Novinky v taxonomii bakterií (č.7)
![]()
V taxonomickém okénku č. 7
předkládáme v tabulce I přehled
nových taxonů prokaryot (Bacteria,
Archaea), validně publikovaných v International Journal of Systematic
and Evolutionary Microbiology (IJSEM) č. 4, 5 a 6 v r. 2001 a uvedených na
validačních listech č. 81, 82 a 83 v témže časopise. Uvedeny jsou rovněž
nové kombinace, které vznikly přeřazením dříve validně publikovaného druhu do
nového rodu (původní jméno se stává synonymem). U nových kombinací neuvádíme
informace týkající se výskytu.
V textové části jsou uvedeny základní informace pouze k nově
popsaným klinicky významným taxonům z tabulky I. Údaje zde uvedené mají
informační charakter, se záměrem poukázat na novinky v taxonomii bakterií,
které se vážou k problematice humánní klinické bakteriologie.
Základní informace k nově popsaným
klinicky významným bakteriálním druhům
Acinetobacter
ursingii, A. schindleri
Gramnegativní tyčky, nesporulující,
nepigmentující, aerobní, nehemolytické, rostoucí při 37 °C.
Význačné
vlastnosti
kataláza pozitivní
oxidáza, fosfatáza negativní
neokyselují
glukózu
neredukují
nitráty
nehydrolyzují
želatinu
Výskyt
humánní klinický materiál (krev, moč, rána, oko, ucho,
hrtan, hnis, kůže, cervix, vagina)
Srovnávací materiál
Acinetobacter
ursingii CCM 7024
(typová kultura)
Acinetobacter schindleri CCM 7027 (typová kultura)
Základní rozlišující testy
C41 C37 Glt Asr
Acinetobacter ursingii - + + +
Acinetobacter schindleri + + + -
Acinetobacter junii V + - -
Acinetobacter johnsonii - - - V
Acinetobacter
lwoffii - V - -
Borrelia
sinica
Nový druh borrelií, příbuzný s druhy
způsobujícímí lymskou borreliózu, izolovaný z hlodavců (Niviventer confucianus) a klíštěte (Ixodes ovatus) v provinciích
Sichuan a Anhui v Číně, roste na BSKII mediu, obsahuje pouze 4
periplasmatické bičíky na obou koncích spirochety.
Rozlišovací metody
PCR, RFLP
SDS-PAGE
Western
blotting
DNA-DNA
hybridizace
Brevibacterium
paucivorans
Grampozitivní tyčky s difteroidním
uspořádáním, nesporulující, nepohyblivé, nepigmentující, aerobní, fylogeneticky
příbuzné druhu B. mcbrellneri.
Význačné vlastnosti
kataláza, leucin arylamidáza pozitivní
ureáza,
pyrazinamidáza, alkalická fosfatáza, α-galaktosidáza,
β-galaktosidáza, β-glukuronidáza, α-glukosidáza,
β-glukosidáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza negativní
neredukuje nitráty
neokyseluje ani neutilizuje
žádný cukr
nehydrolyzuje kasein, tyrozin, xantin
roste při 37 °C
neroste při 20 °C
Výskyt
humánní klinický materiál (krev,
cerebrospinální tekutina, absces třísla, výtok z ucha, rána),
intravaskulární katétr
Základní rozlišující testy
C20 KAS NO3 PYR PYZ
Brevibacterium paucivorans - - - - -
Brevibacterium casei + + (-) V +
Brevibacterium epidermidis + + (+) - +
Brevibacterium iodinum + + + - +
Brevibacterium linens + + + - +
Brevibacterium mcbrellneri - + - - -
Brevibacterium
otitidis - + - + +
Burkholderia
ambifaria
Gramnegativní rovné tyčky, nesporulující,
aerobní, většinou β-hemolytické, rostoucí na MacConkey agaru, biochemicky
podobné ostatním druhům B. cepacia komplexu
a druhu B. gladioli, některé kmeny tohoto
druhu jsou používány při testech fytopatogenity u hub.
Význačné
vlastnosti
kataláza, oxidáza, lysin dekarboxyláza, β-galaktosidáza
pozitivní
ureáza, ornithin dekarboxyláza, arginin
dihydroláza negativní
okyseluje
glukózu, laktózu,
maltózu, xylózu, adonitol, většinou sacharózu
roste při 30 a 37 °C
Výskyt
pacientni s cystickou fibrózou (respirační trakt,
sputum), prostředí (rhizosféra, půda)
Základní rozlišující testy
C42 BGA LYS ORN SUC HEM
Burkholderia ambifaria V + + - + V
Burkholderia cepacia genomovar
I V + + V + -
Burkholderia cepacia genomovar
VI + + - - - -
Burkholderia cepacia genomovar
III (+) + + V + -
Burkholderia gladioli - + - - - V
Burkholderia multivorans + + V - - -
Burkholderia stabilis - - + + - -
Burkholderia
vietnamiensis + + + - + V
Corynebacterium
freneyi
Grampozitivní koryneformní tyčky,
nesporulující, nepigmentující, kolonie drsné, suché s nepravidelným
okrajem, fylogeneticky příbuzné druhy C.
xerosis a C. amycolatum.
Význačné vlastnosti
kataláza, alkalická fosfatáza, α-glukosidáza,
pyrazinamidáza pozitivní
ureáza,
pyrrolidonyl arylamidáza, β-glukuronidáza, β-galaktosidáza, N-acetyl-
β-glukosaminidáza negativní
okyseluje glukózu, maltózu, sacharózu
neokyseluje xylózu, manitol, laktózu
nehydrolyzuje eskulin, želatinu
Výskyt
humánní klinický materiál (hnis
z prstu, sperma, podkožní absces)
Základní rozlišující testy (od ostatních α-glukosidáza
pozitivních druhů)
URE ESL PYZ aPHS SUC
Corynebacterium freneyi - - + + +
Corynebacterium amycolatum V - + + V
Corynebacterium diphtheriae - - - - -
Corynebacterium kutscheri + + V - +
Corynebacterium pseudotuberculosis + - - V V
Corynebacterium sundsvallense + - V V +
Corynebacterium ulcerans + - - - -
Corynebacterium
xerosis - - + + +
Enterobacter
cowanii
Gramnegativní tyčky, nesporulující,
fakultativně anaerobní, fermentující, rostou na MacConkey agaru, některé kmeny
tvoří žlutý pigment.
Význačné vlastnosti
kataláza pozitivní
oxidáza,
ureáza, arginin dihydroláza, lysin dekarboxyláza, ornitin dekarboxyláza, fenylalanin deamináza negativní
okyseluje laktózu, sacharózu, rafinózu, sorbitol,
dulcitol, salicin
neokyseluje inositol
utilizuje citrát
neutilizuje malonát
tvoří acetoin
netvoří indol
hydrolyzuje
eskulin
Výskyt
humánní
klinický materiál (moč, sputum, krev, hnis), potraviny
Základní rozlišující testy
YEP GLG Mal ESL SOR SAL
Enterobacter cowanii V + - + + +
Rahnella aquatilis - + + + + +
Pantoea agglomerans + - + + - +
Pantoea dispersa - - - - - -
Erwinia
carotovora - V + + - +
Lactobacillus
coleohominis
Grampozitivní tyčky, nesporulující,
nepigmentující, fakultativně anaerobní.
Význačné vlastnosti
kataláza, oxidáza, ureáza, alkalická
fosfatáza, β-glukosidáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza negativní
kyselá
fosfatáza (slabě), β-galaktosidáza, β-glukuronidáza (slabě) pozitivní
neokyseluje laktózu, manitol, melibiózu, melezitózu,
sorbitol, sacharózu, trehalózu, rafinózu
nehydrolyzuje eskulin, hippurát, želatinu
netvoří NH3 z argininu, acetoin
neredukuje nitráty
roste při 45 °C
neroste při 15 °C
Výskyt
humánní klinický materiál (moč, vagina,
cervix)
Základní rozlišující testy
MLB BGR BGL VPT
Lactobacillus coleohominis - + - -
Lactobacillus oris + - - +sl.
Lactobacillus panis - - + +
Lactobacillus pontis - - - -
Lactobacillus
vaginalis + - - -
Mycobacterium
doricum
Grampozitivní, pomalu rostoucí tyčky,
nesporulující, aerobní, acidoresistentní, skotochromogenní, tvořící sytě žluté,
hladké kolonie.
Význačné vlastnosti
ureáza, tellurit reduktáza pozitivní
arylsulfatáza,
β-glukosidáza, niacin negativní
nehydrolyzuje Tween 80
neroste při 45 °C, na
MacConkey agaru
citlivý na amikacin, azitromycin, claritromycin, ciprofloxacin,
clofazimin, ethambutol, isoniazid, ofloxacin, rifabutin, rifampicin,
sparfloxacin, streptomycin
Výskyt
imunokompetentní pacient s AIDS
(cerebrospinální tekutina)
Základní rozlišující testy (od některých skotochromogenních, pomalu
rostoucích mykobakterií)
NO3 ARS URE TWE C25 C45
Mycobacterium doricum + - + - + -
Mycobacterium bohemicum - - + - V -
Mycobacterium gordonae - - - + + -
Mycobacterium flavescens + + - + + -
Mycobacterium scrofulaceum - - + - + -
Mycobacterium
xenopi - V - - - +
Mycobacterium
immunogenum
Grampozitivní,
rychle rostoucí tyčky, zakřivené, nesporulující, nepigmentující, aerobní,
acidoresistentní, příbuzné s M. abscessus.
Význačné vlastnosti
arylsulfatáza pozitivní
neredukuje nitráty
roste při 30 a 35 °C, na MacConkey agaru bez krystalové violeti
neroste při 45 °C, v 5% NaCl
neutilizuje citrát, sorbitol, inositol, manitol
citlivé k amikacinu, claritromycinu
rezistentní k cefoxitinu, cefmetazolu,
ciprofloxacinu, doxycyklinu, imipenemu, sulfametoxazolu, tobramycinu
Výskyt
humánní klinický materiál (krev, moč,
kůže), nemocniční prostředí, intravenózní katétr, pneumonitida způsobená
kontaminovanou kapalinou při obrábění
strojů.
Základní rozlišující testy
ARS NO3 Cit 5% NaCl
Mycobacterium immunogenum + - - -
Mycobacterium abscessus + - - +
Mycobacterium
chelonae + - + -
Nocardia
africana
Grampozitivní,
nokardioformní tyčky, nepohyblivé, tvořící větvené substrátové mycelium,
aerobní, kolonie oranžové, drsné.
Význačné vlastnosti
utilizuje propionát
neutilizuje manitol, rhamnózu, sorbitol, citrát,
acetát
redukuje nitráty
hydrolyzuje kasein, tyrozin, xantin
nehydrolyzuje eskulin, ureu, arbutin, elastin
Výskyt
sputum (pacienti s plicním
onemocněním)
Základní rozlišující testy
ESL KAS Rha Man Cit
Nocardia
africana - + - - -
Nocardia
asteroides + - - + +
Nocardia
brasiliensis + + - + +
Nocardia
farcinica + - + - -
Nocardia
otitidiscaviarum + - - + -
Nocardia transvalensis + - + + -
Nocardia
cyriacigeorgica
(popsána jako N.
cyriacigeorgici)
Grampozitivní,
nokardioformní tyčky, tvořící vzdušné i substrátové mycelium, aerobní (popis na
základě jednoho kmene).
Význačné vlastnosti
utilizuje sacharózu, acetamid, acetát,
glukonát
neutilizuje většinu cukrů, např. glukózu, laktózu, maltózu,
trehalózu, xylózu, manitol, sorbitol
hydrolyzuje eskulin, ureu
nehydrolyzuje kasein, elastin, tyrozin, xantin,
želatinu
Výskyt
bronchiální
sekret (pacient s chronickou
bronchitidou)
Základní rozlišující testy
ESL Suc Rha Cit Ace
Nocardia
cyriacigeorgica + + - - +
Nocardia
abscessus - + V + -
Nocardia
asteroides + + - - -
Nocardia
brasiliensis + V - + -
Nocardia
paucivorans - - - - -
Nocardia
vaccinii V - V + -
Nocardia veterana NT - + - -
Olsenella
profusa, O. uli
Grampozitivní
tyčky, malé, eliptické, nesporulující, striktně anaerobní, fermentující glukózu
na kyselinu mléčnou a octovou, druh O.
uli byl původně popsán jako
Lactobacillus uli.
Význačné vlastnosti
kataláza,
ureáza negativní
neredukují nitráty
netvoří indol, sirovodík
hydrolyzují většinou eskulin
nehydrolyzují želatinu
Výskyt
humánní klinický materiál (ústní dutina),
pravděpodobně bachor hovězího dobytka
Základní rozlišující testy
ARG ARA MAN MLB RAF
Olsenella profusa - + + + +
Olsenella uli + - - - -
Ralstonia
taiwanensis
Gramnegativní
tyčky, nesporulující, aerobní, nefermentující, nepigmentující.
Význačné vlastnosti
kataláza,
oxidáza, alkalická a kyselá fosfatáza, leucin arylamidáza pozitivní
ureáza,
DNáza, amyláza, α-galaktosidáza, β-galaktosidáza, α-glukosidáza,
β-glukosidáza, β-glukuronidáza, N-acetyl- β-glukosaminidáza negativní
neokyseluje glukózu, fruktózu, maltózu,
adonitol
roste při 30 a 37 °C
neroste při 42 °C, v 3% NaCl, na cetrimidovém agaru
hydrolyzuje eskulin, Tween 80
redukuje nitráty
netvoří indol
Výskyt
kořenové
hlízky (Mimosa pudica, Mimosa diplotricha),
humánní klinický materiál (sputum, pacient s cystickou fibrózou)
Základní rozlišující testy
OXI C42 FRU NO3 URE TWE
Ralstonia taiwanensis + - - + - +
Ralstonia basilensis + - - - + +
Ralstonia eutropha + + - + - +sl.
Ralstonia gilardii - - + - - -
Ralstonia mannitolilytica + + + - + +
Ralstonia paucula + + - - + +
Ralstonia pickettii - + + + V +
Ralstonia
solanacearum + - - + V -
Streptococcus
australis
Grampozitivní
koky v krátkých řetízcích, nesporulující, nepohyblivé, fakultativně
anaerobní, α-hemolytické, patří do skupiny orálních streptokoků, nejblíže
příbuzné druhy Str. parasanguinis a Str. infantis.
Význačné vlastnosti
arginin
dihydroláza, alkalická fosfatáza pozitivní
kataláza,
ureáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza, α-galaktosidáza,
N-acetyl-β-glukosaminidáza negativní
okyseluje laktózu, sacharózu, maltózu
neokyseluje ribózu, manitol, sorbitol, trehalózu,
rafinózu, melibiózu, melezitózu, D,L-arabinózu
roste při 45 °C
neroste v 6,5% NaCl
netvoří acetoin
nehydrolyzuje hippurát
Výskyt
humánní
klinický materiál (sliny, dutina ústní u dětí)
Základní rozlišující testy (od některých viridujících streptokoků)
ARG BGL aPHS TRE PUL TAG
Streptococcus australis + - + - + -
Streptococcus parasanguinis + + + + - +
Streptococcus infantis - - - - + +
Streptococcus mitis - - - - + -
Streptococcus oralis - - + + - -
Streptococcus sanguinis + + - + + -
Streptococcus
gordonii + + + + - +
Tropheryma
whipplei
Krátké, někdy delší tyčky, barvící se
gramnegativně i když složení buněčné stěny a obsah G+C odpovídá grampozitivním
bakteriím, nepohyblivé, kultivace na tkáňových kulturách (roste na HEL a MRC-5
buňkách s 10% fetálního telecího séra s L-glutaminem při 37 °C,
v atmosféře 5% CO2), v přítomnosti živých eukaryotických
buněk tvoří 2 morfologické formy (extra a intracelulární), způsobuje
systemickou bakteriální infekci, zvanou jako „Whipple´s disease“.
Výskyt
myokarditida,
perikarditida, endokarditida, postižení centrálního nervového systému
Rozlišovací metody
mikroimunofluorescence
SDS-PAGE
Western
blotting
PCR
sekvencování
genu pro 16S rRNA
Vysvětlivky:
Ace = utilizace acetamidu; aPHS = alkalická fosfatáza; ARG = arginin dihydroláza; ARA = okyselování arabinózy; ARS = arylsulfatáza (3 dny); Asr = utilizace aspartátu; BGA =
β-galaktosidáza; BGL =
β-glukosidáza; BGR =
β-glukuronidáza; C20 = růst při
20 °C; C25 = růst při 25 °C; C37 = růst při 37 °C; C41 = růst při 41 °C; C42 = růst při 42 °C; C45 = růst při 45 °C; Cit = utilizace citrátu; ESL = hydrolýza eskulinu; FRU = okyselování fruktózy; GLG = plyn z glukózy; Glt = utilizace glutarátu; HEM = β-hemolýza; KAS = hydrolýza kaseinu; LYS = dekarboxylace lysinu; Mal = utilizace malonátu; MAN = okyselování manitolu; Man = utilizace manitolu; MLB = okyselování melibiózy; 5% NaCl = růst v 5% NaCl; NO3 = redukce nitrátů; NT = netestováno; ORN = dekarboxylace ornithinu; OXI
= oxidáza; PYR = pyrrolidonyl
peptidáza; PUL = okyselování
pullulanu; PYZ = pyrazinamidáza; RAF = okyselování rafinózy; Rha = utilizace rhamnózy; SAL = okyselování salicinu; SOR = okyselování sorbitolu; SUC = okyselování sacharózy; Suc = utilizace sacharózy; TAG = okyselování tagatózy; TRE = okyselování trehalózy; TWE = hydrolýza Tweenu 80; URE = ureáza; VPT = Voges-Proskauer test (tvorba acetoinu); YEP = žlutý pigment; + =
90-100% pozitivních reakcí; (+) =
80-90% pozitivních reakcí; +sl. =
slabě pozitivní reakce; V = 20-80%
pozitivních reakcí; (-) = 10-20%
pozitivních reakcí; - = 0-10%
pozitivních reakcí
Zdena Páčová
Ivo Sedláček
Pavel Benda
Česká sbírka mikroorganismů
Přírodovědecká fakulta
Masarykovy univerzity, Brno
Charakteristika rizikových skupin 1 až 2
dle patogenity mikroorganismů
1 Mikroorganismy,
u nichž je malá pravděpodobnost, že vyvolají onemocnění lidí nebo zvířat.
2
Mikroorganismy, které mohou být příčinou onemocnění lidí a/nebo zvířat.
Existuje proti nim obvykle účinná profylaxe a způsobená onemocnění jsou
léčitelná.
? Údaje o patogenitě
nejsou známy.
Tabulka : Nové druhy prokaryot včetně nomeklatorických změn
(červenec 2001 až
prosinec 2001)
|
Druh |
Původní
označení |
Riziková skupina |
Výskyt |
Autor |
Citace
v IJSEM |
|
Acinetobacter
schindleri |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Nemec
et al. 2001 |
51:1898 |
|
Acinetobacter
ursingii |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Nemec
et al. 2001 |
51:1898 |
|
Actinomyces
suimastitidis |
|
? |
mastitida
prasat |
Hoyles
et al. 2001 |
51:1326 |
|
Agreia
bicolorata |
|
? |
hálky
rostlin, nematoda |
Evtushenko
et al. 2001 |
51:2077 |
|
Agromyces
bracchium |
|
? |
půda
v rhizosféře mangrovů |
Takeuchi
and Hatano 2001 |
51:1536 |
|
Agromyces
luteolus |
|
? |
půda
v rhizosféře mangrovů |
Takeuchi
and Hatano 2001 |
51:1535 |
|
Agromyces
rhizosphaerae |
|
? |
půda
a kořeny v rhizosféře mangrovů |
Takeuchi
and Hatano 2001 |
51:1536 |
|
Alcaligenes
faecalis subsp. parafaecalis |
|
? |
prostředí |
Schroll
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Alkalilimnicola
halodurans |
|
? |
sediment
sodného jezera |
Yakimov
et al. 2001 |
51:2142 |
|
Alkaliphilus
transvaalensis |
|
? |
voda
v hlubinném dolu na zlato |
Takai
et al. 2001 |
51:1254 |
|
Anaerococcus
hydrogenalis |
<-
Peptostreptococcus hydrogenalis |
1 |
|
(Ezaki
et al. 1990) Ezaki et al. 2001 |
51:1526 |
|
Anaerococcus
lactolyticus |
<-
Peptostreptococcus lactolyticus |
1 |
|
(Li
et al. 1992) Ezaki et al. 2001 |
51:1527 |
|
Anaerococcus
octavius |
<-
Peptostreptococcus octavius |
1 |
|
(Murdoch
et al. 1997) Ezaki et al. 2001 |
51:1527 |
|
Anaerococcus
prevotii |
<-
Peptostreptococcus prevotii |
2 |
|
(Foubert
and Douglas 1948) Ezaki et al. 2001 |
51:1526 |
|
Anaerococcus
tetradius |
<-
Peptostreptococcus tetradius |
1 |
|
(Ezaki
et al. 1983) Ezaki et al. 2001 |
51:1526 |
|
Anaerococcus
vaginalis |
<-
Peptostreptococcus vaginalis |
2 |
|
(Li
et al. 1992) Ezaki et al. 2001 |
51:1527 |
|
Anaplasma
phagocytophila |
<-
Ehrlichia phagocytophila |
2 |
|
(Foggie
1949) Dumler et al. 2001 |
51:2158 |
|
Arenibacter
latericius |
|
? |
mořské
sedimenty, sumýši, řasy |
Ivanova
et al. 2001 |
51:1994 |
|
Bacillus
sonorensis |
|
? |
pouštní
půda |
Palmisano
et al. 2001 |
51:1678 |
|
Bartonella
schoenbuchensis |
|
? |
jelení
krev |
Dehio
et al. 2001 |
51:1563 |
|
Bordetella
petrii |
|
? |
anaerobní
bioreaktor s říčním sedimentem |
von
Wintzingerode et al. 2001 |
51:1263 |
|
Borrelia
sinica |
|
? |
hlodavci,
klíšťata |
Masuzawa
et al. 2001 |
51:1823 |
|
Brevibacterium
paucivorans |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Wauters
et al. 2001 |
51:1706 |
|
Burkholderia
ambifaria |
|
? |
prostředí,
humánní klinický materiál |
Coenye
et al. 2001 |
51:1488 |
|
Burkholderia
sacchari |
|
? |
půda
z plantáže s cukrovou třtinou |
Brämer
et al. 2001 |
51:1711 |
|
Caloranaerobacter
azorensis |
|
? |
hlubokomořský
hydrotermální průduch |
Wery
et al. 2001 |
51:1795 |
|
Chromohalobacter
canadensis |
<-
Halomonas canadensis |
1 |
|
(Huval
et al. 1996) Arahal et al. 2001 |
51:1447 |
|
Chromohalobacter
israelensis |
<-
Halomonas israelensis |
1 |
|
(Huval
et al. 1996) Arahal et al. 2001 |
51:1447 |
|
Chromohalobacter
salexigens |
|
? |
prostředí
solivaru |
Arahal
et al. 2001 |
51:1460 |
|
Clostridium
saccharobutylicum |
|
? |
průmyslová
fermentace |
Keis
et al. 2001 |
51:2101 |
|
Clostridium
saccharoperbutylaceton |
|
? |
průmyslová
fermentace |
Keis
et al. 2001 |
51:2101 |
|
Corynebacterium
felinum |
|
? |
uhynulá
divoká zvířata |
Collins
et al. 2001 |
51:1351 |
|
Corynebacterium
freneyi |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Renaud
et al. 2001 |
51:1728 |
|
Corynebacterium
testudinoris |
|
? |
nekrotické
léze v tlamě želvy |
Collins
et al. 2001 |
51:1351 |
|
Crossiella
cryophila |
<-
Saccharothrix cryophilis |
1 |
|
(Labeda
and Lechevalier 1989) Labeda 2001 |
51:1579 |
|
Cryptosporangium
aurantiacum |
|
? |
obdělávaná
půda |
Tamura
and Hatano 2001 |
51:2124 |
|
Cryptosporangium
minutisporangium |
<-
Actinoplanes minutisporangius |
1 |
|
(Ruan
et al. 1986) Tamura and Hatano 2001 |
51:2123 |
|
Desulfomusa
hansenii |
|
? |
kořeny
mořských makrofytů |
Finster
et al. 2001 |
51:2060 |
|
Desulforegula
conservatrix |
|
? |
sediment
sladkovodního jezera |
Rees
and Patel 2001 |
51:1915 |
|
Desulfurococcus
amylolyticus |
|
? |
termální
prameny |
Bonch-Osmolovskaya
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Ehrlichia
ruminantium |
<-
Cowdria ruminantium |
2 |
|
(Cowdry
1925) Dumler et al. 2001 |
51:2158 |
|
Enterobacter
cowanii |
|
? |
humánní
klinický materiál, potraviny |
Inoue
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Enterococcus
haemoperoxidus |
|
? |
sladká
voda |
Svec
et al. 2001 |
51:1571 |
|
Enterococcus
moraviensis |
|
? |
sladká
voda |
Svec
et al. 2001 |
51:1572 |
|
Enterococcus
porcinus |
|
? |
střevní
trakt a feces prasat |
Teixeira
et al. 2001 |
51:1742 |
|
Enterococcus
ratti |
|
? |
střevní
trakt a feces potkanů |
Teixeira
et al. 2001 |
51:1742 |
|
Facklamia
miroungae |
|
? |
mládě
rypouše sloního |
Hoyles
et al. 2001 |
51:1403 |
|
Flavobacterium
frigidarium |
|
? |
mořské
sedimenty (Antarktida) |
Humphry
et al. 2001 |
51:1242 |
|
Fusobacterium
equinum |
|
? |
ústní
dutina koní |
Dorsch
et al. 2001 |
51:1962 |
|
Gallicola
barnesae |
<-
Peptostreptococcus barnesae |
1 |
|
(Schiefer-Ullrich
and Andreesen 1986) Ezaki et al. 2001 |
51:1527 |
|
Geobacillus
caldoxylosilyticus |
<-
Saccharococcus caldoxylosilyticus |
? |
|
(Ahmad
et al. 2000) Fortina et al. 2001 |
51:2069 |
|
Geobacter
bremensis |
|
? |
sladkovodní
sediment |
Straub
and Buchholz-Cleven 2001 |
51:1807 |
|
Geobacter
pelophilus |
|
? |
sladkovodní
sediment |
Straub
and Buchholz-Cleven 2001 |
51:1807 |
|
Globicatella
sulfidifaciens |
|
? |
veterinární
klinický materiál |
Vandamme
et al. 2001 |
51:1748 |
|
Gluconacetobacter
azotocaptans |
|
? |
rhizosféra
kávovníků |
Fuentes-Ramírez
et al. 2001 |
51:1312 |
|
Gluconacetobacter
johannae |
|
? |
rhizosféra
kávovníků |
Fuentes-Ramírez
et al. 2001 |
51:1312 |
|
Halomonas
maura |
|
? |
půda
ve slunečním solivaru |
Bouchotroch
et al. 2001 |
51:1630 |
|
Helicobacter
ganmani |
|
? |
střevní
trakt laboratorních myší |
Robertson
et al. 2001 |
51:1888 |
|
Hydrogenobacter
hydrogenophilus |
<-
Calderobacterium hydrogenophilum |
1 |
|
(Kryukov
et al. 1984) Stöhr et al. 2001 |
51:1860 |
|
Hydrogenobacter
subterraneus |
|
? |
voda
v geotermálním hlubinném prostředí |
Takai
et al. 2001 |
51:1433 |
|
Hydrogenobaculum
acidophilum |
<-
Hydrogenobacter acidophilus |
1 |
|
(Shima
and Suzuki 1993) Stöhr et al. 2001 |
51:1860 |
|
Hydrogenothermus
marinus |
|
? |
geotermální
sediment |
Stöhr
et al. 2001 |
51:1861 |
|
Jeotgalibacillus
alimentarius |
|
? |
fermentovaná
potravina |
Yoon
et al. 2001 |
51:2092 |
|
Kitasatospora
cineracea |
|
? |
půda |
Tajima
et al. 2001 |
51:1770 |
|
Kitasatospora
niigatensis |
|
? |
půda |
Tajima
et al. 2001 |
51:1770 |
|
Lachnobacterium
bovis |
|
? |
bachor
a feces skotu |
Whitford
et al. 2001 |
51:1980 |
|
Lactobacillus
coleohominis |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Nikolaitchouk
et al. 2001 |
51:2084 |
|
Lamprocystis
purpurea |
<-
Pfennigia purpurea |
1 |
|
(Eichler
and Pfennig 1989) Imhoff 2001 |
51:1700 |
|
Legionella
beliardensis |
|
? |
voda |
Lo
Presti et al. 2001 |
51:1956 |
|
Legionella
gresilensis |
|
? |
voda |
Lo
Presti et al. 2001 |
51:1956 |
|
Limnobacter
thiooxidans |
|
? |
sladkovodní
jezerní sediment |
Spring
et al. 2001 |
51:1469 |
|
Marinibacillus
marinus |
<-
Bacillus marinus |
1 |
|
(Rüger
and Richter 1979) Yoon et al. 2001 |
51:2092 |
|
Methanoculleus
chikugoensis |
|
? |
půda
rýžových polí |
Dianou
et al. 2001 |
51:1667 |
|
Methanofollis
aquaemaris |
|
? |
chovná
nádrž s mořskou vodou |
Lai
and Chen 2001 |
51:1878 |
|
Methylomicrobium
buryatense |
|
? |
sodné
jezero |
Kaluzhnaya
et al. 2001 |
51:1945 |
|
Methylovorus
mays |
|
? |
rostlinný
materiál |
Doronina
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Microbacterium
foliorum |
|
? |
rostlinný
materiál |
Behrendt
et al. 2001 |
51:1273 |
|
Microbacterium
gubbeenense |
|
? |
povrch
sýrů |
Brennan
et al. 2001 |
51:1974 |
|
Microbacterium
phyllosphaerae |
|
? |
rostlinný
materiál |
Behrendt
et al. 2001 |
51:1273 |
|
Microbacterium
resistens |
<-
Aureobacterium resistens |
? |
|
(Funke
et al. 1998) Behrendt et al. 2001 |
51:1275 |
|
Muricauda
ruestringensis |
|
? |
pobřežní
mořský sediment |
Bruns
et al. 2001 |
51:2005 |
|
Mycobacterium
doricum |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Tortoli
et al. 2001 |
51:2011 |
|
Mycobacterium
frederiksbergense |
|
? |
půda |
Willumsen
et al. 2001 |
51:1719 |
|
Mycobacterium
immunogenum |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Wilson
et al. 2001 |
51:1762 |
|
Natrialba
chahannaoensis |
|
? |
sodné
jezero |
Xu
et al. 2001 |
51:1697 |
|
Natrialba
hulunbeirensis |
|
? |
sodné
jezero |
Xu
et al. 2001 |
51:1696 |
|
Natronobacterium
nitratireducens |
|
? |
sodné
jezero |
Xin
et al. 2001 |
51:1828 |
|
Neochlamydia
hartmannellae |
|
? |
endoparazit
améby |
Horn
et al. 2001 |
51:1229 |
|
Neorickettsia
risticii |
<-
Ehrlichia risticii |
2 |
|
(Holland
et al. 1985) Dumler et al. 2001 |
51:2159 |
|
Neorickettsia
sennetsu |
<-
Rickettsia sennetsu |
2 |
|
(Misao
and Kobayashi 1956) Dumler et al. 2001 |
51:2159 |
|
Nitrosomonas
aestuarii |
|
? |
voda
v ústí řek, mořská voda |
Koops
et al. 2001 |
51:1945 |
|
Nitrosomonas
communis |
|
? |
půda |
Koops
et al. 2001 |
51:1945 |
|
Nitrosomonas
eutropha |
|
? |
odpadní
voda, prostředí |
Koops
et al. 2001 |
51:1945 |
|
Nitrosomonas
halophila |
|
? |
mořské
prostředí |
Koops
et al. 2001 |
51:1945 |
|
Nitrosomonas
marina |
|
? |
mořská
voda, slaná jezera |
Koops
et al. 2001 |
51:1945 |
|
Nitrosomonas
nitrosa |
|
? |
prostředí |
Koops
et al. 2001 |
51:1945 |
|
Nitrosomonas
oligotropha |
|
? |
odpadní
vody |
Koops
et al. 2001 |
51:1945 |
|
Nitrosomonas
ureae |
|
? |
půda,
sladká voda |
Koops
et al. 2001 |
51:1945 |
|
Nocardia
africana |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Hamid
et al. 2001 |
51:1229 |
|
Nocardia
beijingensis |
|
? |
půda |
Wang
et al. 2001 |
51:1785 |
|
Nocardia
cummidelens |
|
? |
prostředí |
Maldonado
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Nocardia
cyriacigeorgica |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Yassin
et al. 2001 |
51:1422 |
|
Nocardia
fluminea |
|
? |
prostředí |
Maldonado
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Nocardia
ignorata |
|
? |
neznámý |
Yassin
et al. 2001 |
51:2130 |
|
Nocardia
soli |
|
? |
prostředí |
Maldonado
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Nonomuraea
dietziae |
|
? |
půda |
Stackebrandt
et al. 2001 |
51:1439 |
|
Novosphingobium
aromaticivorans |
<-
Sphingomonas aromaticivorans |
1 |
|
(Balkwill
et al. 1997) Takeuchi et al. 2001 |
51:1415 |
|
Novosphingobium
capsulatum |
<-
Sphingomonas capsulata |
1 |
|
(Leifson
1962) Takeuchi et al. 2001 |
51:1415 |
|
Novosphingobium
rosa |
<-
Sphingomonas rosa |
1 |
|
(Takeuchi
et al. 1995) Takeuchi et al. 2001 |
51:1415 |
|
Novosphingobium
stygium |
<-
Sphingomonas stygia |
1 |
|
(Balkwill
et al. 1997) Takeuchi et al. 2001 |
51:1415 |
|
Novosphingobium
subarcticum |
<-
Sphingomonas subarctica |
1 |
|
(Nohynek
et al. 1996) Takeuchi et al. 2001 |
51:1415 |
|
Novosphingobium
subterraneum |
<-
Sphingomonas subterranea |
1 |
|
(Balkwill
et al. 1997) Takeuchi et al. 2001 |
51:1415 |
|
Olsenella
profusa |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Dewhirst
et al. 2001 |
51:1803 |
|
Olsenella
uli |
<-
Lactobacillus uli |
2 |
|
(Olsen
et al. 1991) Dewhirst et al. 2001 |
51:1803 |
|
Opitutus
terrae |
|
? |
půda
rýžových polí |
Chin
et al. 2001 |
51:1968 |
|
Paenibacillus
azoreducens |
|
? |
průmyslová
odpadní voda |
Meehan
et al. 2001 |
51:1684 |
|
Paenibacillus
jamilae |
|
? |
odpadní
voda při mletí oliv |
Aguilera
et al. 2001 |
51:1691 |
|
Paracoccus
kondratievae |
|
? |
rostlinný
materiál |
Doronina
and Trotsenko 2001 |
51:1619 |
|
Peptoniphilus
asaccharolyticus |
<-
Peptostreptococcus asaccharolyticus |
2 |
|
(Distaso
1912) Ezaki et al. 2001 |
51:1525 |
|
Peptoniphilus
harei |
<-
Peptostreptococcus harei |
2 |
|
(Murdoch
et al. 1997) Ezaki et al. 2001 |
51:1526 |
|
Peptoniphilus
indolicus |
<-
Peptostreptococcus indolicus |
2 |
|
(Christiansen
1934) Ezaki et al. 2001 |
51:1525 |
|
Peptoniphilus
ivorii |
<-
Peptostreptococcus ivorii |
2 |
|
(Murdoch
et al. 1997) Ezaki et al. 2001 |
51:1526 |
|
Peptoniphilus
lacrimalis |
<-
Peptostreptococcus lacrimalis |
2 |
|
(Li
et al. 1992) Ezaki et al. 2001 |
51:1526 |
|
Pigmentiphaga
kullae |
|
? |
půda |
Blümel
et al. 2001 |
51:1870 |
|
Planococcus
alkanoclasticus |
|
? |
mořský
pobřežní sediment |
Engelhardt
et al. 2001 |
51:1229 |
|
Planomicrobium
koreense |
|
? |
fermentovaná
potravina |
Yoon
et al. 2001 |
51:1518 |
|
Planomicrobium
mcmeekinii |
<-
Planococcus mcmeekinii |
? |
|
(Junge
et al. 1998) Yoon et al. 2001 |
51:1519 |
|
Planomicrobium
okeanokoites |
<-
Planococcus okeanokoites |
1 |
|
(ZoBell
and Upham 1944) Yoon et al. 2001 |
51:1518 |
|
Propionibacterium
microaerophilum |
|
? |
odpadní
voda v mlýnu na olivy |
Koussémon
et al. 2001 |
51:1380 |
|
Pseudoalteromonas
ulvae |
|
? |
povrch
mořských řas |
Egan
et al. 2001 |
51:1503 |
|
Pseudomonas
kilonensis |
|
? |
zemědělská
půda |
Sikorski
et al. 2001 |
51:1554 |
|
Pseudonocardia
kongjuensis |
|
? |
půda
v dole na zlato |
Lee
et al. 2001 |
51:1509 |
|
Psychrobacter
proteolyticus |
|
? |
drobný
mořský korýš |
Denner
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Ralstonia
campinensis |
|
? |
průmyslové
prostředí |
Goris
et al. 2001 |
51:1780 |
|
Ralstonia
metallidurans |
|
? |
průmyslové
prostředí, důl, odpadní voda |
Goris
et al. 2001 |
51:1780 |
|
Ralstonia
taiwanensis |
|
? |
kořenové
hlízky, humánní klinický materiál |
Chen
et al. 2001 |
51:1734 |
|
Rhodoblastus
acidophilus |
<-
Rhodopseudomonas acidophila |
1 |
|
(Pfennig
1969) Imhoff 2001 |
51:1865 |
|
Salana
multivorans |
|
? |
anaerobní
bioreaktor |
von
Wintzingerode et al. 2001 |
51:1660 |
|
Samsonia
erythrinae |
|
? |
nekrotické
léze stromů |
Sutra
et al. 2001 |
51:1301 |
|
Selenihalanaerobacter
shriftii |
|
? |
sedimenty
(Mrtvé moře) |
Switzer
Blum et al. 2001 |
51:1229 |
|
Sphingobium
chlorophenolicum |
<-
Sphingomonas chlorophenolica |
1 |
|
(Nohynek
et al. 1996) Takeuchi et al. 2001 |
51:1415 |
|
Sphingobium
herbicidovorans |
<-
Sphingomonas herbicidovorans |
1 |
|
(Zipper
et al. 1997) Takeuchi et al. 2001 |
51:1415 |
|
Sphingobium
yanoikuyae |
<-
Sphingomonas yanoikuyae |
1 |
|
(Yabuuchi
et al. 1990) Takeuchi et al. 2001 |
51:1415 |
|
Sphingomonas
aquatilis |
|
? |
přírodní
minerální voda |
Lee
et al. 2001 |
51:1495 |
|
Sphingomonas
koreensis |
|
? |
přírodní
minerální voda |
Lee
et al. 2001 |
51:1496 |
|
Sphingomonas
taejonensis |
|
? |
přírodní
minerální voda |
Lee
et al. 2001 |
51:1497 |
|
Sphingopyxis
macrogoltabida |
<-
Sphingomonas macrogoltabidus |
1 |
|
(Takeuchi
et al. 1993) Takeuchi et al. 2001 |
51:1416 |
|
Sphingopyxis
terrae |
<-
Sphingomonas terrae |
1 |
|
(Takeuchi
et al. 1993) Takeuchi et al. 2001 |
51:1416 |
|
Streptococcus
australis |
|
? |
lidské
sliny |
Willcox
et al. 2001 |
51:1281 |
|
Streptomyces
asiaticus |
|
? |
kořeny
rostlin |
Sembiring
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Streptomyces
cangkringensis |
|
? |
kořeny
rostlin |
Sembiring
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Streptomyces
indonesiensis |
|
? |
kořeny
rostlin |
Sembiring
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Streptomyces
javensis |
|
? |
kořeny
rostlin |
Sembiring
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Streptomyces
rhizosphaericus |
|
? |
kořeny
rostlin |
Sembiring
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Streptomyces
yogyakartensis |
|
? |
kořeny
rostlin |
Sembiring
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Tenacibaculum
amylolyticum |
|
? |
zelená
řesa |
Suzuki
et al. 2001 |
51:1650 |
|
Tenacibaculum
maritimum |
<-
Flexibacter maritimus |
2 |
|
(Wakabayashi
et al. 1986) Suzuki et al. 2001 |
51:1650 |
|
Tenacibaculum
mesophilum |
|
? |
mořská
houba |
Suzuki
et al. 2001 |
51:1650 |
|
Tenacibaculum
ovolyticum |
<-
Flexibacter ovolyticus |
2 |
|
(Hansen
et al. 1992) Suzuki et al. 2001 |
51:1650 |
|
Thalassomonas
viridans |
|
? |
ústřice
(Středozemní moře) |
Macián
et al. 2001 |
51:1288 |
|
Thermoanaerobacter
tengcongensis |
|
? |
horké
zřídlo |
Xue
et al. 2001 |
51:1340 |
|
Thermoanaerobacter
yonseiensis |
|
? |
geotermální
horký pramen |
Kim
et al. 2001 |
51:1546 |
|
Thermococcus
litoralis |
|
? |
mořské
prostředí |
Neuner
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Thermococcus
sibiricus |
|
? |
ropný
rezervoár |
Miroshnichenko
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Thermoproteus
uzoniensis |
|
? |
pevninské
horké prameny |
Bonch-Osmolovskaya
et al. 2001 |
51:1619 |
|
Thermosipho
geolei |
|
? |
voda
s ropou v ropném rezervoáru |
L'Haridon
et al. 2001 |
51:1332 |
|
Thermotoga
naphthophila |
|
? |
voda
z ropné nádrže |
Takahata
et al. 2001 |
51:1907 |
|
Thermotoga
petrophila |
|
? |
voda
z ropné nádrže |
Takahata
et al. 2001 |
51:1907 |
|
Tropheryma
whipplei |
|
? |
humánní
klinický materiál |
La
Scola et al. 2001 |
51:1478 |
|
Vibrio
agarivorans |
|
? |
mořská
voda |
Macián
et al. 2001 |
51:2035 |
|
Vibrio
lentus |
|
? |
ústřice
(pobřeží Středozemního moře) |
Macián
et al. 2001 |
51:1454 |
|
Vibrio
shilonii |
|
? |
mořský
korál (Středozemní moře) |
Kushmaro
et al. 2001 |
51:1387 |
|
Virgisporangium
aurantiacum |
|
? |
půda |
Tamura
et al. 2001 |
51:1815 |
|
Virgisporangium
ochraceum |
|
? |
půda |
Tamura
et al. 2001 |
51:1815 |
|
Xenophilus
azovorans |
|
? |
půda |
Blümel
et al. 2001 |
51:1835 |