. 2001

51:1351

Corynebacterium freneyi

 

?

humánní klinický materiál

Renaud et al. 2001

51:1728

Corynebacterium testudinoris

 

?

nekrotické léze v tlamě želvy

Collins et al. 2001

51:1351

Crossiella cryophila

<- Saccharothrix cryophilis

1

 

(Labeda and Lechevalier 1989) Labeda 2001

51:1579

Cryptosporangium aurantiacum

 

?

obdělávaná půda

Tamura and Hatano 2001

51:2124

Cryptosporangium minutisporangium

<- Actinoplanes minutisporangius

1

 

(Ruan et al. 1986) Tamura and Hatano 2001

51:2123

Desulfomusa hansenii

 

?

kořeny mořských makrofytů

Finster et al. 2001

51:2060

Desulforegula conservatrix

 

?

sediment sladkovodního jezera

Rees and Patel 2001

51:1915

Desulfurococcus amylolyticus

 

?

termální prameny

Bonch-Osmolovskaya et al. 2001

51:1619

Ehrlichia ruminantium

<- Cowdria ruminantium

2

 

(Cowdry 1925) Dumler et al. 2001

51:2158

Enterobacter cowanii

 

?

humánní klinický materiál, potraviny

Inoue et al. 2001

51:1619

Enterococcus haemoperoxidus

 

?

sladká voda

Svec et al. 2001

51:1571

Enterococcus moraviensis

 

?

sladká voda

Svec et al. 2001

51:1572

Enterococcus porcinus

 

?

střevní trakt a feces prasat

Teixeira et al. 2001

51:1742

Enterococcus ratti

 

?

střevní trakt a feces potkanů

Teixeira et al. 2001

51:1742

Facklamia miroungae

 

?

mládě rypouše sloního

Hoyles et al. 2001

51:1403

Flavobacterium frigidarium

 

?

mořské sedimenty (Antarktida)

Humphry et al. 2001

51:1242

Fusobacterium equinum

 

?

ústní dutina koní

Dorsch et al. 2001

51:1962

Gallicola barnesae

<- Peptostreptococcus barnesae

1

 

(Schiefer-Ullrich and Andreesen 1986) Ezaki et al. 2001

51:1527

Geobacillus caldoxylosilyticus

<- Saccharococcus caldoxylosilyticus

?

 

(Ahmad et al. 2000) Fortina et al. 2001

51:2069

Geobacter bremensis

 

?

sladkovodní sediment

Straub and Buchholz-Cleven 2001

51:1807

Geobacter pelophilus

 

?

sladkovodní sediment

Straub and Buchholz-Cleven 2001

51:1807

Globicatella sulfidifaciens

 

?

veterinární klinický materiál

Vandamme et al. 2001

51:1748

Gluconacetobacter azotocaptans

 

?

rhizosféra kávovníků

Fuentes-Ramírez et al. 2001

51:1312

Gluconacetobacter johannae

 

?

rhizosféra kávovníků

Fuentes-Ramírez et al. 2001

51:1312

Halomonas maura

 

?

půda ve slunečním solivaru

Bouchotroch et al. 2001

51:1630

Helicobacter ganmani

 

?

střevní trakt laboratorních myší

Robertson et al. 2001

51:1888

Hydrogenobacter hydrogenophilus

<- Calderobacterium hydrogenophilum

1

 

(Kryukov et al. 1984) Stöhr et al. 2001

51:1860

Hydrogenobacter subterraneus

 

?

voda v geotermálním hlubinném prostředí

Takai et al. 2001

51:1433

Hydrogenobaculum acidophilum

<- Hydrogenobacter acidophilus

1

 

(Shima and Suzuki 1993) Stöhr et al. 2001

51:1860

Hydrogenothermus marinus

 

?

geotermální sediment

Stöhr et al. 2001

51:1861

Jeotgalibacillus alimentarius

 

?

fermentovaná potravina

Yoon et al. 2001

51:2092

Kitasatospora cineracea

 

?

půda

Tajima et al. 2001

51:1770

Kitasatospora niigatensis

 

?

půda

Tajima et al. 2001

51:1770

Lachnobacterium bovis

 

?

bachor a feces skotu

Whitford et al. 2001

51:1980

Lactobacillus coleohominis

 

?

humánní klinický materiál

Nikolaitchouk et al. 2001

51:2084

Lamprocystis purpurea

<- Pfennigia purpurea

1

 

(Eichler and Pfennig 1989) Imhoff 2001

51:1700

Legionella beliardensis

 

?

voda

Lo Presti et al. 2001

51:1956

Legionella gresilensis

 

?

voda

Lo Presti et al. 2001

51:1956

Limnobacter thiooxidans

 

?

sladkovodní jezerní sediment

Spring et al. 2001

51:1469

Marinibacillus marinus

<- Bacillus marinus

1

 

(Rüger and Richter 1979) Yoon et al. 2001

51:2092

Methanoculleus chikugoensis

 

?

půda rýžových polí

Dianou et al. 2001

51:1667

Methanofollis aquaemaris

 

?

chovná nádrž s mořskou vodou

Lai and Chen 2001

51:1878

Methylomicrobium buryatense

 

?

sodné jezero

Kaluzhnaya et al. 2001

51:1945

Methylovorus mays

 

?

rostlinný materiál

Doronina et al. 2001

51:1619

Microbacterium foliorum

 

?

rostlinný materiál

Behrendt et al. 2001

51:1273

Microbacterium gubbeenense

 

?

povrch sýrů

Brennan et al. 2001

51:1974

Microbacterium phyllosphaerae

 

?

rostlinný materiál

Behrendt et al. 2001

51:1273

Microbacterium resistens

<- Aureobacterium resistens

?

 

(Funke et al. 1998) Behrendt et al. 2001

51:1275

Muricauda ruestringensis

 

?

pobřežní mořský sediment

Bruns et al. 2001

51:2005

Mycobacterium doricum

 

?

humánní klinický materiál

Tortoli et al. 2001

51:2011

Mycobacterium frederiksbergense

 

?

půda

Willumsen et al. 2001

51:1719

Mycobacterium immunogenum

 

?

humánní klinický materiál

Wilson et al. 2001

51:1762

Natrialba chahannaoensis

 

?

sodné jezero

Xu et al. 2001

51:1697

Natrialba hulunbeirensis

 

?

sodné jezero

Xu et al. 2001

51:1696

Natronobacterium nitratireducens

 

?

sodné jezero

Xin et al. 2001

51:1828

Neochlamydia hartmannellae

 

?

endoparazit améby

Horn et al. 2001

51:1229

Neorickettsia risticii

<- Ehrlichia risticii

2

 

(Holland et al. 1985) Dumler et al. 2001

51:2159

Neorickettsia sennetsu

<- Rickettsia sennetsu

2

 

(Misao and Kobayashi 1956) Dumler et al. 2001

51:2159

Nitrosomonas aestuarii

 

?

voda v ústí řek, mořská voda

Koops et al. 2001

51:1945

Nitrosomonas communis

 

?

půda

Koops et al. 2001

51:1945

Nitrosomonas eutropha

 

?

odpadní voda, prostředí

Koops et al. 2001

51:1945

Nitrosomonas halophila

 

?

mořské prostředí

Koops et al. 2001

51:1945

Nitrosomonas marina

 

?

mořská voda, slaná jezera

Koops et al. 2001

51:1945

Nitrosomonas nitrosa

 

?

prostředí

Koops et al. 2001

51:1945

Nitrosomonas oligotropha

 

?

odpadní vody

Koops et al. 2001

51:1945

Nitrosomonas ureae

 

?

půda, sladká voda

Koops et al. 2001

51:1945

Nocardia africana

 

?

humánní klinický materiál

Hamid et al. 2001

51:1229

Nocardia beijingensis

 

?

půda

Wang et al. 2001

51:1785

Nocardia cummidelens

 

?

prostředí

Maldonado et al. 2001

51:1619

Nocardia cyriacigeorgica

 

?

humánní klinický materiál

Yassin et al. 2001

51:1422

Nocardia fluminea

 

?

prostředí

Maldonado et al. 2001

51:1619

Nocardia ignorata

 

?

neznámý

Yassin et al. 2001

51:2130

Nocardia soli

 

?

prostředí

Maldonado et al. 2001

51:1619

Nonomuraea dietziae

 

?

půda

Stackebrandt et al. 2001

51:1439

Novosphingobium aromaticivorans

<- Sphingomonas aromaticivorans

1

 

(Balkwill et al. 1997) Takeuchi et al. 2001

51:1415

Novosphingobium capsulatum

<- Sphingomonas capsulata

1

 

(Leifson 1962) Takeuchi et al. 2001

51:1415

Novosphingobium rosa

<- Sphingomonas rosa

1

 

(Takeuchi et al. 1995) Takeuchi et al. 2001

51:1415

Novosphingobium stygium

<- Sphingomonas stygia

1

 

(Balkwill et al. 1997) Takeuchi et al. 2001

51:1415

Novosphingobium subarcticum

<- Sphingomonas subarctica

1

 

(Nohynek et al. 1996) Takeuchi et al. 2001

51:1415

Novosphingobium subterraneum

<- Sphingomonas subterranea

1

 

(Balkwill et al. 1997) Takeuchi et al. 2001

51:1415

Olsenella profusa

 

?

humánní klinický materiál

Dewhirst et al. 2001

51:1803

Olsenella uli

<- Lactobacillus uli

2

 

(Olsen et al. 1991) Dewhirst et al. 2001

51:1803

Opitutus terrae

 

?

půda rýžových polí

Chin et al. 2001

51:1968

Paenibacillus azoreducens

 

?

průmyslová odpadní voda

Meehan et al. 2001

51:1684

Paenibacillus jamilae

 

?

odpadní voda při mletí oliv

Aguilera et al. 2001

51:1691

Paracoccus kondratievae

 

?

rostlinný materiál

Doronina and Trotsenko 2001

51:1619

Peptoniphilus asaccharolyticus

<- Peptostreptococcus asaccharolyticus

2

 

(Distaso 1912) Ezaki et al. 2001

51:1525

Peptoniphilus harei

<- Peptostreptococcus harei

2

 

(Murdoch et al. 1997) Ezaki et al. 2001

51:1526

Peptoniphilus indolicus

<- Peptostreptococcus indolicus

2

 

(Christiansen 1934) Ezaki et al. 2001

51:1525

Peptoniphilus ivorii

<- Peptostreptococcus ivorii

2

 

(Murdoch et al. 1997) Ezaki et al. 2001

51:1526

Peptoniphilus lacrimalis

<- Peptostreptococcus lacrimalis

2

 

(Li et al. 1992) Ezaki et al. 2001

51:1526

Pigmentiphaga kullae

 

?

půda

Blümel et al. 2001

51:1870

Planococcus alkanoclasticus

 

?

mořský pobřežní sediment

Engelhardt et al. 2001

51:1229

Planomicrobium koreense

 

?

fermentovaná potravina

Yoon et al. 2001

51:1518

Planomicrobium mcmeekinii

<- Planococcus mcmeekinii

?

 

(Junge et al. 1998) Yoon et al. 2001

51:1519

Planomicrobium okeanokoites

<- Planococcus okeanokoites

1

 

(ZoBell and Upham 1944) Yoon et al. 2001

51:1518

Propionibacterium microaerophilum

 

?

odpadní voda v mlýnu na olivy

Koussémon et al. 2001

51:1380

Pseudoalteromonas ulvae

 

?

povrch mořských řas

Egan et al. 2001

51:1503

Pseudomonas kilonensis

 

?

zemědělská půda

Sikorski et al. 2001

51:1554

Pseudonocardia kongjuensis

 

?

půda v dole na zlato

Lee et al. 2001

51:1509

Psychrobacter proteolyticus

 

?

drobný mořský korýš

Denner et al. 2001

51:1619

Ralstonia campinensis

 

?

průmyslové prostředí

Goris et al. 2001

51:1780

Ralstonia metallidurans

 

?

průmyslové prostředí, důl, odpadní voda

Goris et al. 2001

51:1780

Ralstonia taiwanensis

 

?

kořenové hlízky, humánní klinický materiál

Chen et al. 2001

51:1734

Rhodoblastus acidophilus

<- Rhodopseudomonas acidophila

1

 

(Pfennig 1969) Imhoff 2001

51:1865

Salana multivorans

 

?

anaerobní bioreaktor

von Wintzingerode et al. 2001

51:1660

Samsonia erythrinae

 

?

nekrotické léze stromů

Sutra et al. 2001

51:1301

Selenihalanaerobacter shriftii

 

?

sedimenty (Mrtvé moře)

Switzer Blum et al. 2001

51:1229

Sphingobium chlorophenolicum

<- Sphingomonas chlorophenolica

1

 

(Nohynek et al. 1996) Takeuchi et al. 2001

51:1415

Sphingobium herbicidovorans

<- Sphingomonas herbicidovorans

1

 

(Zipper et al. 1997) Takeuchi et al. 2001

51:1415

Sphingobium yanoikuyae

<- Sphingomonas yanoikuyae

1

 

(Yabuuchi et al. 1990) Takeuchi et al. 2001

51:1415

Sphingomonas aquatilis

 

?

přírodní minerální voda

Lee et al. 2001

51:1495

Sphingomonas koreensis

 

?

přírodní minerální voda

Lee et al. 2001

51:1496

Sphingomonas taejonensis

 

?

přírodní minerální voda

Lee et al. 2001

51:1497

Sphingopyxis macrogoltabida

<- Sphingomonas macrogoltabidus

1

 

(Takeuchi et al. 1993) Takeuchi et al. 2001

51:1416

Sphingopyxis terrae

<- Sphingomonas terrae

1

 

(Takeuchi et al. 1993) Takeuchi et al. 2001

51:1416

Streptococcus australis

 

?

lidské sliny

Willcox et al. 2001

51:1281

Streptomyces asiaticus

 

?

kořeny rostlin

Sembiring et al. 2001

51:1619

Streptomyces cangkringensis

 

?

kořeny rostlin

Sembiring et al. 2001

51:1619

Streptomyces indonesiensis

 

?

kořeny rostlin

Sembiring et al. 2001

51:1619

Streptomyces javensis

 

?

kořeny rostlin

Sembiring et al. 2001

51:1619

Streptomyces rhizosphaericus

 

?

kořeny rostlin

Sembiring et al. 2001

51:1619

Streptomyces yogyakartensis

 

?

kořeny rostlin

Sembiring et al. 2001

51:1619

Tenacibaculum amylolyticum

 

?

zelená řesa

Suzuki et al. 2001

51:1650

Tenacibaculum maritimum

<- Flexibacter maritimus

2

 

(Wakabayashi et al. 1986) Suzuki et al. 2001

51:1650

Tenacibaculum mesophilum

 

?

mořská houba

Suzuki et al. 2001

51:1650

Tenacibaculum ovolyticum

<- Flexibacter ovolyticus

2

 

(Hansen et al. 1992) Suzuki et al. 2001

51:1650

Thalassomonas viridans

 

?

ústřice (Středozemní moře)

Macián et al. 2001

51:1288

Thermoanaerobacter tengcongensis

 

?

horké zřídlo

Xue et al. 2001

51:1340

Thermoanaerobacter yonseiensis

 

?

geotermální horký pramen

Kim et al. 2001

51:1546

Thermococcus litoralis

 

?

mořské prostředí

Neuner et al. 2001

51:1619

Thermococcus sibiricus

 

?

ropný rezervoár

Miroshnichenko et al. 2001

51:1619

Thermoproteus uzoniensis

 

?

pevninské horké prameny

Bonch-Osmolovskaya et al. 2001

51:1619

Thermosipho geolei

 

?

voda s ropou v ropném rezervoáru

L'Haridon et al. 2001

51:1332

Thermotoga naphthophila

 

?

voda z ropné nádrže

Takahata et al. 2001

51:1907

Thermotoga petrophila

 

?

voda z ropné nádrže

Takahata et al. 2001

51:1907

Tropheryma whipplei

 

?

humánní klinický materiál

La Scola et al. 2001

51:1478

Vibrio agarivorans

 

?

mořská voda

Macián et al. 2001

51:2035

Vibrio lentus

 

?

ústřice (pobřeží Středozemního moře)

Macián et al. 2001

51:1454

Vibrio shilonii

 

?

mořský korál (Středozemní moře)

Kushmaro et al. 2001

51:1387

Virgisporangium aurantiacum

 

?

půda

Tamura et al. 2001

51:1815

Virgisporangium ochraceum

 

?

půda

Tamura et al. 2001

51:1815

Xenophilus azovorans

 

?

půda

Blümel et al. 2001

51:1835