Zprávy CEM (SZÚ, Praha) 2005; 14(8):396-409.

 

Novinky v taxonomii bakterií (č. 13)

Bacterial taxonomic novelties (No. 13)

 

Zdena Páčová,  Vlastimil Štětina   

 

      V taxonomickém okénku č. 13 předkládáme  v tabulce I přehled nových taxonů prokaryot (Bacteria, Archaea), validně publikovaných v International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) č. 4, 5 a 6 v r. 2004 a uvedených na validačních listech č. 98, 99 a 100 v témže časopise. Uvedeny jsou rovněž nové kombinace, které vznikly přeřazením dříve validně publikovaného druhu do nového rodu (původní jméno se stává synonymem). U nových kombinací neuvádíme informace týkající se výskytu.

     V textové části jsou uvedeny základní informace pouze k nově popsaným klinicky významným taxonům z tabulky I. Údaje zde uvedené mají informační charakter, se záměrem poukázat na novinky v taxonomii bakterií, které se vážou k problematice humánní klinické bakteriologie.

 

Základní informace k nově popsaným klinicky významným bakteriálním druhům

 

Akkermansia muciniphila

      Gramnegativní, oválné buňky, vyskytující se většinou jednotlivě nebo po dvou, striktně anaerobní, nesporulující, nepohyblivé, kolonie nepigmentující, degradují mucin, který využívají jako zdroj C, N2 a energie, rostou na bohatých mediích (např. BHI, Columbia agar) s mucinem, bez mucinu je růst poloviční, patří do divize Verrucomicrobia (subdivize 1).

Výskyt

      střevní trakt člověka

 

Základní rozlišující testy

                                                                                                          CM        O2        FIM     GGAL

Akkermansia muciniphila                                                              oválné buňky  -           -           -

Verrucomicrobium spinosum                                                            fusiformní    

                                                                                                        tyčky       +          +          +

Prosthecobacter                                                                             fusiformní

                                                                                                        tyčky       +          +          +

 

 

Anaerofustis stercorihominis

      Grampozitivní tyčky, striktně anaerobní, nesporulující, kolonie nepigmentující, slabě žlutý fluorescentní pigment pod UV světlem, konečný produkt metabolismu glukózy je kyselina octová a máselná, patří k sub-phylum Clostridium, popis na základě jednoho kmene.

Význačné vlastnosti

      kataláza, ureáza, lipáza, lecitináza, alkalická fosfatáza, leucin arylamidáza, α-galaktosidáza, β-galaktosidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza negativní

      tvoří kyselinu z fruktózy, slabě z glukózy a xylózy

      nehydrolyzuje eskulin

      netvoří indol

      neredukuje nitráty

      rezistentní ke 20 % žluči

Výskyt

      humánní klinický materiál (stolice)

Rozlišovací metody

      sekvencování genu pro 16S rRNA

      DNA-DNA hybridizace

      analýza mastných kyselin

 

Brevibacterium sanguinis

      Grampozitivní, koryneformní tyčky, nesporulující, nepigmentující, velmi citlivé na acetát thalný, biochemicky velmi podobné druhu Brevibacterium casei.

Význačné vlastnosti

      kataláza, pyrazinamidáza, alkalická a kyselá fosfatáza, leucin arylamidáza, α-glukosidáza pozitivní

      oxidáza, ureáza negativní

      netvoří kyselinu z glukózy a jiných karbohydrátů

      utilizuje glukózu, D-arabinózu, maltózu, N-acetylglukosamin, sacharózu, trehalózu, glycerol

      hydrolyzuje želatinu, kasein, tyrozin, xantin

      nehydrolyzuje eskulin

Výskyt

      humánní klinický materiál (krev)

 

Základní rozlišující testy 

                                                                                 C20      THA      PYR      PYZ     D-Ara     Man

Brevibacterium sanguinis                                               +         S *         V          +          +           -

Brevibacterium casei                                                     +        R **       (+)         +          +           -

Brevibacterium epidermidis                                            +          S          -           +           -           +

Brevibacterium otitidis                                                   -           R          +          +           -           -

Brevibacterium luteolum                                                +          S          +          +           -           -

Brevibacterium mcbrellneri                                             -           R          -           -           -           -

Brevibacterium paucivorans                                            -           S          -           -           -           -

* S = citlivý, ** R = rezistentní

 

Cardiobacterium valvarum

Gramnegativní tyčky, vyžadující k růstu krevní agar s beraní krví, na čokoládovém agaru tvoří menší, pleomorfní kolonie, neroste na MacConkeyově agaru, popis na základě jednoho kmene.

Význačné vlastnosti

      oxidáza pozitivní

      kataláza, ureáza negativní

      utilizuje glukózu, fruktózu, manózu, sorbitol

      neutilizuje maltózu, sacharózu, manitol

      nehydrolyzuje eskulin

tvoří indol, sirovodík

neredukuje nitráty

citlivý k amikacinu, cefepimu, ceftazidimu, ciprofloxacinu, imipenemu, tikarcilin/klav.kys., trimetoprim/sulfametoxazolu

Výskyt

      humánní klinický materiál (krev, endokarditida)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                                          IND       Mlt       Man      Suc

Cardiobacterium valvarum                                                                 +(silně)      -           -           -

Cardiobacterium hominis                                                                  +(slabě)     +          +          +

 

 

Clostridium bartlettii

      Grampozitivní tyčky, striktně anaerobní, sporulující, kolonie na Brucella krevním agaru nažloutlé, slabě β-hemolytické, hlavními produkty metabolismu glukózy jsou kyselina octová, iso-valerová a iso-máselná, nejblíže příbuzné druhu Clostridium glycolyticum.

Význačné vlastnosti

      kyselá fosfatáza, β-glukuronidáza pozitivní

      kataláza, ureáza, lecitináza, lipáza negativní

      tvoří kyselinu z glukózy, fruktózy, maltózy, ribózy, sacharózy, manitolu

      netvoří kyselinu z laktózy, manózy, melibiózy, melezitózy, xylózy a salicinu, indol

      nehydrolyzuje eskulin, želatinu

      neredukuje nitráty

      citlivý ke kanamycinu, vankomycinu

      rezistentní ke kolistinu, 20% žluči

Výskyt

      humánní klinický materiál (stolice)

 

Základní rozlišující testy 

                                                                                 MOT      LEC      ESL     MAN     SUC      XYL

Clostridium bartlettii                                                       -           -           -           +          +           -

Clostridium difficile                                                        V          -           V          -           -           -

Clostridium glycolicum                                                   V          -           -           -           -           +

Clostridium hiranonis                                                     -           -           -           -           +           -

Clostridium lituseburense                                              +          +          +           -         +sl.         -

Clostridium mayombei                                                   +           -           -           -           -         +sl.

 

 

Corynebacterium tuberculostearicum

Grampozitivní pleomorfní tyčky, tvoří i kokoidní formy, aerobní až fakultativně anaerobní, kolonie nepigmentující, lipofilní, mastné kyseliny obsahují tuberkulostearovou kyselinu.

Význačné vlastnosti

      kataláza, esteráza pozitivní

      oxidáza, ureáza, DNáza, β-galaktosidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza negativní

      tvoří kyselinu z glukózy, galaktózy, fruktózy, manózy, ribózy, glycerolu

      netvoří kyselinu z laktózy, xylózy, inulinu, sorbitolu

      nehydrolyzuje eskulin, želatinu

Výskyt

      humánní klinický materiál (krev, moč, kůže, lymfatická uzlina)          

 

Základní rozlišující testy 

                                                                                             PYZ      LAR      AGL      MLT      GAL

Corynebacterium tuberculostearicum                                          +          +         (+)        (+)         +

Corynebacterium accolens                                                          -           +          +          +           -

Corynebacterium macginleyi                                                       -           -           -           -           +

 

 

Helcococcus sueciensis

      Grampozitivní, kokoidní formy, v párech nebo v krátkých řetízcích, fakultativně anaerobní, nepigmentující, nesporulující, nepohyblivé, nehemolytické, chemoorganotrofní, vyžadují pro růst kvasniční extrakt, popis na základě jednoho kmene.

Význačné vlastnosti

      alkalická fosfatáza, β-galaktosidáza, leucin arylamidáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza pozitivní

kataláza, α-galaktosidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza negativní

tvoří kyselinu z glukózy, maltózy, laktózy, trehalózy

netvoří kyselinu z L-arabinózy, manózy, melibiózy, melezitózy, rafinózy, sacharózy, manitolu

netvoří acetoin, indol

nehydrolyzuje hippurát

      neredukuje nitráty

Výskyt

      humánní klinický materiál (rána)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                             LAC      TRE     aPHS     BGL     BGR

Helcococcus sueciensis                                                            +          +          +           -           -

Helcococcus kunzii                                                                   +          +           -           +           -

Helcococcus ovis                                                                      -           -           +           -           +

 

 

Mycobacterium boenickei, M. brisbanense, M. houstonense, M. neworleansense

Rychle rostoucí, acidoresistentní, pleomorfní tyčky, tvořící často dlouhá vlákna, dříve identifikovány v komplexu Mycobacterium fortuitum biovarianty sorbitol + i -.

Význačné vlastnosti

      termostabilní kataláza (kromě M. brisbanense, M. boenickei pouze v 83%) , arylsulfatáza (3 denní) pozitivní

      utilizují acetamid, myo-inositol, D-manitol

      neutilizují citrát, D-galaktózu, sacharózu, glycerol

      rostou v 5% NaCl, a na MacConkeyově agaru bez krystalové violeti

      rezistentní k amikacinu, sulfametoxazolu, amoxicilin/klav.kys.

Výskyt

      humánní klinický materiál: M. boenickei (sputum, rána), M. houstonense (rána, plíce-biopsie), M. neworleanense (rána-kůže pokrývající lebeční kost), M. brisbanense (antrální dutina)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                             C42      Ace       Ino        Sal        Xyl

Mycobacterium boenickei                                                          -           +          +          +           -

Mycobacterium brisbanense                                                      +          +          +          +           -

Mycobacterium houstonense                                                      +          +          +           -           -

Mycobacterium neworleansense                                                  -           +          +          +          +

Mycobacterium fortuitum                                                           +          +           -           -           -

Mycobacterium peregrinum                                                         -           -           -           -           -

Mycobacterium senegalense                                                      +          +           -           +           -

Mycobacterium septicum                                                           -           V          +          +          V

 

 

Mycobacterium canariasense

      Rychle rostoucí, částečně acidoresistentní tyčky, nepigmentující, nejblíže příbuzné druhům Mycobacterium diernhoferi a M. mucogenicum.

Význačné vlastnosti

      arylsulfatáza (3 denní) pozitivní

      neutilizuje citrát

      neroste v 22 a 42 °C a v 5% NaCl

      hydrolyzuje Tween 80

      neredukuje nitráty

Výskyt

      humánní klinický materiál (krev), kmen byl izolován jako agens nozokomiální infekce od 17 pacientů

 

Základní rozlišující testy 

                                                                                 TWE  5% NaCl   NO3     ARS*      Cit       Man

Mycobacterium canariasense                                         +           -           -           +           -           +

Mycobacterium abscessus                                             -           +           -           +           -           -

Mycobacterium chelonae                                                -           -          (-)          +          +           -

Mycobacterium diernhoferi                                              -           +          +           -          NT         +

Mycobacterium fortuitum                                                -           +          +          +           -           -

Mycobacterium mucogenicum                                       NT          -                   V          +          +

Mycobacterium senegalense                                         NT         +           -           +          +          +

* 3 dny

 

 

Mycobacterium chimaera

Pomalu rostoucí kokobacily, nepigmentující, patří do komplexu Mycobacterium avium, ale ne k druhům M. avium a M. intracellulare.

Význačné vlastnosti

      rezistentní k etambutolu

Výskyt

      respirační vzorky (plicní onemocnění u starších lidí)

Rozlišovací metody

      sekvencování genu 16S rRNA

sekvencování 16S-23S rDNA ITS

RFLP

analýza mastných kyselin

 

Mycobacterium cosmeticum

      Pomalu rostoucí, acidorezistentní tyčky, skotochromogenní, kolonie nažloutlé, fylogeneticky příbuzné s druhy Mycobacterium frederiksbergense, M. hodleri, M. diernhoferi  a M. neoaurum.

Význačné vlastnosti

      arylsulfatáza (14ti denní) pozitivní

      arylsulfatáza (3 denní) negativní

      utilizuje D-xylózu, L-arabinózu, D-trehalózu, D-manitol, myo-inositol, citrát

      neutilizuje D-sorbitol

      roste na MacConkeyově agaru bez krystalové violeti

      neroste při 45 °C

      citlivý k ciprofloxacinu, amikacinu, tobramycinu, cefoxitinu, claritromycinu, doxycyklinu, sulfametoxazolu, imipenemu

Výskyt

      granulomatózní subdermální léze, nožní lázeň a odpadní potrubí (kosmetický salon)

 

 

Základní rozlišující testy

                                                                                            McC*    ARS**     Tre       Sor        Cit

Mycobacterium cosmeticum                                                      +           -           +           -           +

Mycobacterium frederiksbergense                                              -           -           +           -           -

Mycobacterium neoaurum                                                          +          +          +           -           -

Mycobacterium hodleri                                                               -           -           -           +           -

Mycobacterium diernhoferi                                                         +           -           -           -           -

* bez krystalové violeti, ** 3 dny

 

 

 

Mycobacterium nebraskense

      Pomalu rostoucí (3 týdny), acidorezistentní tyčky, skotochromogenní, fylogeneticky příbuzné s druhy Mycobacterium malmoense, M. avium, M. kansasii a M. scrofulaceum.

Význačné vlastnosti

      termostabilní kataláza pozitivní

      ureáza, arylsulfatáza (3 denní), pyrazinamidáza negativní

      neroste při 42 °C, v 5% NaCl a na MacConkeyově agaru bez krystalové violeti

Výskyt

      humánní klinický materiál (sputum)

 

 

Základní rozlišující testy

                                                                                                         NO3      TWE     URE      PYZ

Mycobacterium nebraskense                                                                  -           V          -           -

Mycobacterium avium komplex                                                               -           -           -           +

Mycobacterium bohemicum                                                                    -           -           +          +

Mycobacterium kansasii                                                                        +          +          +           -

Mycobacterium malmoense                                                                    -           +          V          +

Mycobacterium scrofulaceum                                                                 -           -           +          V

Mycobacterium szulgai                                                                          +          V          +          +

 

 

 

Mycobacterium parascrofulaceum

Pomalu rostoucí, pleomorfní tyčky, skotochromogenní, geneticky příbuzné s Mycobacterium simiae, s podobným fenotypovým profilem jako M. scrofulaceum, izolované v různých laboratořích v Kanadě.

Význačné vlastnosti

      termostabilní kataláza, ureáza, pyrazinamidáza pozitivní

      arylsulfatáza (3 denní), β-glukosidáza negativní

      neroste na MacConkeyově agaru, v 5% NaCl

      nehydrolyzuje Tween 80

      neredukuje nitráty

      citlivý k rifampicinu, clarithromycinu, amikacinu, sulfametoxazolu

      rezistentní k isoniazidu

Výskyt

      humánní klinický materiál (sputum, bronchiální výplach)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                             C42     sCAT     URE     ARS*     TEL

Mycobacterium parascrofulaceum                                               -           V          +          V          -

Mycobacterium avium                                                                +           -           -           V         (+)

Mycobacterium scrofulaceum                                                     -           +         (+)         (-)          V

Mycobacterium simiae                                                               -           +                   V         (+)

* 14 dnů

 

Mycobacterium parmense

Pomalu rostoucí (více jak 2 týdny) , acidorezistentní tyčky, skotochromogenní, nejblíže příbuzné druhy Mycobacterium lentiflavum a M. simiae, intermediární druh mezi rychle a pomalu rostoucími mykobakteriemi, popis na základě jednoho kmene.

Význačné vlastnosti

      termostabilní kataláza, ureáza pozitivní

      arylsulfatáza (3 denní), β-glukosidáza negativní

      neroste na MacConkeyově agaru bez krystalové violeti, v 5% NaCl a při 42 °C

      hydrolyzuje Tween 80

      neredukuje nitráty

      citlivý k ciprofloxacinu, ethambutolu, rifabutinu, rifampicinu, streptomycinu

      rezistentní k isoniazidu

Výskyt

      skrofulóza (cervikální mízní uzlina)

 

Základní rozlišující testy

                                                                                                         NO3      TWE     URE     sCAT

Mycobacterium parmense                                                                      -           +          +           -

Mycobacterium bohemicum                                                                    -           -           -*          -

Mycobacterium flavescens                                                                     +          +          V          +

Mycobacterium gordonae                                                                       -           +           -           +

Mycobacterium scrofulaceum                                                                 -           -           +          +

Mycobacterium tusciae                                                                          +          +          +           -

* negativní nebo slabá reakce

 

 

Nocardia araonensis, N. pneumoniae

      Grampozitivní, slabě acidorezistentní aktinomycety, aerobní, nepohyblivé, nažloutlé substrátové mycelium se rozpadá na nepravidelné tyčkovité elementy, vzdušné mycelium šedobílé, popisy obou druhů vždy na základě jednoho kmene.

Význačné vlastnosti

      utilizuje glukózu, acetát, citrát

      neutilizuje arabinózu, galaktózu, maltózu, manózu, rhamnózu, glukonát

      nehydrolyzuje xantin, hypoxantin

Výskyt

      humánní klinický materiál (sputum, bronchoalveolární výplach)

 

Základní rozlišující testy 

                                                                                 NO3      URE     KAS      XAN      C37      C45

Nocardia araonensis                                                      -           +           -           -           +          +

Nocardia pneumoniae                                                    +           -           +           -           +          +

Nocardia asteroides                                                      +           -           -           -           +           -

Nocardia beijingensis                                                    +           -           -           +           -           +

 

 

Nocardia higoensis

      Grampozitivní, slabě acidorezistentní aktinomyceta, aerobní, nepohyblivá, oranžové až červenooranžové substrátové mycelium se rozpadá na nepravidelné tyčkovité elementy, vzdušné mycelium bílé až načervenalé, fylogeneticky příbuzná s druhy Nocardia shimofusensis, N. asiatica, N. beijingensis, N. farcinica a N. puris.

Význačné vlastnosti

      ureáza pozitivní

      neutilizuje glukózu, arabinózu, galaktózu, maltózu, manózu, rhamnózu, inositol, sorbitol, citrát

      nehydrolyzuje kasein, tyrozin, xantin, hypoxantin

      citlivý k imipenemu, tobramycinu, kanamycinu

Výskyt

      pacient s plicní nokardiózou

 

Základní rozlišující testy 

                                                                                 C37      C45      URE      Glu       Gal        Cit

Nocardia higoensis                                                        +          +          +           -           -           -

Nocardia asiatica                                                          +           -           -           +           -           +

Nocardia beijingensis                                                     -           -           -           +          +          +

Nocardia farcinica                                                         +          +           -           +           -           -

Nocardia puris                                                              +          +          +          +           -           +

Nocardia shimofusensis                                                +           -           +           -           -           -

 

 

Nocardia sienata, N. testacea (popsány jako N. senatus a N. testaceus)

Grampozitivní, acidorezistentní (N. testacea), slabě acidorezistentní (N. sienata) aktinomycety, aerobní, substrátové mycelium se rozpadá na nepravidelné tyčkovité elementy, N. sienata tvoří světle žluté substrátové mycelium, přecházející do oranžovožlutého vzdušného mycelia, N. testacea tvoří tmavě oranžové substrátové mycelium, vzdušné mycelium je bílé s červeným zabarvením, popis obou druhů je vždy na základě jednoho kmene.

      Význačné vlastnosti

            ureáza negativní

            utilizují glukózu

neutilizují galaktózu, maltózu, adonitol, inositol, sorbitol, citrát

rostou při 37 °C

nehydrolyzují kasein, xantin, hypoxantin, tyrozin

citlivé k imipenemu, tobramycinu, kanamycinu

Výskyt

      humánní klinický materiál (sputum)

 

Základní rozlišující testy 

                                                                                 C45      KAS     URE      Rha      Mne       Cit

Nocardia sienata                                                           -           -           -           -           +           -

Nocardia testacea                                                         +           -           -           +           -           -

Nocardia abscessus                                                      -           -           -           +         NT         +

Nocardia asteroides                                                       -           -           -           -           -           +

Nocardia brasiliensis                                                     +          +           -           -           -           +

Nocardia farcinica                                                         +           -           -           +         NT          -

Nocerdia otitidiscaviarum                                               +           -           +           -          NT          -

Nocardia paucivorans                                                   NT          -          NT          -          NT          -

Nocardia pseudobrasiliensis                                           -           +          +           -          NT         +

Nocardia vaccinii                                                           -           -           -           +         NT          -

 

 

Oribacterium sinus

      Grampozitivní až variabilní tyčky, ovoidní, striktně anaerobní, nesporulující, pohyblivé, slabě fermentativní, hlavními metabolickými produkty jsou kyselina octová a mléčná, tvoří samostanou podskupinu čeledi "Lachnospiraceae" (phylum Firmicutes), popis na základě jednoho kmene.

Význačné vlastnosti

      kataláza negativní

      tvoří kyselinu z glukózy, galaktózy, rafinózy, sacharózy

      netvoří kyselinu z arabinózy, celobiózy, fruktózy, laktózy, maltózy, manózy, melezitózy, melibiózy, rhamnózy, ribózy, trehalózy, xylózy, salicinu, glycerolu, manitolu, sorbitolu

      nehydrolyzuje eskulin, želatinu

      tvoří indol

      neredukuje nitráty

      citlivý k penicilinu G, ampicilinu, amoxicilinu, tikarcilinu, mezlocilinu, chloramfenikolu, clindamycinu, rifampicinu

      rezistentní k erythromycinu, trimetoprim/sulfametoxazolu

Výskyt

      dutina ústní, horní část respiračního traktu

 

 

Základní rozlišující testy 

                                                                CM                                    SPR     MOT      IND      LAC      MLT

Oribacterium sinus                            ovoidní tyčky               -                 +          +           -           -

Lachnospira multipara                     zakřivené tyčky              -                 +           -           -           -

Lachnospira pectinoschiza                 rovné tyčky       struktury podobné   +         NT         +           -                       spórám

Butyrivibrio crossotus                      zakřivené tyčky              -                 +         NT         V          -

Butyrivibrio fibrisolvens                   zakřivené tyčky               -                 +           -           +          +

Clostridium clostridioforme                 rovné tyčky                 +                +          V          V          +

Shuttleworthia satelles                slabě zakřivené tyčky          -               -            +           V        +    

 

 

Paenibacillus massiliensis, P. sanguinis, P. timonensis

      Grampozitivní tyčky, fakultativně anaerobní, sporulující, zduřující sporangia, kolonie nepigmentující.

Význačné vlastnosti

      hemolýza negativní

      netvoří kyselinu z D-arabinózy, D-arabitolu, rhamnózy

      rostou při 44 °C, anaerobně

      nehydrolyzují želatinu

      netvoří acetoin

      citlivé k amoxicilinu, gentamicinu, doxycyklinu, vankomycinu

Výskyt

      humánní klinický materiál (krev)

 

Základní rozlišující testy 

                                                                                 CAT      NO3      C50      GLU     MAN     MLZ

Paenibacillus massiliensis                                             -           -           -           -           +          +

Paenibacillus sanguinis                                                 +          +          +          +          +           -

Paenibacillus timonensis                                               +        +sl.        +          +           -           -

Paenibacillus macerans                                                +          +          +          +          +          +

Paenibacillus pabuli                                                      +          +           -           +          +          +

Paenibacillus polymyxa                                                 +          +           -           +          +           -

 

 

 

Photorhabdus asymbiotica subsp. australis

      Gramnegativní tyčky, nesporulující, fakultativně anaerobní, fermentující, kolonie nepigmentující nebo slabě žlutě pigmentované, bioluminiscentní.

Význačné vlastnosti

      kataláza, Simmons citrát pozitivní

      oxidáza, ureáza, lysin dekarboxyláza, ornithin dekarboxyláza, arginin dihydroláza negativní

      tvoří kyselinu z glukózy, fruktózy, N-acetylglukosaminu, maltózy, ribózy, manózy, glycerolu

      netvoří acetoin, indol

Výskyt

      humánní klinický materiál (absces, hnis, krev)

Srovnávací materiál

      Photorhabdus asymbiotica subsp. australis  CCM 7293

 

 

Základní rozlišující testy

                                                                                                         TWE     URE      ESL      TRE

Photorhabdus asymbiotica subsp. australis                                            (-)          -          (-)          -

Photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica                                       +          +          +          +

Photorhabdus luminescens                                                                    +          V          +          +

Photorhabdus temperata                                                                       +          V         (+)        (+)

 

 

Pseudoxanthomonas mexicana

      Gramnegativní tyčky, aerobní, mezofilní, nesporulující, kolonie nažloutlé, N2O je vždy hlavní produkt redukce nitrátů.

Význačné vlastnosti

      kataláza, oxidáza, DNáza pozitivní

      ureáza, arginin dihydroláza, lysin dekarboxyláza, ornithin dekarboxyláza, β-galaktosidáza negativní

      utilizuje maltózu, propionát

      neutilizuje D-galaktózu, D-xylózu, sacharózu, laktózu, D-melibiózu, L-arabinózu, L-malát

      hydrolyzuje eskulin, želatinu

      redukuje nitrity

      neredukuje nitráty

      netvoří indol

      citlivý k doxycyklinu, ciprofloxacinu, ofloxacinu, colistinu, imipenemu, trimetoprim/sulfametoxazolu, ceftadizinu, amoxicilinu, tikarcilinu

      rezistentní k amikacinu, kanamycinu, netilmicinu, tobramycinu

Výskyt

      humánní klinický materiál (moč dítěte)

 

Základní rozlišující testy 

                                                                                 MOT      CAT     BGA     GEL      C10      C41

Pseudoxanthomonas mexicana                                      +          +           -           +          +           -

Pseudoxanthomonas broegbernensis                             +          +          +           -           +           -

Pseudoxanthomonas japonensis                                    +           -           +          +          +           -

Pseudoxanthomonas taiwanensis                                    -           +          +           -           -           +

 

     

 

Subdoligranulum variabile

      Gramnegativní, pleomorfní, kokoidní buňky, striktně anaerobní, nesporulující, nepohyblivé, fylogeneticky příbuzné s druhy Clostridium leptum „supra-generic rRNA cluster“, hlavní metabolický produkt v PYG bujonu jsou kyselina máselná a mléčná, popis na základě jednoho kmene.

Význačné vlastnosti

      α-galaktosidáza, β-galaktosidáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza, leucin arylamidáza pozitivní

      kataláza, ureáza, lecitináza, lipáza, arginin dihydroláza, alkalická fosfatáza negativní

      tvoří kyselinu z glukózy

      netvoří kyselinu z manózy a rafinózy, indol

      hydrolyzuje eskulin

      nehydrolyzuje škrob

      neredukuje nitráty

Výskyt

      humánní klinický materiál (stolice)

 

Základní rozlišující testy 

                                                                     CM                               SPR     MOT      ESL      STA      CLL

Subdoligranulum variabile               kokoidní, pleomorfní

                                                                   tyčky                     -           -           +           -           -

Anaerofilum                                          tyčky, dlouhé                 -           +         NT          -           -

Faecalibacterium                                       tyčky                        -           -           +          V          -

Ruminococcus*                                 kokoidní buňky                   -           -                   V          V

Clostridium cellulosi                                   tyčky                       +          +          +          +          +

Clostridium leptum                                     tyčky                       +           -           V          -           -

Clostridium sporosphaeroides                   tyčky                         +           -           -           -           -

* druhy R. albus, R. bromii, R. callidus

 

 

Treponema putidum

      Obligátně anaerobní, orální spirocheta, pohyblivá, asacharolytická, proteolytická, růst je stimulován 1-10% humánního nebo fetálního bovinního sera, dříve pravděpodobně určována jako Treponema denticola.

Význačné vlastnosti

      kyselá fosfatáza, β-galaktosidáza, β-glukosidáza pozitivní

      kataláza, β-glukuronidáza, N-acetylglukosaminidáza negativní

Výskyt

      léze (periodontitida, akutní nekrotizující ulcerativní gingivitida)

Rozlišovací metody (od ostatních orálních treponem)

      enzymatické aktivity (API ZYM)

      bičíky (počet, velikost, umístění)

      sekvencování genu pro 16S rRNA

      SDS-PAGE

 

Veillonella montpellierensis

      Gramnegativní koky nebo kokoidní buňky, jednotlivě, v párech nebo v řetízcích, striktně anaerobní, nesporulující, nepohyblivé, tvoří nepigmentující, drobné kolonie na Columbia agaru.

Význačné vlastnosti

      oxidáza, ureáza negativní

      netvoří kyselinu z většiny cukrů, indol

nehydrolyzuje eskulin, želatinu

redukuje nitráty

citlivý ke kanamycinu, metronidazolu

rezistentní k vankomycinu, colistinu

Výskyt

      humánní klinický materiál (plodová voda, žaludeční šťáva)

Rozlišovací metody

      sekvencování 16S rDNA

      SDS-PAGE

      analýza mastných kyselin

 

 

Vysvětlivky:

Ace = utilizace acetamidu; AGL = a-glukosidáza; aPHS = alkalická fosfatáza; Ara = utilizace arabinózy; ARS = arylsulfatáza; BGA = β-galaktosidáza;  BGL =  β-glukosidáza; BGR =  β-glukuronidáza; CAT = kataláza; Cit = utilizace citrátu; CLL = hydrolýza celulózy; CM = buněčná morfologie; C10 = růst při 10 °C; C20 = růst při 20 °C; C37 = růst při 37 °C; C41 = růst při 41 °C; C42 = růst při 42 °C; C45 = růst při 45 °C; C50 = růst při 50 °C; ESL = hydrolýza eskulinu; FIM = fimbrie; GAL = kyselina z galaktózy; Gal = utilizace galaktózy; GEL = hydrolýza želatiny; GGAL = růst v mediu s galaktózou; GLU = kyselina z glukózy; Glu = utilizace glukózy; IND = tvorba indolu; Ino = utilizace inositolu; KAS = hydrolýza kaseinu; LAC = kyselina z laktózy; LAR = leucin arylamidáza; LEC = lecitináza; MAN = kyselina z manitolu; Man = utilizace manitolu; McC = růst na MacConkeyově agaru; MLT = kyselina z maltózy; Mlt = utilizace maltózy; MLZ = kyselina z melezitózy; Mne = utilizace manózy; MOT = pohyblivost; 5% NaCl = růst v 5% NaCl; NO3 = redukce nitrátů; O2 = tolerance ke kyslíku; PYR = pyrrolidonyl arylamidáza; PYZ = pyrazinamidáza, Rha = utilizace rhamnózy; Sal = utilizace salicinu; sCAT = semikvantitativní kataláza; Sor = utilizace sorbitolu; SPR = tvorba spór; STA = hydrolýza škrobu; SUC = kyselina ze sacharózy; Suc = utilizace sacharózy; TEL = redukce teluričitanu;  THA = thalium acetát;  TRE = kyselina z trehalózy; Tre = utilizace trehalózy; TWE = hydrolýza Tweenu 80; URE = ureáza; XAN = hydrolýza xantinu; XYL = kyselina z xylózy; Xyl utilizace xylózy; + = 90-100% pozitivních reakcí; (+) = 80-90% pozitivních reakcí; +sl. = slabě pozitivní reakce; V = 20-80% pozitivních reakcí; (-) = 10–20% pozitivních reakcí; - = 0–10% pozitivních reakcí; NT = netestováno, CCM = Česká sbírka mikroorganismů, Brno

 

Zdena Páčová

Vlastimil Štětina

Česká sbírka mikroorganismů

Přírodovědecká fakulta

Masarykovy univerzity, Brno

 

 

Charakteristika rizikových skupin 1 až 2 dle patogenity mikroorganismů

1 Mikroorganismy, u nichž je malá pravděpodobnost, že vyvolají onemocnění lidí nebo zvířat.

2 Mikroorganismy, které mohou být příčinou onemocnění lidí a/nebo zvířat. Existuje proti nim obvykle účinná profylaxe a způsobená onemocnění jsou léčitelná.

? Údaje o patogenitě nejsou známy.

 

 

Poznámka šéfredaktora

V průběhu sazby tohoto čísla jsme se dozvěděli smutnou zprávu o úmrtí spoluautora příspěvku, dr. Vlastimila Štětiny. RNDr. Vlastimil Štětina se narodil 12. dubna 1958 v Kroměříži. Vystudoval Přírodovědeckou fakultu Masarykovy Univerzity v Brně, obor anorganický chemik a od roku 1984 pracoval jako výzkumný pracovník  v Lachemě v Brně na vývoji všech Mikro-La-Testů. Při zkoušení STAPHYtestů jsme byli spolu často v kontaktu, a jsem přesvědčen, že to, jak lze pomocí STAPHYtestů dobře identifikovat, je především jeho zásluha.

Když bylo vývojové oddělení v Lachemě v roce 1999 zrušeno, přešel dr. Štětina do České sbírky mikroorganismů PřF MU v Brně (CCM), kde pracoval jako odborný pracovník se zaměřením na využití SDS-PAGE pro identifikaci bakterií a to především u stafylokoků. V rámci servisních služeb, poskytovaných CCM, měl na starosti výrobu, propagaci a distribuci
kontrolních kmenů na želatinových discích
.
S dr. Zdenou Páčovou připravovali i „Novinky v taxonomii“, které pravidelně v našem časopise otiskujeme.

 

Vlastík byl člověk velice skromný, nenápadný, až do svého konce nikoho nezarmoutil. Svěřené úkoly plnil vždy na sto procent. Tak pracoval i poslední den před svou smrtí. Zemřel nečekaně ve spánku 23. srpna, ve svých 47 letech.

 

Sbohem kamaráde, je nám to moc líto. A děkujeme Ti za vše co´s pro mikrobiologii vykonal.

Za všechny kolegy a přátele                                                                                                 Petr Petráš