Zprávy CEM (SZÚ, Praha) 2005; 14(3):149-157.

 

Novinky v taxonomii bakterií (č. 12)

Bacterial taxonomic novelties (No. 12)

 

Vlastimil Štětina, Zdena Páčová

 

      V taxonomickém okénku č. 12 předkládáme  v tabulce I přehled nových taxonů prokaryot (Bacteria, Archaea), validně publikovaných v International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) č. 1, 2 a 3 v r. 2004 a uvedených na validačních listech č. 95, 96 a 97 v témže časopise. Uvedeny jsou rovněž nové kombinace, které vznikly přeřazením dříve validně publikovaného druhu do nového rodu (původní jméno se stává synonymem). U nových kombinací neuvádíme informace týkající se výskytu.

     V textové části jsou uvedeny základní informace pouze k nově popsaným klinicky významným taxonům z tabulky I. Údaje zde uvedené mají informační charakter, se záměrem poukázat na novinky v taxonomii bakterií, které se vážou k problematice humánní klinické bakteriologie.

 

Základní informace k nově popsaným klinicky významným bakteriálním druhům

 

Actinomyces hongkongensis

Grampozitivní tyčky, striktně anaerobní, nesporulující, nepohyblivé, nehemolytické (popis na základě jednoho kmene).

Význačné vlastnosti

      arginin dihydroláza, alkalická fosfatáza, leucin arylamidáza, alanin arylamidáza, prolin arylamidáza pozitivní

      kataláza, ureáza, β-galaktosidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza negativní

      netvoří kyselinu z glukózy, arabinózy, manózy, rafinózy, trehalózy, xylózy

nehydrolyzuje eskulin

neredukuje nitráty

Výskyt

      pánevní aktinomykóza (hnis)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                             BGA    aPHS     LAR      ESL      NO3

Actinomyces hongkongensis                                                      -           +          +           -           -

Actinomyces israelii                                                                  +           -           +          +          V

Actinomyces meyeri                                                                  -           -           -           V          -

Actinomyces naeslundii                                                             +           -           +          +          +

Actinomyces odontolyticus                                                                                   V          +

Actinomyces viscosus                                                               +           -           +          +          V      

 

 

Amycolatopsis palatopharyngis

Grampozitivní aktinomyceta, větvené substrátové mycelium, vzdušné mycelium tvoří dlouhé řetízky sporotvorných struktur, kolonie se žlutým až žluto-hnědým pigmentem, fakultativně anaerobní (popis na základě jednoho kmene).

Význačné vlastnosti

      kataláza pozitivní

      tvoří kyselinu z L-arabinózy, D-fruktózy, D-galaktózy, D-trehalózy, D-xylózy, adonitolu, meso-inositolu

      netvoří kyselinu z D-celobiózy, D-laktózy, D-maltózy, D-melezitózy, L-rhamnózy, D-sacharózy, salicinu, D-manitolu, D-sorbitolu

      hydrolyzuje želatinu, kasein, tyrozin, hypoxantin, xantin

      nehydrolyzuje škrob, eskulin

      roste v 10 - 40 °C, v 10% NaCl

      neroste při 45 °C

      redukuje nitráty

      citlivý k chloramfenikolu, gentamicinu, kanamycinu, novobiocinu, penicilinu, rifampicinu, streptomycinu, tobramycinu

      rezistentní k ampicilinu, karbenicilinu, cefalotinu

Výskyt

      palatofaryngeální mukóza

 

Základní rozlišující testy

                                                                                 ANA      NO3      KAS      C10      C45      RAF

Amycolatopsis palatopharyngis                                      +          +          +          +           -           +

Amycolatopsis eurytherma                                             -           +          +           -           +           -

Amycolatopsis methanolica                                            -           +           -           -           +           -

Amycolatopsis thermoflava                                             -           -           +           -           +          +

 

 

Anaerotruncus colihominis

Grampozitivní tyčky, anaerobní, nesporulující, konečný metabolický produkt v PYG bujonu je kyselina octová a máselná, příbuzné Clostridium leptum rRNA skupině.

Význačné vlastnosti

      kyselá fosfatáza pozitivní

kataláza, ureáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza, alkalická fosfatáza, arginin dihydroláza, α-galaktosidáza, β-galaktosidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza, leucin arylamidáza negativní

      utilizuje D-glukózu, D-celobiózu, D-fruktózu, D-galaktózu, maltózu, D-manózu, D-trehalózu, N-acetylglukosamin

nehydrolyzuje želatinu

neredukuje nitráty

tvoří indol

citlivý k vankomycinu, kanamycinu

rezistentní  ke kolistinsulfátu

Výskyt

      humánní klinický materiál (stolice)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                             SPR     MOT      ESL      CLL       IND

Anaerotruncus colihominis                                                         -           -           -           -           +

Clostridium cellulosi                                                                  +          +          +          +           -

Clostridium leptum                                                                    +           -           V          -           -

Clostridium sporosphaeroides                                                    +           -           -           -           -

 

 

Bacillus galactosidilyticus

Grampozitivní až gramvariabilní tyčky, fakultativně anaerobní, sporulující, zduřující sporangia, kolonie nepigmentující, s nepravidelným až rhizoidním okrajem, dříve identifikovány jako B. lentus, B. firmus a B. circulans.

Význačné vlastnosti

      kataláza, β-galaktosidáza pozitivní

      arginin dihydroláza, lysin dekarboxyláza, ornithin dekarboxyláza negativní

      tvoří (slabě) kyselinu z D-glukózy, D-fruktózy, N-acetyl-β-glukosaminu

      netvoří kyselinu z D-arabinózy, dulcitolu, sorbitolu, glycerolu, meso-inositolu

      utilizuje citrát

      roste při 40 °C, při pH 10,5

      neroste  při 50 °C, při pH 5,0

      hydrolyzuje eskulin

      nehydrolyzuje želatinu

      netvoří indol, acetoin, sirovodík

Výskyt

      čerstvé mléko, pšeničné zrno, humánní klinický materiál (dětská žluč)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                             ANA    pH10,5    URE      NO3      KAS

Bacillus galactosidilyticus                                                          +          +          V          +        +sl.

Bacillus lentus                                                                          -           -           +          +           -

Bacillus shackletonii                                                                 +           -           -           -           +

     

 

Bryantella formatexigens

Grampozitivní tyčky, krátké, striktně anaerobní, nesporulující, nepohyblivé, růst je stimulován mravenčanem, při jeho vysoké koncentraci je glukóza fermentována na acetát, patří do rRNA komplexu Clostridium coccoides (popis na základě jednoho kmene).

Význačné vlastnosti

      α-galaktosidáza, β-galaktosidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza pozitivní

      kataláza, oxidáza, ureáza, alkalická fosfatáza, arginin dihydroláza, leucin arylamidáza negativní

      neredukuje nitráty

      netvoří indol

Výskyt

      humánní klinický materiál (stolice)

Rozlišovací testy

      sekvencování genu pro 16S rRNA

      detekce enzymů (Rapid ID 32A)

 

 

Corynebacterium nigricans

Grampozitivní tyčky, kokoidní, nesporulující, nepohyblivé, nehemolytické, kolonie malé, suché, granulované, se silnou adhezí k agaru, na kultivačních mediích tvoří černý, ve vodě nerozpustný pigment.

Význačné vlastnosti

      kataláza pozitivní

      ureáza negativní

      tvoří kyselinu z glukózy, maltózy, sacharózy

      nehydrolyzuje kasein, škrob, xantin

      neredukuje nitráty

Výskyt

      urogenitální trakt žen

 

Základní rozlišující testy

                                                                                 PIG                   NO3      URE     GLU      RIB

Corynebacterium nigricans                                          černý                    -           -           +          V

Corynebacterium amycolatum                               bílý, nažloutlý                      V          +          +

Corynebacterium aurimucosum                                 nažloutlý                 -           -           +           -

Corynebacterium glucuronolyticum                        bílý, nažloutlý                      V          +          +

Corynebacterium minutissimum                             bílý, krémový              -           -           +          V

Corynebacterium riegelii                                               bílý                     -           +           -           +

Corynebacterium urealyticum                                    šedobílý                  -           +           -           -

 

 

Klebsiella variicola

Gramnegativní tyčky, fakultativně anaerobní, fixující N2, rostou na MacConkeyově agaru, reprezentují méně než 10% klinických izolátů dříve identifikovaných jako K. pneumoniae.

Význačné vlastnosti

      kataláza pozitivní

      netvoří kyselinu z adonitolu

      citlivé k nalidixové kyselině, spectinomycinu

      rezistentní k ampicilinu, karbenicilinu

Výskyt

      humánní klinický materiál (krev), katétr, rostliny (banány, rýže, kukuřice, cukrová třtina)

Rozlišovací metody

      DNA-DNA hybridizace

      PCR

 

 

Leptotrichia goodfellowii, L. hofstadii, L. shahii, L. wadei

Gramnegativní tyčky, anaerobní, nesporulující, nepohyblivé, růstově náročné (Columbia agar nebo BHI agar s 5% lidské krve, heminem a menadionem), optimum růstu při 37 °C, β-hemolytické (L. goodfellowii, L. hofstadii, L. wadei), nehemolytické (L. shahii), kmeny byly původně identifikovány především jako L. buccalis.

Význačné vlastnosti

      kataláza pozitivní¨

      oxidáza negativní

      nerostou při 25 a 42 °C

      hydrolyzují eskulin (většinou slabě)

      netvoří indol

Výskyt

      humánní klinický materiál

      L. goodfellowii (krev), L. hofstadii (sliny zdravých osob), L.shahii (pacienti s gingivitidou), L. wadei (sliny zdravých osob)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                 C42      ARG     AGL      BGL     aPHS    MNE

Leptotrichia goodfellowii                                                 -           +           -           +           -           +

Leptotrichia hofstadii                                                      -           -           +          +          +          +

Leptotrichia shahii                                                         -           -           +           -           -           -

Leptotrichia wadei                                                          -           -           +          +           -           -

Leptotrichia buccalis                                                     +           -           +          +          +          +

 

 

Mycobacterium saskatchewanense

Acidorezistentní tyčky, granulované, pomalu rostoucí, žlutě pigmentující, „Accuprobe“ pozitivní z komplexu M. avium, nejblíže příbuzný druh M. interjectum.

Význačné vlastnosti

termostabilní kataláza pozitivní

      ureáza, kyselá fosfatáza, pyrazinamidáza, arylsulfatáza, β-glukosidáza negativní

      neroste v 5% NaCl

      neredukuje nitráty

      citlivé k amikacinu, claritromycinu, ciprofloxacinu, rifabutinu, linezolidu, levoflaxinu, rifampicinu, streptomycinu, sulfametoxazolu

      rezistentní k isoniazidu

Výskyt

      humánní klinický materiál (sputum, pleurální tekutina)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                 URE     PYZ*    kPHS    TWE      NO3      C42

Mycobacterium saskatchewanense                                 -           -           -           +           -           -

Mycobacterium avium komplex                                       -           +         NT          -          (-)          +

Mycobacterium gordonae                                               -                  NT         +          (-)          -

Mycobacterium interjectum                                            +          +           -           v           -           -

Mycobacterium palustre                                                 +          +          +          +          V          +

* 7 dnů

 

 

Nocardia asiatica

Grampozitivní hyfy, substrátové mycelium se větví, vzdušné mycelium tvoří cylindrické spóry, kolonie jsou velmi drobné v porovnání s N. asteroides a N. brasiliensis, reverzní kolonie jsou nažloutlé.

Význačné vlastnosti

      arylsulfatáza negativní

      utilizuje acetát, citrát, glukózu, rhamnózu

      neutilizuje arabinózu, galaktózu, manózu, adonitol, inositol, sorbitol

      nehydrolyzuje kasein, hypoxantin, xantin

      roste při 37 °C

      neroste při 45 °C

      redukuje nitráty

      citlivé k imipenemu

Výskyt

      humánní klinický materiál (sputum, transtracheální aspirát, nokardióza)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                 NO3      ESL      C45       Cit       Man      Rha

Nocardia asiatica                                                          +          +           -           +          V          +

Nocardia abscessus                                                      -           -           -           +         NT         +

Nocardia asteroides                                                      +          +           -           +          +           -

Nocardia brasiliensis                                                     +          +          +          +          +           -

Nocardia farcinica                                                         +          +          +           -           -           +

Nocardia otitidiscaviarum                                               +          +          +           -           +           -

Nocardia paucivorans                                                   NT          -          NT          -           -           -

Nocardia vaccinii                                                           +          +           -           -           +           -

Nacordia veterana                                                          -          NT         +           -           +          +

 

 

Nocardia inohanensis, N. yamanashiensis, N. niigatensis

Grampozitivní hyfy s nepravidelným větvením, rozpadající se na tyčky, tvoří krátké řetízky konidií na vzdušném myceliu.

Význačné vlastnosti

      utilizují glukózu, citrát, inositol (N. inohanensis, N. yamanashiensis), pouze glukózu (N. niigatensis)

      neutilizují arabinózu, galaktózu, maltózu, manózu, rhamnózu, adonitol, sorbitol

      rostou při 37 °C

      nerostou při 45 °C

hydrolyzují hypoxantin

nehydrolyzují kasein, tyrozin, xantin

citlivé ke kanamycinu

Výskyt

      humánní klinický materiál

 

 

Základní rozlišující testy

                                                                                 KAS     URE      C37      C45       Cit        Gln

Nocardia inohanensis                                                     -           +          +           -           +           -

Nocardia yamanashiensis                                               -           +          +           -           +          +

Nocardia niigatensis                                                      -           V          +           -           -           -

Nocardia abscessus                                                      -          NT         +           -           +         NT

Nocardia asteroides                                                       -           -           +           -           +         NT

Nocardia brasiliensis                                                     +          +          +          +          +         NT

Nocardia crassostreae                                                   -           -           -           -           -          NT

Nocardia otitidiscaviarum                                               -           +          +          +           -          NT

Nacordia pseudobrasiliensis                                          +          +          +           -           +         NT

Nocardia seriolae                                                           -           -           -           -           +         NT

Nocardia uniformis                                                         -           +          +           -           -          NT

 

 

Prevotella shahii, P. salivae

Gramnegativní tyčky, anerobní, nesporulující, nepohyblivé, kolonie světle hnědé, konečný produkt metabolismu glukózy  kyselina octová (popis u obou druhů na základě jednoho kmene).

Význačné vlastnosti

      kataláza, ureáza negativní

      tvoří kyselinu z glukózy, laktózy, maltózy, manózy, rafinózy, sacharózy

      netvoří kyselinu z D-melezitózy, D-rhamnózy, D-trehalózy, glycerolu, sorbitolu a manitolu, indol

Výskyt

      humánní klinický materiál (sliny, dutina ústní)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                 GEL      ESL      XYL      RHA     BGL*     BGA

Prevotella shahii                                                           +           -           -           -           -         +sl.

Prevotella salivae                                                          -           +          +           -           +          +

Prevotella loescheii                                                       +          +           -           -           -           +

Prevotella melaninogenica                                             +           -           -           -           -           +

Prevotella oris                                                               +          +          +          +          +           -

* = API ZYM

 

Rhodococcus gordoniae

Grampozitivní, větvená vlákna až na kokobacilární formy, aerobní, kolonie tvoří růžový až červený pigment.

Význačné vlastnosti

      kataláza pozitivní

      ureáza negativní

      tvoří kyselinu z D-glukózy, L-arabinózy, D-fruktózy, D-galaktózy, D-manózy, D-trehalózy, D-xylózy, manitolu, glycerolu

      netvoří kyselinu z D-maltózy, L-rhamnózy, D-celobiózy a inositolu, indol

      hydrolyzuje tyrozin

      nehydrolyzuje kasein, hypoxantin, xantin

      redukuje nitráty

      citlivý k amikacinu, amoxicilin/klav.kys., ampicilinu, cefalotinu, cefotaxinu, erythromycinu, imipenemu, oxacilinu, penicilinu, rifampicinu, tetracyklinu, vankomycinu

rezistentní ke clindamycinu, norfloxacinu

Výskyt

      humánní klinický materiál (krev), půda kontaminovaná fenolem

 

Základní rozlišující testy

                                                                                             URE      ESL      STA      Arb       Gly

Rhodococcus gordoniae                                                             -           -           +          +           -

Rhodococcus coprophilus                                                          +           -           +          +           -

Rhodococcus rhodochrous                                                         +          +           -           +          +

Rhodococcus ruber                                                                   -           -           +           -           +

Rhodococcus zopfii                                                                   +          +          +          +          +

 

 

Vysvětlivky:

AGL = a-glukosidáza; ANA = anaerobní růst; aPHS = alkalická fosfatáza; Arb = utilizace arbutinu; ARG = arginin dihydroláza; BGA = b-galaktosidáza; BGL = b-glukosidáza; Cit = utilizace citrátu; CLL = hydrolýza celulózy; C10 = růst při 10 °C; C37 = růst při 37 °C; C42 = růst při 42 °C; C45 = růst při 45 °C; ESL = hydrolýza eskulinu; GEL = hydrolýza želatiny; Gln = utilizace glukonátu; GLU = kyselina z glukózy; Gly = utilizace glycerolu; IND = tvorba indolu; KAS = hydrolýza kaseinu; kPHS  = kyselá fosfatáza; LAR = leucin arylamidáza; Man = utilizace manitolu; MNE = kyselina z manózy; MOT = pohyblivost; NO3 = redukce nitrátů; pH10,5 = růst při pH 10,5; PIG = tvorba pigmentu; PYZ = pyrazinamidáza; RAF = kyselina z rafinózy; RHA = kyselina z rhamnózy; Rha = utilizace rhamnózy; RIB = kyselina z ribózy; SPR = tvorba spór; ; STA = hydrolýza škrobu; TWE = hydrolýza Tweenu 80; URE = ureáza; XYL = kyselina z xylózy;  + = 90-100% pozitivních reakcí; +sl. = slabě pozitivní reakce; V = 20-80% pozitivních reakcí; (-) = 10-20% pozitivních reakcí; - = 0-10% pozitivních reakcí; NT = netestováno, CCM = Česká sbírka mikroorganismů, Brno

 

Vlastimil Štětina

Zdena Páčová

Česká sbírka mikroorganismů

Přírodovědecká fakulta

Masarykovy univerzity, Brno

 

 

Charakteristika rizikových skupin 1 až 2 dle patogenity mikroorganismů

1 Mikroorganismy, u nichž je malá pravděpodobnost, že vyvolají onemocnění lidí nebo zvířat.

2 Mikroorganismy, které mohou být příčinou onemocnění lidí a/nebo zvířat. Existuje proti nim obvykle účinná profylaxe a způsobená onemocnění jsou léčitelná.

? Údaje o patogenitě nejsou známy.

 

Tabulka I: NOVÉ DRUHY PROKARYOT VČETNĚ NOMENKLATORICKÝCH ZMĚN (leden 2004 - červen 2004)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Druh

Původní označení

Riziková skupina

Výskyt

Autor

Citace v IJSEM

Actinomadura mexicana

 

?

půda

Quintana et al. 2004

54:307

Actinomadura meyerae

 

?

půda

Quintana et al. 2004

54:307

Actinomyces hongkongensis

 

?

humánní klinický materiál

Woo et al. 2004

54:307

Aeriscardovia aeriphila

 

?

prase

Simpson et al. 2004

54:406

Aeromonas simiae

 

?

opice

Harf-Monteil et al. 2004

54:484

Aeropyrum camini

 

?

hlubokomořský hydrotermální průduch

Nakagawa et al. 2004

54:333

Aestuariibacter halophilus

 

?

sediment mořského přílivového pásma

Yi et al. 2004

54:575

Aestuariibacter salexigens

 

?

sediment mořského přílivového pásma

Yi et al. 2004

54:575

Agarivorans albus

 

?

mořští živočichové

Kurahashi and Yokota 2004

54:696

Algoriphagus halophilus

<- Hongiella halophila

?

sediment mořského přílivového pásma

(Yi and Chun 2004) Nedashkovskaya 2004

54:1763

Amycolatopsis decaplanina

 

?

půda

Wink et al. 2004

54:238

Amycolatopsis lurida

<- Amycolatopsis orientalis subsp. lurida

1

 

(Lechevalier et al. 1986) Stackebrandt et al. 2004

54:268

Amycolatopsis palatopharyngis

 

?

humánní klinický materiál

Huang et al. 2004

54:362

Anaerobranca californiensis

 

?

alkalický horký pramen

Gorlenko et al. 2004

54:743

Anaerotruncus colihominis

 

?

humánní klinický materiál

Lawson et al. 2004

54:416

Ancylobacter rudongensis

 

?

kořeny trávy

Xin et al. 2004

54:387

Aneurinibacillus danicus

 

?

prostředí

Goto et al. 2004

54:426

Angulomicrobium amanitiforme

 

?

sladkovodní nádrž

Fritz et al. 2004

54:656

Anoxybacillus contaminans

 

?

želatina, kontaminované výrobní šarže

De Clerck et al. 2004

54:944

Aquicella lusitana

 

?

voda (vrt, lázně)

Santos et al. 2004

54:1

Aquicella siphonis

 

?

voda (vrt, lázně)

Santos et al. 2004

54:1

Arcicella aquatica

 

?

sladkovodní jezero

Nikitin et al. 2004

54:684

Arsenicicoccus bolidensis

 

?

jezero, kontaminovaný sediment

Collins et al. 2004

54:608

Arthrobacter nitroguajacolicus

 

?

kontaminovaná půda; lesní půda

Kotoučková et al. 2004

54:777

Arthrobacter russicus

 

?

orbitální stanice Mir

Li et al. 2004

54:834

Asaia krungthepensis

 

?

květiny

Yukphan et al. 2004

54:315

Bacillus bataviensis

 

?

půda

Heyrman et al. 2004

54:56

Bacillus drentensis

 

?

půda

Heyrman et al. 2004

54:56

Bacillus galactosidilyticus

 

?

syrové mléko; pšeničné zrní; humánní klinický mateiál

Heyndrickx et al. 2004

54:620

Bacillus gelatini

 

?

želatina, kontaminované výrobní šarže

De Clerck et al. 2004

54:945

Bacillus hwajinpoensis

 

?

mořská voda

Yoon et al. 2004

54:807

Bacillus novalis

 

?

půda

Heyrman et al. 2004

54:54

Bacillus odysseyi

 

?

povrch družice "Odyssey"

La Duc et al. 2004

54:200

Bacillus shackletonii

 

?

vulkanická půda

Logan et al. 2004

54:375

Bacillus soli

 

?

půda

Heyrman et al. 2004

54:55

Bacillus vireti

 

?

půda

Heyrman et al. 2004

54:55

Balneimonas flocculans

 

?

horký pramen

Takeda et al. 2004

54:631

Bartonella chomelii

 

?

hovězí dobytek, krev

Maillard et al. 2004

54:219

Belliella baltica

 

?

mořská voda

Brettar et al. 2004

54:69

Bifidobacterium psychraerophilum

 

?

prase

Simpson et al. 2004

54:405

Blastococcus saxobsidens

 

?

povrch mramoru, vápence

Urzi et al. 2004

54:258

Brevibacillus limnophilus

 

?

prostředí

Goto et al. 2004

54:426

Brevundimonas nasdae

 

?

orbitální stanice Mir

Li et al. 2004

54:824

Bryantella formatexigens

 

?

humánní klinický materiál

Wolin et al. 2004

54:1

Burkholderia dolosa

 

?

prostředí; humánní klinický materiál

Vermis et al. 2004

54:691

Caldanaerobacter subterraneus subsp. pacificus

<- Carboxydibrachium pacificum

1

 

(Sokolova et al. 2001) Fardeau et al. 2004

54:472

Caldanaerobacter subterraneus subsp. subterraneus

 

?

ropná pole

(Fardeau et al. 2000) Fardeau et al. 2004

54:472

Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis

<- Thermoanaerobacter tengcongensis

1

 

(Xue et al. 2001) Fardeau et al. 2004

54:472

Caldanaerobacter subterraneus subsp. yonseiensis

<- Thermoanaerobacter yonseiensis

1

 

(Kim et al. 2001) Fardeau et al. 2004

54:472

Caminibacter profundus

 

?

hlubokomořský hydrotermální průduch

Miroshnichenko et al. 2004

54:45

Catellibacterium nectariphilum

 

?

aktivovaný kal

Tanaka et al. 2004

54:958

Cellulomonas xylanilytica

 

?

tlející strom (jilm)

Rivas et al. 2004

54:535

Cellulophaga pacifica

 

?

mořská voda

Nedashkovskaya et al. 2004

54:612

Collimonas fungivorans

 

?

půda

de Boer et al. 2004

54:863

Corynebacterium caspium

 

?

kaspický tuleň

Collins et al. 2004

54:927

Corynebacterium halotolerans

 

?

slaná půda

Chen et al. 2004

54:781

Corynebacterium nigricans

 

?

humánní klinický materiál

Shukla et al. 2004

54:1

Deinococcus indicus

 

?

kontaminovaná podzemní voda

Suresh et al. 2004

54:460

Desulfatibacillum aliphaticivorans

 

?

mořský sediment kontaminovaný uhlovodíky

Cravo-Laureau et al. 2004

54:81

Desulfofaba fastidiosa

 

?

mořský sediment

Abildgaard et al. 2004

54:399

Desulfofaba hansenii

<- Desulfomusa hansenii

?

 

(Finster et al. 2001) Abildgaard et al. 2004

54:398

Erwinia papayae

 

?

papaya, bakteriální sněť

Gardan et al. 2004

54:112

Erysipelothrix inopinata

 

?

živný peptonový bujón

Verbarg et al. 2004

54:225

Flavobacterium degerlachei

 

?

jezera, Antarktida

Van Trappen et al. 2004

54:89

Flavobacterium frigoris

 

?

jezera, Antarktida

Van Trappen et al. 2004

54:91

Flavobacterium micromati

 

?

jezera, Antarktida

Van Trappen et al. 2004

54:90

Formosa algae

 

?

hnědá mořská řasa

Ivanova et al. 2004

54:710

Gillisia limnaea

 

?

prostředí, Antarktida

Van Trappen et al. 2004

54:447

Gulosibacter molinativorax

 

?

prostředí kontaminované herbicidem

Manaia et al. 2004

54:787

Haloferax lucentense

 

?

solivar

Gutierrez et al. 2004

54:1

Halomonas axialensis

 

?

hlubokomořský hydrotermální průduch

Kaye et al. 2004

54:509

Halomonas boliviensis

 

?

půda

Quillaguamán et al. 2004

54:724

Halomonas hydrothermalis

 

?

hlubokomořský hydrotermální průduch

Kaye et al. 2004

54:509

Halomonas neptunia

 

?

hlubokomořský hydrotermální průduch

Kaye et al. 2004

54:508

Halomonas sulfidaeris

 

?

hlubokomořský hydrotermální průduch

Kaye et al. 2004

54:508

Halomonas ventosae

 

?

slané půdy

Martínez-Cánovas et al. 2004

54:736

Halorubrum terrestre

 

?

slané půdy

Ventosa et al. 2004

54:392

Herbaspirillum chlorophenolicum

 

?

kontaminovaná půda

Im et al. 2004

54:854

Hespellia porcina

 

?

prasečí hnůj

Whitehead et al. 2004

54:244

Hespellia stercorisuis

 

?

prasečí hnůj

Whitehead et al. 2004

54:244

Hongiella mannitolivorans

 

?

sediment mořského přílivového pásma

Yi and Chun 2004

54:160

Hongiella ornithinivorans

 

?

sediment mořského přílivového pásma

Yi and Chun 2004

54:160

Hydrogenimonas thermophila

 

?

hlubokomořský hydrotermální průduch

Takai et al. 2004

54:31

Hylemonella gracilis

<- Aquaspirillum gracile

1

 

(Canale-Parola et al. 1966) Spring et al. 2004

54:104

Chryseobacterium miricola

 

?

orbitální stanice Mir

Li et al. 2004

54:307

Isoptericola variabilis

<- Cellulosimicrobium variable

?

 

(Bakalidou et al. 2002) Stackebrandt et al. 2004

54:687

Jeotgalicoccus pinnipedialis

 

?

rypouš sloní

Hoyles et al. 2004

54:747

Klebsiella variicola

 

?

rostliny; humánní klinický materiál

Rosenblueth et al. 2004

54:631

Kordia algicida

 

?

mořská voda

Sohn et al. 2004

54:679

Lactobacillus kefiranofaciens subsp. kefirgranum

<- Lactobacillus kefirgranum

1

 

(Takizawa et al. 1994) Vancanneyt et al. 2004

54:555

Lactobacillus paracollinoides

 

?

prostředí pivovaru

Suzuki et al. 2004

54:116

Lactobacillus spicheri

 

?

rýžový kvásek

Meroth et al. 2004

54:631

Legionella drancourtii

 

?

intracelulární patogen améb

La Scola et al. 2004

54:703

Leptotrichia goodfellowii

 

?

humánní klinický materiál

Eribe et al. 2004

54:589

Leptotrichia hofstadii

 

?

humánní klinický materiál

Eribe et al. 2004

54:589

Leptotrichia shahii

 

?

humánní klinický materiál

Eribe et al. 2004

54:591

Leptotrichia wadei

 

?

humánní klinický materiál

Eribe et al. 2004

54:591

Marinospirillum insulare

 

?

fermentovaný slaný nálev "kusaya"

Satomi et al. 2004

54:166

Methanobacterium aarhusense

 

?

mořský sediment

Shlimon et al. 2004

54:763

Methanocalculus chunghsingensis

 

?

rybí nádrž, ústí řeky do moře

Lai et al. 2004

54:189

Methanomethylovorans hollandica

 

?

sladkovodní sediment

Lomans et al. 2004

54:307

Methylocella tundrae

 

?

kyselá rašeliniště, tundra

Dedysh et al. 2004

54:156

Microbacterium ulmi

 

?

tlející strom (Ulmus nigra)

Rivas et al. 2004

54:516

Micromonospora endolithica

 

?

Antarktida

Hirsch et al. 2004

54:631

Microtetraspora malaysiensis

 

?

lesní půda

Nakajima et al. 2004

54:1

Mycobacterium saskatchewanense

 

?

humánní klinický materiál

Turenne et al. 2004

54:666

Mycoplasma ovis

<- Eperythrozoon ovis

2

 

(Neitz et al. 1934) Neimark et al. 2004

54:370

Nakamurella multipartita

<- Microsphaera multipartita

1

 

(Yoshimi et al.1996) Tao et al. 2004

54:1000

Nesterenkonia halotolerans

 

?

slané půdy

Li et al. 2004

54:840

Nesterenkonia xinjiangensis

 

?

slané půdy

Li et al. 2004

54:840

Nitratireductor aquibiodomus

 

?

mořské akvárium, denitrifikační systém

Labbé et al. 2004

54:273

Nocardia asiatica

 

?

humánní klinický materiál

Kageyama et al. 2004

54:127

Nocardia inohanensis

 

?

humánní klinický materiál

Kageyama et al. 2004

54:568

Nocardia neocaledoniensis

 

?

ultrazásaditá půda

Saintpierre-Bonaccio et al. 2004

54:602

Nocardia niigatensis

 

?

humánní klinický materiál

Kageyama et al. 2004

54:568

Nocardia tenerifensis

 

?

půda

Kämpfer et al. 2004

54:383

Nocardia yamanashiensis

 

?

humánní klinický materiál

Kageyama et al. 2004

54:568

Nocardioides aquiterrae

 

?

podzemní voda

Yoon et al. 2004

54:74

Nocardiopsis aegyptia

 

?

mořský sediment

Sabry et al. 2004

54:456

Nocardiopsis alkaliphila

 

?

pouštní půda

Hozzein et al. 2004

54:251

Ottowia thiooxydans

 

?

aktivovaný kal

Spring et al. 2004

54:104

Paenibacillus ehimensis

<- Bacillus ehimensis

1

 

(Kuroshima et al. 1996) Lee et al. 2004

54:932

Paenibacillus favisporus

 

?

hovězí dobytek, feces

Velázquez et al. 2004

54:63

Paenibacillus chitinolyticus

<- Bacillus chitinolyticus

1

 

(Kuroshima et al. 1996) Lee et al. 2004

54:932

Paenibacillus lactis

 

?

mléko

Scheldeman et al. 2004

54:890

Parasporobacterium paucivorans

 

?

sladkovodní sediment

Lomans et al. 2004

54:307

Petrobacter succinatimandens

 

?

ropný rezervoár

Bonilla Salinas et al. 2004

54:648

Petrotoga mexicana

 

?

ropný vrt

Miranda-Tello et al. 2004

54:173

Planococcus maitriensis

 

?

prostředí, Antarktida

Alam et al. 2004

54:307

Polaromonas naphthalenivorans

 

?

voda kontaminovaná uhelným dehtem

Jeon et al. 2004

54:96

Prevotella salivae

 

?

humánní klinický materiál

Sakamoto et al. 2004

54:882

Prevotella shahii

 

?

humánní klinický materiál

Sakamoto et al. 2004

54:882

Propionispora hippei

 

?

alifatický polyester degradující bakterie

Abou-Zeid et al. 2004

54:953

Pseudoclavibacter helvolus

 

?

máslo

Manaia et al. 2004

54:788

Pseudomonas antarctica

 

?

voda, Antarktida

Reddy et al. 2004

54:717

Pseudomonas lutea

 

?

rhizosféra, tráva

Peix et al. 2004

54:849

Pseudomonas meridiana

 

?

voda, Antarktida

Reddy et al. 2004

54:718

Pseudomonas proteolytica

 

?

voda, Antarktida

Reddy et al. 2004

54:718

Pseudonocardia benzenivorans

 

?

kontaminovaná půda

Kämpfer and Kroppenstedt 2004

54:751

Pseudonocardia chloroethenivorans

 

?

půda

Lee et al. 2004

54:138

Psychroflexus tropicus

 

?

hyperslané jezero

Donachie et al. 2004

54:938

Ralstonia syzygii

<- Pseudomonas syzygii

1

 

(Roberts et al. 1990) Vaneechoutte et al. 2004

54:322

Reinekea marinisedimentorum

 

?

pobřežní mořský sediment

Romanenko et al. 2004

54:672

Rhizobium larrymoorei

<- Agrobacterium larrymoorei

1

 

(Bouzar and Jones 2001) Young 2004

54:149

Rhodococcus baikonurensis

 

?

orbitální stanice Mir

Li et al. 2004

54:834

Rhodococcus gordoniae

 

?

půda; humánní klinický materiál

Jones et al. 2004

54:410

Rothia aeria

 

?

orbitální stanice Mir

Li et al. 2004

54:833

Shewanella gaetbuli

 

?

mořské přílivové pásmo

Yoon et al. 2004

54:490

Sphingomonas yabuuchiae

 

?

orbitální stanice Mir

Li et al. 2004

54:824

Spirochaeta bajacaliforniensis

 

?

evaporit, Mexiko

Fracek and Stolz 2004

54:631

Streptococcus devriesei

 

?

kůň, zuby

Collins et al. 2004

54:631

Streptococcus minor

 

?

domácí zvířata

Vancanneyt et al. 2004

54:451

Streptomyces hebeiensis

 

?

půda

Xu et al. 2004

54:730

Streptomyces scabrisporus

 

?

půda

Xu et al. 2004

54:580

Streptomyces yeochonensis

 

?

půda

Kim et al. 2004

54:213

Sulfitobacter delicatus

 

?

hvězdice

Ivanova et al. 2004

54:479

Sulfitobacter dubius

 

?

mořská tráva

Ivanova et al. 2004

54:479

Sulfurihydrogenibium azorense

 

?

horké prameny

Aguiar et al. 2004

54:38

Syntrophomonas curvata

 

?

čistička vody

Zhang et al. 2004

54:972

Tenacibaculum skagerrakense

 

?

mořská voda

Frette et al. 2004

54:523

Tepidibacter formicigenes

 

?

hlubokomořský hydrotermální průduch

Urios et al. 2004

54:442

Thalassolituus oleivorans

 

?

mořská voda a sediment

Yakimov et al. 2004

54:147

Thalassomonas ganghwensis

 

?

sediment mořského přílivového pásma

Yi et al. 2004

54:380

Thermodesulfatator indicus

 

?

hlubokomořský hydrotermální průduch

Moussard et al. 2004

54:232

Thermodesulfobium narugense

 

?

horké prameny

Mori et al. 2004

54:1

Thermovibrio ammonificans

 

?

hlubokomořský hydrotermální průduch

Vetriani et al. 2004

54:180

Treponema azotonutricium

 

?

termit

Graber et al. 2004

54:631

Treponema primitia

 

?

termit

Graber et al. 2004

54:631

Ulvibacter litoralis

 

?

mořská zelená řasa

Nedashkovskaya et al. 2004

54:122

Vibrio gallicus

 

?

mořský plž

Sawabe et al. 2004

54:846

Vibrio hispanicus

 

?

mořská voda, garnát

Gomez-Gil et al. 2004

54:264

Volucribacter amazonae

 

?

domácí exotické ptactvo

Christensen et al. 2004

54:817

Volucribacter psittacicida

 

?

domácí exotické ptactvo

Christensen et al. 2004

54:817

Wautersia basilensis

<- Ralstonia basilensis

1

 

(Steinle et al. 1998) Vaneechoutte et al. 2004

54:323

Wautersia campinensis

<- Ralstonia campinensis

1

 

(Goris et al. 2001) Vaneechoutte et al. 2004

54:323

Wautersia eutropha

<- Ralstonia eutropha

1

 

(Davis 1969) Vaneechoutte et al. 2004

54:324

Wautersia gilardii

<- Ralstonia gilardii

1

 

(Coenye et al. 1999) Vaneechoutte et al. 2004

54:324

Wautersia metallidurans

<- Ralstonia metallidurans

1

 

(Goris et al. 2001) Vaneechoutte et al. 2004

54:324

Wautersia oxalatica

<- Ralstonia oxalatica

1

 

(Sahin et al. 2000) Vaneechoutte et al. 2004

54:324

Wautersia paucula

<- Ralstonia paucula

2

 

(Vandamme et al. 1999) Vaneechoutte et al. 2004

54:325

Wautersia respiraculi

<- Ralstonia respiraculi

?

 

(Coenye et al. 2003) Vaneechoutte et al. 2004

54:325

Wautersia taiwanensis

<- Ralstonia taiwanensis

1

 

(Chen et al. 2001) Vaneechoutte et al. 2004

54:325

Williamsia maris

 

?

mořský sediment

Stach et al. 2004

54:193

Xylanibacterium ulmi

 

?

strom, napadený jilm

Rivas et al. 2004

54:560

Xylanimicrobium pachnodae

<- Promicromonospora pachnodae

?

larva brouka

(Cazemier et al. 2004) Stackebrandt and Schumann 2004

54:1386

Yania halotolerans

 

?

slaná půda

Li et al. 2004

54:530