Zprávy CEM (SZÚ, Praha) 2005;
14(3):149-157.
Novinky
v taxonomii bakterií (č. 12)
Bacterial
taxonomic novelties (No. 12)
Vlastimil Štětina,
Zdena Páčová
V taxonomickém okénku č. 12
předkládáme
v tabulce I přehled nových taxonů prokaryot (Bacteria, Archaea), validně
publikovaných v International Journal of Systematic and
Evolutionary Microbiology (IJSEM) č. 1,
V textové
části jsou uvedeny základní informace pouze
k nově popsaným klinicky významným taxonům
z tabulky I. Údaje zde uvedené mají
informační charakter, se záměrem poukázat na
novinky v taxonomii bakterií, které se vážou
k problematice humánní klinické bakteriologie.
Základní informace k nově popsaným
klinicky významným bakteriálním druhům
Actinomyces
hongkongensis
Grampozitivní
tyčky, striktně anaerobní, nesporulující,
nepohyblivé, nehemolytické (popis na základě jednoho
kmene).
Význačné
vlastnosti
arginin dihydroláza, alkalická
fosfatáza, leucin arylamidáza, alanin arylamidáza, prolin
arylamidáza pozitivní
kataláza, ureáza, β-galaktosidáza, α-glukosidáza,
β-glukosidáza, β-glukuronidáza,
N-acetyl-β-glukosaminidáza negativní
netvoří
kyselinu z glukózy,
arabinózy, manózy, rafinózy, trehalózy,
xylózy
nehydrolyzuje eskulin
neredukuje nitráty
Výskyt
pánevní aktinomykóza (hnis)
Základní
rozlišující testy
BGA aPHS LAR ESL NO3
Actinomyces hongkongensis - + + - -
Actinomyces israelii + - + + V
Actinomyces meyeri - - - V -
Actinomyces naeslundii + - + + +
Actinomyces odontolyticus V V V V +
Actinomyces viscosus + - + + V
Amycolatopsis
palatopharyngis
Grampozitivní
aktinomyceta, větvené substrátové mycelium,
vzdušné mycelium tvoří dlouhé
řetízky sporotvorných struktur, kolonie se
žlutým až žluto-hnědým pigmentem,
fakultativně anaerobní (popis na základě jednoho
kmene).
Význačné
vlastnosti
kataláza pozitivní
tvoří
kyselinu z L-arabinózy,
D-fruktózy, D-galaktózy, D-trehalózy, D-xylózy,
adonitolu, meso-inositolu
netvoří
kyselinu z D-celobiózy,
D-laktózy, D-maltózy, D-melezitózy, L-rhamnózy,
D-sacharózy, salicinu, D-manitolu, D-sorbitolu
hydrolyzuje
želatinu, kasein, tyrozin,
hypoxantin, xantin
nehydrolyzuje
škrob, eskulin
roste
v 10 -
neroste
při
redukuje
nitráty
citlivý
k chloramfenikolu, gentamicinu, kanamycinu,
novobiocinu, penicilinu, rifampicinu, streptomycinu, tobramycinu
rezistentní
k ampicilinu, karbenicilinu,
cefalotinu
Výskyt
palatofaryngeální mukóza
Základní
rozlišující testy
ANA NO3 KAS C10 C45 RAF
Amycolatopsis palatopharyngis + + + + - +
Amycolatopsis eurytherma - + + - + -
Amycolatopsis methanolica - + - - + -
Amycolatopsis thermoflava - - + - + +
Anaerotruncus colihominis
Grampozitivní
tyčky, anaerobní, nesporulující, konečný
metabolický produkt v PYG bujonu je kyselina octová a máselná,
příbuzné Clostridium
leptum rRNA skupině.
Význačné
vlastnosti
kyselá fosfatáza pozitivní
kataláza,
ureáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza,
alkalická fosfatáza, arginin dihydroláza, α-galaktosidáza, β-galaktosidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza,
β-glukuronidáza, leucin arylamidáza
negativní
utilizuje D-glukózu,
D-celobiózu, D-fruktózu, D-galaktózu, maltózu,
D-manózu, D-trehalózu, N-acetylglukosamin
nehydrolyzuje želatinu
neredukuje nitráty
tvoří indol
citlivý k vankomycinu, kanamycinu
rezistentní ke
kolistinsulfátu
Výskyt
humánní klinický materiál
(stolice)
Základní
rozlišující testy
SPR MOT ESL CLL IND
Anaerotruncus colihominis - - - - +
Clostridium cellulosi + + + + -
Clostridium leptum + - V - -
Clostridium sporosphaeroides + - - - -
Bacillus galactosidilyticus
Grampozitivní
až gramvariabilní tyčky, fakultativně anaerobní,
sporulující, zduřující sporangia, kolonie
nepigmentující, s nepravidelným až rhizoidním
okrajem, dříve identifikovány jako B. lentus, B. firmus a B.
circulans.
Význačné vlastnosti
kataláza, β-galaktosidáza
pozitivní
arginin dihydroláza, lysin
dekarboxyláza, ornithin dekarboxyláza negativní
tvoří
(slabě) kyselinu
z D-glukózy, D-fruktózy, N-acetyl-β-glukosaminu
netvoří
kyselinu z D-arabinózy, dulcitolu,
sorbitolu, glycerolu, meso-inositolu
utilizuje
citrát
roste
při
neroste při
hydrolyzuje
eskulin
nehydrolyzuje
želatinu
netvoří
indol, acetoin, sirovodík
Výskyt
čerstvé mléko,
pšeničné zrno, humánní klinický
materiál (dětská žluč)
Základní
rozlišující testy
ANA pH10,5 URE NO3 KAS
Bacillus galactosidilyticus + + V + +sl.
Bacillus lentus - - + + -
Bacillus shackletonii + - - - +
Bryantella formatexigens
Grampozitivní
tyčky, krátké, striktně anaerobní,
nesporulující, nepohyblivé, růst je stimulován
mravenčanem, při jeho vysoké koncentraci je glukóza
fermentována na acetát, patří do rRNA komplexu Clostridium coccoides (popis na
základě jednoho kmene).
Význačné
vlastnosti
α-galaktosidáza, β-galaktosidáza,
α-glukosidáza, β-glukosidáza,
β-glukuronidáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza pozitivní
kataláza, oxidáza, ureáza,
alkalická fosfatáza, arginin dihydroláza, leucin
arylamidáza negativní
neredukuje
nitráty
netvoří
indol
Výskyt
humánní klinický materiál
(stolice)
Rozlišovací
testy
sekvencování genu pro 16S rRNA
detekce
enzymů (Rapid ID 32A)
Corynebacterium nigricans
Grampozitivní
tyčky, kokoidní, nesporulující, nepohyblivé,
nehemolytické, kolonie malé, suché, granulované, se
silnou adhezí k agaru, na kultivačních mediích
tvoří černý, ve vodě nerozpustný pigment.
Význačné
vlastnosti
kataláza
pozitivní
ureáza negativní
tvoří
kyselinu z glukózy,
maltózy, sacharózy
nehydrolyzuje
kasein, škrob, xantin
neredukuje
nitráty
Výskyt
urogenitální trakt žen
Základní
rozlišující testy
PIG NO3 URE GLU RIB
Corynebacterium nigricans černý - - + V
Corynebacterium amycolatum bílý,
nažloutlý V V + +
Corynebacterium aurimucosum nažloutlý - - + -
Corynebacterium glucuronolyticum bílý,
nažloutlý V V + +
Corynebacterium minutissimum bílý,
krémový - - + V
Corynebacterium riegelii bílý - + - +
Corynebacterium urealyticum šedobílý - + - -
Klebsiella variicola
Gramnegativní
tyčky, fakultativně anaerobní, fixující N2,
rostou na MacConkeyově agaru, reprezentují méně
než 10% klinických izolátů dříve
identifikovaných jako K.
pneumoniae.
Význačné
vlastnosti
kataláza pozitivní
netvoří
kyselinu z adonitolu
citlivé
k nalidixové
kyselině, spectinomycinu
rezistentní
k ampicilinu, karbenicilinu
Výskyt
humánní klinický materiál
(krev), katétr, rostliny (banány, rýže,
kukuřice, cukrová třtina)
Rozlišovací
metody
DNA-DNA hybridizace
PCR
Leptotrichia goodfellowii, L. hofstadii, L.
shahii, L. wadei
Gramnegativní
tyčky, anaerobní, nesporulující, nepohyblivé,
růstově náročné (Columbia agar nebo BHI agar
s 5% lidské krve, heminem a menadionem), optimum růstu
při
Význačné
vlastnosti
kataláza pozitivní¨
oxidáza negativní
nerostou
při
hydrolyzují
eskulin (většinou
slabě)
netvoří
indol
Výskyt
humánní klinický materiál
L. goodfellowii (krev), L. hofstadii (sliny zdravých
osob), L.shahii (pacienti
s gingivitidou), L. wadei (sliny
zdravých osob)
Základní
rozlišující testy
C42 ARG AGL BGL aPHS MNE
Leptotrichia goodfellowii - + - + - +
Leptotrichia hofstadii - - + + + +
Leptotrichia shahii - - + - - -
Leptotrichia wadei - - + + - -
Leptotrichia buccalis + - + + + +
Mycobacterium saskatchewanense
Acidorezistentní
tyčky, granulované, pomalu rostoucí, žlutě
pigmentující, „Accuprobe“ pozitivní
z komplexu M. avium, nejblíže
příbuzný druh M.
interjectum.
Význačné vlastnosti
termostabilní kataláza pozitivní
ureáza, kyselá fosfatáza,
pyrazinamidáza, arylsulfatáza, β-glukosidáza
negativní
neroste v 5% NaCl
neredukuje
nitráty
citlivé
k amikacinu, claritromycinu,
ciprofloxacinu, rifabutinu, linezolidu, levoflaxinu, rifampicinu, streptomycinu,
sulfametoxazolu
rezistentní
k isoniazidu
Výskyt
humánní klinický materiál
(sputum, pleurální tekutina)
Základní
rozlišující testy
URE PYZ* kPHS TWE NO3 C42
Mycobacterium saskatchewanense - - - + - -
Mycobacterium avium komplex - + NT - (-) +
Mycobacterium gordonae - V NT + (-) -
Mycobacterium interjectum + + - v - -
Mycobacterium palustre + + + + V +
* 7 dnů
Nocardia asiatica
Grampozitivní
hyfy, substrátové mycelium se větví,
vzdušné mycelium tvoří cylindrické spóry,
kolonie jsou velmi drobné v porovnání s N. asteroides a N. brasiliensis, reverzní kolonie jsou
nažloutlé.
Význačné vlastnosti
arylsulfatáza negativní
utilizuje
acetát, citrát,
glukózu, rhamnózu
neutilizuje
arabinózu, galaktózu,
manózu, adonitol, inositol, sorbitol
nehydrolyzuje
kasein, hypoxantin, xantin
roste
při
neroste
při
redukuje
nitráty
citlivé
k imipenemu
Výskyt
humánní klinický materiál
(sputum, transtracheální aspirát, nokardióza)
Základní
rozlišující testy
NO3 ESL C45 Cit Man Rha
Nocardia asiatica + + - + V +
Nocardia abscessus - - - + NT +
Nocardia asteroides + + - + + -
Nocardia brasiliensis + + + + + -
Nocardia farcinica + + + - - +
Nocardia otitidiscaviarum + + + - + -
Nocardia paucivorans NT - NT - - -
Nocardia vaccinii + + - - + -
Nacordia veterana - NT + - + +
Nocardia inohanensis, N. yamanashiensis, N.
niigatensis
Grampozitivní
hyfy s nepravidelným větvením,
rozpadající se na tyčky, tvoří
krátké řetízky konidií na vzdušném
myceliu.
Význačné vlastnosti
utilizují
glukózu, citrát,
inositol (N. inohanensis, N.
yamanashiensis), pouze glukózu (N.
niigatensis)
neutilizují
arabinózu, galaktózu,
maltózu, manózu, rhamnózu, adonitol, sorbitol
rostou
při
nerostou
při
hydrolyzují hypoxantin
nehydrolyzují kasein, tyrozin, xantin
citlivé ke kanamycinu
Výskyt
humánní klinický materiál
Základní
rozlišující testy
KAS URE C37 C45 Cit Gln
Nocardia inohanensis - + + - + -
Nocardia yamanashiensis - + + - + +
Nocardia niigatensis - V + - - -
Nocardia abscessus - NT + - + NT
Nocardia asteroides - - + - + NT
Nocardia brasiliensis + + + + + NT
Nocardia crassostreae - - - - - NT
Nocardia otitidiscaviarum - + + + - NT
Nacordia pseudobrasiliensis + + + - + NT
Nocardia seriolae - - - - + NT
Nocardia uniformis - + + - - NT
Prevotella shahii, P. salivae
Gramnegativní
tyčky, anerobní, nesporulující, nepohyblivé,
kolonie světle hnědé, konečný produkt metabolismu
glukózy kyselina octová
(popis u obou druhů na základě jednoho kmene).
Význačné
vlastnosti
kataláza, ureáza negativní
tvoří
kyselinu z glukózy,
laktózy, maltózy, manózy, rafinózy,
sacharózy
netvoří
kyselinu z D-melezitózy,
D-rhamnózy, D-trehalózy, glycerolu, sorbitolu a manitolu, indol
Výskyt
humánní klinický materiál
(sliny, dutina ústní)
Základní
rozlišující testy
GEL ESL XYL RHA BGL* BGA
Prevotella shahii + - - - - +sl.
Prevotella salivae - + + - + +
Prevotella loescheii + + - - - +
Prevotella melaninogenica + - - - - +
Prevotella oris + + + + + -
* = API ZYM
Rhodococcus gordoniae
Grampozitivní,
větvená vlákna až na kokobacilární formy,
aerobní, kolonie tvoří růžový až
červený pigment.
Význačné vlastnosti
kataláza pozitivní
ureáza negativní
tvoří
kyselinu z D-glukózy,
L-arabinózy, D-fruktózy, D-galaktózy, D-manózy,
D-trehalózy, D-xylózy, manitolu, glycerolu
netvoří
kyselinu z D-maltózy,
L-rhamnózy, D-celobiózy a inositolu, indol
hydrolyzuje
tyrozin
nehydrolyzuje
kasein, hypoxantin, xantin
redukuje
nitráty
citlivý
k
amikacinu, amoxicilin/klav.kys., ampicilinu, cefalotinu, cefotaxinu,
erythromycinu, imipenemu, oxacilinu, penicilinu, rifampicinu, tetracyklinu,
vankomycinu
rezistentní ke clindamycinu, norfloxacinu
Výskyt
humánní klinický materiál
(krev), půda kontaminovaná fenolem
Základní
rozlišující testy
URE ESL STA Arb Gly
Rhodococcus gordoniae - - + + -
Rhodococcus coprophilus + - + + -
Rhodococcus rhodochrous + + - + +
Rhodococcus ruber - - + - +
Rhodococcus zopfii + + + + +
Vysvětlivky:
AGL = a-glukosidáza;
ANA = anaerobní růst; aPHS
= alkalická fosfatáza; Arb
= utilizace arbutinu; ARG = arginin
dihydroláza; BGA = b-galaktosidáza;
BGL = b-glukosidáza; Cit =
utilizace citrátu; CLL =
hydrolýza celulózy; C10 =
růst při
Vlastimil Štětina
Zdena Páčová
Česká sbírka mikroorganismů
Přírodovědecká fakulta
Masarykovy univerzity, Brno
Charakteristika rizikových skupin 1 až 2 dle
patogenity mikroorganismů
1 Mikroorganismy, u nichž je malá pravděpodobnost, že vyvolají onemocnění lidí nebo zvířat.
2 Mikroorganismy, které mohou být příčinou onemocnění lidí a/nebo zvířat. Existuje proti nim obvykle účinná profylaxe a způsobená onemocnění jsou léčitelná.
? Údaje o patogenitě nejsou známy.
Tabulka
I: NOVÉ DRUHY PROKARYOT VČETNĚ NOMENKLATORICKÝCH
ZMĚN (leden 2004 - červen 2004) |
|
|
|
||
|
|
|
|
|
|
Druh |
Původní
označení |
Riziková skupina |
Výskyt |
Autor |
Citace
v IJSEM |
Actinomadura
mexicana |
|
? |
půda |
Quintana et
al. 2004 |
54:307 |
Actinomadura
meyerae |
|
? |
půda |
Quintana
et al. 2004 |
54:307 |
Actinomyces
hongkongensis |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Woo et
al. 2004 |
54:307 |
Aeriscardovia
aeriphila |
|
? |
prase |
Simpson
et al. 2004 |
54:406 |
Aeromonas
simiae |
|
? |
opice |
Harf-Monteil
et al. 2004 |
54:484 |
Aeropyrum
camini |
|
? |
hlubokomořský
hydrotermální průduch |
Nakagawa
et al. 2004 |
54:333 |
Aestuariibacter
halophilus |
|
? |
sediment
mořského přílivového pásma |
Yi et al.
2004 |
54:575 |
Aestuariibacter
salexigens |
|
? |
sediment
mořského přílivového pásma |
Yi et al.
2004 |
54:575 |
Agarivorans
albus |
|
? |
mořští
živočichové |
Kurahashi
and Yokota 2004 |
54:696 |
Algoriphagus
halophilus |
<- Hongiella
halophila |
? |
sediment
mořského přílivového pásma |
(Yi and
Chun 2004) Nedashkovskaya 2004 |
54:1763 |
Amycolatopsis
decaplanina |
|
? |
půda |
Wink et
al. 2004 |
54:238 |
Amycolatopsis
lurida |
<- Amycolatopsis
orientalis subsp. lurida |
1 |
|
(Lechevalier
et al. 1986) Stackebrandt et al. 2004 |
54:268 |
Amycolatopsis
palatopharyngis |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Huang et
al. 2004 |
54:362 |
Anaerobranca
californiensis |
|
? |
alkalický
horký pramen |
Gorlenko
et al. 2004 |
54:743 |
Anaerotruncus
colihominis |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Lawson et
al. 2004 |
54:416 |
Ancylobacter
rudongensis |
|
? |
kořeny
trávy |
Xin et
al. 2004 |
54:387 |
Aneurinibacillus
danicus |
|
? |
prostředí |
Goto et
al. 2004 |
54:426 |
Angulomicrobium
amanitiforme |
|
? |
sladkovodní
nádrž |
Fritz et
al. 2004 |
54:656 |
Anoxybacillus
contaminans |
|
? |
želatina,
kontaminované výrobní šarže |
De Clerck
et al. 2004 |
54:944 |
Aquicella
lusitana |
|
? |
voda
(vrt, lázně) |
Santos et
al. 2004 |
54:1 |
Aquicella
siphonis |
|
? |
voda
(vrt, lázně) |
Santos et
al. 2004 |
54:1 |
Arcicella
aquatica |
|
? |
sladkovodní
jezero |
Nikitin
et al. 2004 |
54:684 |
Arsenicicoccus
bolidensis |
|
? |
jezero,
kontaminovaný sediment |
Collins
et al. 2004 |
54:608 |
Arthrobacter
nitroguajacolicus |
|
? |
kontaminovaná
půda; lesní půda |
Kotoučková
et al. 2004 |
54:777 |
Arthrobacter
russicus |
|
? |
orbitální
stanice Mir |
Li et al.
2004 |
54:834 |
Asaia krungthepensis
|
|
? |
květiny |
Yukphan
et al. 2004 |
54:315 |
Bacillus
bataviensis |
|
? |
půda |
Heyrman
et al. 2004 |
54:56 |
Bacillus
drentensis |
|
? |
půda |
Heyrman
et al. 2004 |
54:56 |
Bacillus
galactosidilyticus |
|
? |
syrové
mléko; pšeničné zrní; humánní
klinický mateiál |
Heyndrickx
et al. 2004 |
54:620 |
Bacillus
gelatini |
|
? |
želatina,
kontaminované výrobní šarže |
De Clerck
et al. 2004 |
54:945 |
Bacillus
hwajinpoensis |
|
? |
mořská
voda |
Yoon et
al. 2004 |
54:807 |
Bacillus
novalis |
|
? |
půda |
Heyrman
et al. 2004 |
54:54 |
Bacillus
odysseyi |
|
? |
povrch
družice "Odyssey" |
|
54:200 |
Bacillus
shackletonii |
|
? |
vulkanická
půda |
Logan et
al. 2004 |
54:375 |
Bacillus
soli |
|
? |
půda |
Heyrman
et al. 2004 |
54:55 |
Bacillus
vireti |
|
? |
půda |
Heyrman
et al. 2004 |
54:55 |
Balneimonas
flocculans |
|
? |
horký
pramen |
Takeda et
al. 2004 |
54:631 |
Bartonella
chomelii |
|
? |
hovězí
dobytek, krev |
Maillard et
al. 2004 |
54:219 |
Belliella
baltica |
|
? |
mořská
voda |
Brettar
et al. 2004 |
54:69 |
Bifidobacterium
psychraerophilum |
|
? |
prase |
Simpson
et al. 2004 |
54:405 |
Blastococcus
saxobsidens |
|
? |
povrch
mramoru, vápence |
Urzi et al.
2004 |
54:258 |
Brevibacillus
limnophilus |
|
? |
prostředí |
Goto et
al. 2004 |
54:426 |
Brevundimonas
nasdae |
|
? |
orbitální
stanice Mir |
Li et al.
2004 |
54:824 |
Bryantella
formatexigens |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Wolin et al.
2004 |
54:1 |
Burkholderia
dolosa |
|
? |
prostředí;
humánní klinický materiál |
Vermis et
al. 2004 |
54:691 |
Caldanaerobacter
subterraneus
subsp. pacificus |
<- Carboxydibrachium
pacificum |
1 |
|
(Sokolova
et al. 2001) Fardeau et al. 2004 |
54:472 |
Caldanaerobacter
subterraneus
subsp. subterraneus |
|
? |
ropná
pole |
(Fardeau
et al. 2000) Fardeau et al. 2004 |
54:472 |
Caldanaerobacter
subterraneus
subsp. tengcongensis |
<- Thermoanaerobacter
tengcongensis |
1 |
|
(Xue et al.
2001) Fardeau et al. 2004 |
54:472 |
Caldanaerobacter
subterraneus
subsp. yonseiensis |
<- Thermoanaerobacter
yonseiensis |
1 |
|
(Kim et
al. 2001) Fardeau et al. 2004 |
54:472 |
Caminibacter
profundus |
|
? |
hlubokomořský
hydrotermální průduch |
Miroshnichenko
et al. 2004 |
54:45 |
Catellibacterium
nectariphilum |
|
? |
aktivovaný
kal |
Tanaka et
al. 2004 |
54:958 |
Cellulomonas
xylanilytica |
|
? |
tlející
strom (jilm) |
Rivas et
al. 2004 |
54:535 |
Cellulophaga
pacifica |
|
? |
mořská
voda |
Nedashkovskaya
et al. 2004 |
54:612 |
Collimonas
fungivorans |
|
? |
půda |
de Boer
et al. 2004 |
54:863 |
Corynebacterium
caspium |
|
? |
kaspický
tuleň |
Collins
et al. 2004 |
54:927 |
Corynebacterium
halotolerans |
|
? |
slaná
půda |
Chen et
al. 2004 |
54:781 |
Corynebacterium
nigricans |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Shukla et
al. 2004 |
54:1 |
Deinococcus
indicus |
|
? |
kontaminovaná
podzemní voda |
Suresh et
al. 2004 |
54:460 |
Desulfatibacillum
aliphaticivorans |
|
? |
mořský
sediment kontaminovaný uhlovodíky |
Cravo-Laureau
et al. 2004 |
54:81 |
Desulfofaba
fastidiosa |
|
? |
mořský
sediment |
Abildgaard
et al. 2004 |
54:399 |
Desulfofaba
hansenii |
<- Desulfomusa
hansenii |
? |
|
(Finster
et al. 2001) Abildgaard et al. 2004 |
54:398 |
Erwinia
papayae |
|
? |
papaya,
bakteriální sněť |
Gardan et
al. 2004 |
54:112 |
Erysipelothrix
inopinata |
|
? |
živný
peptonový bujón |
Verbarg
et al. 2004 |
54:225 |
Flavobacterium
degerlachei |
|
? |
jezera,
Antarktida |
Van
Trappen et al. 2004 |
54:89 |
Flavobacterium
frigoris |
|
? |
jezera,
Antarktida |
Van
Trappen et al. 2004 |
54:91 |
Flavobacterium
micromati |
|
? |
jezera,
Antarktida |
Van
Trappen et al. 2004 |
54:90 |
Formosa
algae |
|
? |
hnědá
mořská řasa |
Ivanova
et al. 2004 |
54:710 |
Gillisia
limnaea |
|
? |
prostředí,
Antarktida |
Van
Trappen et al. 2004 |
54:447 |
Gulosibacter
molinativorax |
|
? |
prostředí
kontaminované herbicidem |
Manaia et
al. 2004 |
54:787 |
Haloferax
lucentense |
|
? |
solivar |
Gutierrez
et al. 2004 |
54:1 |
Halomonas
axialensis |
|
? |
hlubokomořský
hydrotermální průduch |
Kaye et
al. 2004 |
54:509 |
Halomonas
boliviensis |
|
? |
půda |
Quillaguamán
et al. 2004 |
54:724 |
Halomonas
hydrothermalis |
|
? |
hlubokomořský
hydrotermální průduch |
Kaye et
al. 2004 |
54:509 |
Halomonas
neptunia |
|
? |
hlubokomořský
hydrotermální průduch |
Kaye et
al. 2004 |
54:508 |
Halomonas
sulfidaeris |
|
? |
hlubokomořský
hydrotermální průduch |
Kaye et
al. 2004 |
54:508 |
Halomonas
ventosae |
|
? |
slané
půdy |
Martínez-Cánovas
et al. 2004 |
54:736 |
Halorubrum
terrestre |
|
? |
slané
půdy |
Ventosa
et al. 2004 |
54:392 |
Herbaspirillum
chlorophenolicum |
|
? |
kontaminovaná
půda |
Im et al.
2004 |
54:854 |
Hespellia
porcina |
|
? |
prasečí
hnůj |
Whitehead
et al. 2004 |
54:244 |
Hespellia
stercorisuis |
|
? |
prasečí
hnůj |
Whitehead
et al. 2004 |
54:244 |
Hongiella
mannitolivorans |
|
? |
sediment
mořského přílivového pásma |
Yi and
Chun 2004 |
54:160 |
Hongiella
ornithinivorans |
|
? |
sediment
mořského přílivového pásma |
Yi and
Chun 2004 |
54:160 |
Hydrogenimonas
thermophila |
|
? |
hlubokomořský
hydrotermální průduch |
Takai et
al. 2004 |
54:31 |
Hylemonella
gracilis |
<- Aquaspirillum
gracile |
1 |
|
(Canale-Parola
et al. 1966) Spring et al. 2004 |
54:104 |
Chryseobacterium
miricola |
|
? |
orbitální
stanice Mir |
Li et al.
2004 |
54:307 |
Isoptericola
variabilis |
<- Cellulosimicrobium
variable |
? |
|
(Bakalidou
et al. 2002) Stackebrandt et al. 2004 |
54:687 |
Jeotgalicoccus
pinnipedialis |
|
? |
rypouš
sloní |
Hoyles et
al. 2004 |
54:747 |
Klebsiella
variicola |
|
? |
rostliny;
humánní klinický materiál |
Rosenblueth
et al. 2004 |
54:631 |
Kordia
algicida |
|
? |
mořská
voda |
Sohn et
al. 2004 |
54:679 |
Lactobacillus
kefiranofaciens
subsp. kefirgranum |
<- Lactobacillus
kefirgranum |
1 |
|
(Takizawa
et al. 1994) Vancanneyt et al. 2004 |
54:555 |
Lactobacillus
paracollinoides |
|
? |
prostředí
pivovaru |
Suzuki et
al. 2004 |
54:116 |
Lactobacillus
spicheri |
|
? |
rýžový
kvásek |
Meroth et
al. 2004 |
54:631 |
Legionella
drancourtii |
|
? |
intracelulární
patogen améb |
|
54:703 |
Leptotrichia
goodfellowii |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Eribe et
al. 2004 |
54:589 |
Leptotrichia
hofstadii |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Eribe et
al. 2004 |
54:589 |
Leptotrichia
shahii |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Eribe et
al. 2004 |
54:591 |
Leptotrichia
wadei |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Eribe et
al. 2004 |
54:591 |
Marinospirillum
insulare |
|
? |
fermentovaný
slaný nálev "kusaya" |
Satomi et
al. 2004 |
54:166 |
Methanobacterium
aarhusense |
|
? |
mořský
sediment |
Shlimon
et al. 2004 |
54:763 |
Methanocalculus
chunghsingensis |
|
? |
rybí
nádrž, ústí řeky do moře |
Lai et
al. 2004 |
54:189 |
Methanomethylovorans
hollandica |
|
? |
sladkovodní
sediment |
Lomans et
al. 2004 |
54:307 |
Methylocella
tundrae |
|
? |
kyselá
rašeliniště, tundra |
Dedysh et
al. 2004 |
54:156 |
Microbacterium
ulmi |
|
? |
tlející
strom (Ulmus nigra) |
Rivas et
al. 2004 |
54:516 |
Micromonospora
endolithica |
|
? |
Antarktida |
Hirsch et
al. 2004 |
54:631 |
Microtetraspora
malaysiensis |
|
? |
lesní
půda |
Nakajima
et al. 2004 |
54:1 |
Mycobacterium
saskatchewanense |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Turenne
et al. 2004 |
54:666 |
Mycoplasma
ovis |
<- Eperythrozoon
ovis |
2 |
|
(Neitz et
al. 1934) Neimark et al. 2004 |
54:370 |
Nakamurella
multipartita |
<- Microsphaera
multipartita |
1 |
|
(Yoshimi
et al.1996) Tao et al. 2004 |
54:1000 |
Nesterenkonia
halotolerans |
|
? |
slané
půdy |
Li et al.
2004 |
54:840 |
Nesterenkonia
xinjiangensis |
|
? |
slané
půdy |
Li et al.
2004 |
54:840 |
Nitratireductor
aquibiodomus |
|
? |
mořské
akvárium, denitrifikační systém |
Labbé
et al. 2004 |
54:273 |
Nocardia
asiatica |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Kageyama
et al. 2004 |
54:127 |
Nocardia
inohanensis |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Kageyama
et al. 2004 |
54:568 |
Nocardia
neocaledoniensis |
|
? |
ultrazásaditá
půda |
Saintpierre-Bonaccio
et al. 2004 |
54:602 |
Nocardia
niigatensis |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Kageyama
et al. 2004 |
54:568 |
Nocardia
tenerifensis |
|
? |
půda |
Kämpfer
et al. 2004 |
54:383 |
Nocardia
yamanashiensis |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Kageyama
et al. 2004 |
54:568 |
Nocardioides
aquiterrae |
|
? |
podzemní
voda |
Yoon et
al. 2004 |
54:74 |
Nocardiopsis
aegyptia |
|
? |
mořský
sediment |
Sabry et
al. 2004 |
54:456 |
Nocardiopsis
alkaliphila |
|
? |
pouštní
půda |
Hozzein
et al. 2004 |
54:251 |
Ottowia
thiooxydans |
|
? |
aktivovaný
kal |
Spring et
al. 2004 |
54:104 |
Paenibacillus
ehimensis |
<- Bacillus
ehimensis |
1 |
|
(Kuroshima
et al. 1996) Lee et al. 2004 |
54:932 |
Paenibacillus
favisporus |
|
? |
hovězí
dobytek, feces |
Velázquez
et al. 2004 |
54:63 |
Paenibacillus
chitinolyticus |
<- Bacillus
chitinolyticus |
1 |
|
(Kuroshima
et al. 1996) Lee et al. 2004 |
54:932 |
Paenibacillus
lactis |
|
? |
mléko |
Scheldeman
et al. 2004 |
54:890 |
Parasporobacterium
paucivorans |
|
? |
sladkovodní
sediment |
Lomans et
al. 2004 |
54:307 |
Petrobacter
succinatimandens |
|
? |
ropný
rezervoár |
Bonilla
Salinas et al. 2004 |
54:648 |
Petrotoga
mexicana |
|
? |
ropný
vrt |
Miranda-Tello
et al. 2004 |
54:173 |
Planococcus
maitriensis |
|
? |
prostředí,
Antarktida |
Alam et
al. 2004 |
54:307 |
Polaromonas
naphthalenivorans |
|
? |
voda
kontaminovaná uhelným dehtem |
Jeon et
al. 2004 |
54:96 |
Prevotella
salivae |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Sakamoto et
al. 2004 |
54:882 |
Prevotella
shahii |
|
? |
humánní
klinický materiál |
Sakamoto
et al. 2004 |
54:882 |
Propionispora
hippei |
|
? |
alifatický
polyester degradující bakterie |
Abou-Zeid
et al. 2004 |
54:953 |
Pseudoclavibacter
helvolus |
|
? |
máslo |
Manaia et
al. 2004 |
54:788 |
Pseudomonas
antarctica |
|
? |
voda,
Antarktida |
Reddy et
al. 2004 |
54:717 |
Pseudomonas
lutea |
|
? |
rhizosféra,
tráva |
Peix et
al. 2004 |
54:849 |
Pseudomonas
meridiana |
|
? |
voda,
Antarktida |
Reddy et
al. 2004 |
54:718 |
Pseudomonas
proteolytica |
|
? |
voda,
Antarktida |
Reddy et
al. 2004 |
54:718 |
Pseudonocardia
benzenivorans |
|
? |
kontaminovaná
půda |
Kämpfer
and Kroppenstedt 2004 |
54:751 |
Pseudonocardia
chloroethenivorans |
|
? |
půda |
Lee et
al. 2004 |
54:138 |
Psychroflexus
tropicus |
|
? |
hyperslané
jezero |
Donachie
et al. 2004 |
54:938 |
Ralstonia
syzygii |
<- Pseudomonas
syzygii |
1 |
|
(Roberts
et al. 1990) Vaneechoutte et al. 2004 |
54:322 |
Reinekea
marinisedimentorum |
|
? |
pobřežní
mořský sediment |
Romanenko
et al. 2004 |
54:672 |
Rhizobium
larrymoorei |
<- Agrobacterium
larrymoorei |
1 |
|
(Bouzar
and Jones 2001) Young 2004 |
54:149 |
Rhodococcus
baikonurensis |
|
? |
orbitální
stanice Mir |
Li et al.
2004 |
54:834 |
Rhodococcus
gordoniae |
|
? |
půda;
humánní klinický materiál |
Jones et
al. 2004 |
54:410 |
Rothia
aeria |
|
? |
orbitální
stanice Mir |
Li et al.
2004 |
54:833 |
Shewanella
gaetbuli |
|
? |
mořské
přílivové pásmo |
Yoon et
al. 2004 |
54:490 |
Sphingomonas
yabuuchiae |
|
? |
orbitální
stanice Mir |
Li et al.
2004 |
54:824 |
Spirochaeta
bajacaliforniensis |
|
? |
evaporit,
Mexiko |
Fracek
and Stolz 2004 |
54:631 |
Streptococcus
devriesei |
|
? |
kůň,
zuby |
Collins
et al. 2004 |
54:631 |
Streptococcus
minor |
|
? |
domácí
zvířata |
Vancanneyt
et al. 2004 |
54:451 |
Streptomyces
hebeiensis |
|
? |
půda |
Xu et al.
2004 |
54:730 |
Streptomyces
scabrisporus |
|
? |
půda |
Xu et al.
2004 |
54:580 |
Streptomyces
yeochonensis |
|
? |
půda |
Kim et
al. 2004 |
54:213 |
Sulfitobacter
delicatus |
|
? |
hvězdice |
Ivanova
et al. 2004 |
54:479 |
Sulfitobacter
dubius |
|
? |
mořská
tráva |
Ivanova
et al. 2004 |
54:479 |
Sulfurihydrogenibium
azorense |
|
? |
horké
prameny |
Aguiar et
al. 2004 |
54:38 |
Syntrophomonas
curvata |
|
? |
čistička
vody |
Zhang et
al. 2004 |
54:972 |
Tenacibaculum
skagerrakense |
|
? |
mořská
voda |
Frette et
al. 2004 |
54:523 |
Tepidibacter
formicigenes |
|
? |
hlubokomořský
hydrotermální průduch |
Urios et
al. 2004 |
54:442 |
Thalassolituus
oleivorans |
|
? |
mořská
voda a sediment |
Yakimov
et al. 2004 |
54:147 |
Thalassomonas
ganghwensis |
|
? |
sediment
mořského přílivového pásma |
Yi et al.
2004 |
54:380 |
Thermodesulfatator
indicus |
|
? |
hlubokomořský
hydrotermální průduch |
Moussard
et al. 2004 |
54:232 |
Thermodesulfobium
narugense |
|
? |
horké
prameny |
Mori et
al. 2004 |
54:1 |
Thermovibrio
ammonificans |
|
? |
hlubokomořský
hydrotermální průduch |
Vetriani
et al. 2004 |
54:180 |
Treponema
azotonutricium |
|
? |
termit |
Graber et
al. 2004 |
54:631 |
Treponema
primitia |
|
? |
termit |
Graber et
al. 2004 |
54:631 |
Ulvibacter
litoralis |
|
? |
mořská
zelená řasa |
Nedashkovskaya
et al. 2004 |
54:122 |
Vibrio
gallicus |
|
? |
mořský
plž |
Sawabe et
al. 2004 |
54:846 |
Vibrio
hispanicus |
|
? |
mořská
voda, garnát |
Gomez-Gil
et al. 2004 |
54:264 |
Volucribacter
amazonae |
|
? |
domácí
exotické ptactvo |
Christensen
et al. 2004 |
54:817 |
Volucribacter
psittacicida |
|
? |
domácí
exotické ptactvo |
Christensen
et al. 2004 |
54:817 |
Wautersia
basilensis |
<- Ralstonia
basilensis |
1 |
|
(Steinle et
al. 1998) Vaneechoutte et al. 2004 |
54:323 |
Wautersia
campinensis |
<- Ralstonia
campinensis |
1 |
|
(Goris et
al. 2001) Vaneechoutte et al. 2004 |
54:323 |
Wautersia
eutropha |
<- Ralstonia
eutropha |
1 |
|
(Davis 1969)
Vaneechoutte et al. 2004 |
54:324 |
Wautersia
gilardii |
<- Ralstonia
gilardii |
1 |
|
(Coenye
et al. 1999) Vaneechoutte et al. 2004 |
54:324 |
Wautersia
metallidurans |
<- Ralstonia
metallidurans |
1 |
|
(Goris et
al. 2001) Vaneechoutte et al. 2004 |
54:324 |
Wautersia
oxalatica |
<- Ralstonia
oxalatica |
1 |
|
(Sahin et
al. 2000) Vaneechoutte et al. 2004 |
54:324 |
Wautersia
paucula |
<- Ralstonia
paucula |
2 |
|
(Vandamme
et al. 1999) Vaneechoutte et al. 2004 |
54:325 |
Wautersia
respiraculi |
<- Ralstonia
respiraculi |
? |
|
(Coenye
et al. 2003) Vaneechoutte et al. 2004 |
54:325 |
Wautersia
taiwanensis |
<- Ralstonia
taiwanensis |
1 |
|
(Chen et al.
2001) Vaneechoutte et al. 2004 |
54:325 |
Williamsia
maris |
|
? |
mořský
sediment |
Stach et
al. 2004 |
54:193 |
Xylanibacterium
ulmi |
|
? |
strom,
napadený jilm |
Rivas et
al. 2004 |
54:560 |
Xylanimicrobium
pachnodae |
<- Promicromonospora
pachnodae |
? |
larva
brouka |
(Cazemier
et al. 2004) Stackebrandt and Schumann 2004 |
54:1386 |
Yania
halotolerans |
|
? |
slaná
půda |
Li et al.
2004 |
54:530 |