Zprávy CEM (SZÚ, Praha) 2005; 14(8):396-409.
Novinky v taxonomii bakterií (č. 13)
Bacterial taxonomic novelties (No. 13)
Zdena Páčová, †Vlastimil Štětina
V taxonomickém okénku č. 13 předkládáme v tabulce I přehled nových taxonů prokaryot (Bacteria, Archaea), validně publikovaných v International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM) č. 4, 5 a 6 v r. 2004 a uvedených na validačních listech č. 98, 99 a 100 v témže časopise. Uvedeny jsou rovněž nové kombinace, které vznikly přeřazením dříve validně publikovaného druhu do nového rodu (původní jméno se stává synonymem). U nových kombinací neuvádíme informace týkající se výskytu.
V textové části jsou uvedeny základní informace pouze k nově popsaným klinicky významným taxonům z tabulky I. Údaje zde uvedené mají informační charakter, se záměrem poukázat na novinky v taxonomii bakterií, které se vážou k problematice humánní klinické bakteriologie.
Základní informace k nově popsaným klinicky významným bakteriálním druhům
Akkermansia muciniphila
Gramnegativní, oválné buňky, vyskytující se většinou jednotlivě nebo po dvou, striktně anaerobní, nesporulující, nepohyblivé, kolonie nepigmentující, degradují mucin, který využívají jako zdroj C, N2 a energie, rostou na bohatých mediích (např. BHI, Columbia agar) s mucinem, bez mucinu je růst poloviční, patří do divize Verrucomicrobia (subdivize 1).
Výskyt
střevní trakt člověka
Základní rozlišující testy
CM O2 FIM GGAL
Akkermansia muciniphila oválné buňky - - -
Verrucomicrobium spinosum fusiformní
tyčky + + +
Prosthecobacter fusiformní
tyčky + + +
Anaerofustis stercorihominis
Grampozitivní tyčky, striktně anaerobní, nesporulující, kolonie nepigmentující, slabě žlutý fluorescentní pigment pod UV světlem, konečný produkt metabolismu glukózy je kyselina octová a máselná, patří k sub-phylum Clostridium, popis na základě jednoho kmene.
Význačné vlastnosti
kataláza, ureáza, lipáza, lecitináza, alkalická fosfatáza, leucin arylamidáza, α-galaktosidáza, β-galaktosidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza negativní
tvoří kyselinu z fruktózy, slabě z glukózy a xylózy
nehydrolyzuje eskulin
netvoří indol
neredukuje nitráty
rezistentní ke 20 % žluči
Výskyt
humánní klinický materiál (stolice)
Rozlišovací metody
sekvencování genu pro 16S rRNA
DNA-DNA hybridizace
analýza mastných kyselin
Brevibacterium sanguinis
Grampozitivní, koryneformní tyčky, nesporulující, nepigmentující, velmi citlivé na acetát thalný, biochemicky velmi podobné druhu Brevibacterium casei.
Význačné vlastnosti
kataláza, pyrazinamidáza, alkalická a kyselá fosfatáza, leucin arylamidáza, α-glukosidáza pozitivní
oxidáza, ureáza negativní
netvoří kyselinu z glukózy a jiných karbohydrátů
utilizuje glukózu, D-arabinózu, maltózu, N-acetylglukosamin, sacharózu, trehalózu, glycerol
hydrolyzuje želatinu, kasein, tyrozin, xantin
nehydrolyzuje eskulin
Výskyt
humánní klinický materiál (krev)
Základní rozlišující testy
C20 THA PYR PYZ D-Ara Man
Brevibacterium sanguinis + S * V + + -
Brevibacterium casei + R ** (+) + + -
Brevibacterium epidermidis + S - + - +
Brevibacterium otitidis - R + + - -
Brevibacterium luteolum + S + + - -
Brevibacterium mcbrellneri - R - - - -
Brevibacterium paucivorans - S - - - -
* S = citlivý, ** R = rezistentní
Cardiobacterium valvarum
Gramnegativní tyčky, vyžadující k růstu krevní agar s beraní krví, na čokoládovém agaru tvoří menší, pleomorfní kolonie, neroste na MacConkeyově agaru, popis na základě jednoho kmene.
Význačné vlastnosti
oxidáza pozitivní
kataláza, ureáza negativní
utilizuje glukózu, fruktózu, manózu, sorbitol
neutilizuje maltózu, sacharózu, manitol
nehydrolyzuje eskulin
tvoří indol, sirovodík
neredukuje nitráty
citlivý k amikacinu, cefepimu, ceftazidimu, ciprofloxacinu, imipenemu, tikarcilin/klav.kys., trimetoprim/sulfametoxazolu
Výskyt
humánní klinický materiál (krev, endokarditida)
Základní rozlišující testy
IND Mlt Man Suc
Cardiobacterium valvarum +(silně) - - -
Cardiobacterium hominis +(slabě) + + +
Clostridium bartlettii
Grampozitivní tyčky, striktně anaerobní, sporulující, kolonie na Brucella krevním agaru nažloutlé, slabě β-hemolytické, hlavními produkty metabolismu glukózy jsou kyselina octová, iso-valerová a iso-máselná, nejblíže příbuzné druhu Clostridium glycolyticum.
Význačné vlastnosti
kyselá fosfatáza, β-glukuronidáza pozitivní
kataláza, ureáza, lecitináza, lipáza negativní
tvoří kyselinu z glukózy, fruktózy, maltózy, ribózy, sacharózy, manitolu
netvoří kyselinu z laktózy, manózy, melibiózy, melezitózy, xylózy a salicinu, indol
nehydrolyzuje eskulin, želatinu
neredukuje nitráty
citlivý ke kanamycinu, vankomycinu
rezistentní ke kolistinu, 20% žluči
Výskyt
humánní klinický materiál (stolice)
Základní rozlišující testy
MOT LEC ESL MAN SUC XYL
Clostridium bartlettii - - - + + -
Clostridium difficile V - V - - -
Clostridium glycolicum V - - - - +
Clostridium hiranonis - - - - + -
Clostridium lituseburense + + + - +sl. -
Clostridium mayombei + - - - - +sl.
Corynebacterium tuberculostearicum
Grampozitivní pleomorfní tyčky, tvoří i kokoidní formy, aerobní až fakultativně anaerobní, kolonie nepigmentující, lipofilní, mastné kyseliny obsahují tuberkulostearovou kyselinu.
Význačné vlastnosti
kataláza, esteráza pozitivní
oxidáza, ureáza, DNáza, β-galaktosidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza negativní
tvoří kyselinu z glukózy, galaktózy, fruktózy, manózy, ribózy, glycerolu
netvoří kyselinu z laktózy, xylózy, inulinu, sorbitolu
nehydrolyzuje eskulin, želatinu
Výskyt
humánní klinický materiál (krev, moč, kůže, lymfatická uzlina)
Základní rozlišující testy
PYZ LAR AGL MLT GAL
Corynebacterium tuberculostearicum + + (+) (+) +
Corynebacterium accolens - + + + -
Corynebacterium macginleyi - - - - +
Helcococcus sueciensis
Grampozitivní, kokoidní formy, v párech nebo v krátkých řetízcích, fakultativně anaerobní, nepigmentující, nesporulující, nepohyblivé, nehemolytické, chemoorganotrofní, vyžadují pro růst kvasniční extrakt, popis na základě jednoho kmene.
Význačné vlastnosti
alkalická fosfatáza, β-galaktosidáza, leucin arylamidáza, N-acetyl-β-glukosaminidáza pozitivní
kataláza, α-galaktosidáza, α-glukosidáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza negativní
tvoří kyselinu z glukózy, maltózy, laktózy, trehalózy
netvoří kyselinu z L-arabinózy, manózy, melibiózy, melezitózy, rafinózy, sacharózy, manitolu
netvoří acetoin, indol
nehydrolyzuje hippurát
neredukuje nitráty
Výskyt
humánní klinický materiál (rána)
Základní rozlišující testy
LAC TRE aPHS BGL BGR
Helcococcus sueciensis + + + - -
Helcococcus kunzii + + - + -
Helcococcus ovis - - + - +
Mycobacterium boenickei, M. brisbanense, M. houstonense, M. neworleansense
Rychle rostoucí, acidoresistentní, pleomorfní tyčky, tvořící často dlouhá vlákna, dříve identifikovány v komplexu Mycobacterium fortuitum biovarianty sorbitol + i -.
Význačné vlastnosti
termostabilní kataláza (kromě M. brisbanense, M. boenickei pouze v 83%) , arylsulfatáza (3 denní) pozitivní
utilizují acetamid, myo-inositol, D-manitol
neutilizují citrát, D-galaktózu, sacharózu, glycerol
rostou v 5% NaCl, a na MacConkeyově agaru bez krystalové violeti
rezistentní k amikacinu, sulfametoxazolu, amoxicilin/klav.kys.
Výskyt
humánní klinický materiál: M. boenickei (sputum, rána), M. houstonense (rána, plíce-biopsie), M. neworleanense (rána-kůže pokrývající lebeční kost), M. brisbanense (antrální dutina)
Základní rozlišující testy
C42 Ace Ino Sal Xyl
Mycobacterium boenickei - + + + -
Mycobacterium brisbanense + + + + -
Mycobacterium houstonense + + + - -
Mycobacterium neworleansense - + + + +
Mycobacterium fortuitum + + - - -
Mycobacterium peregrinum - - - - -
Mycobacterium senegalense + + - + -
Mycobacterium septicum - V + + V
Mycobacterium canariasense
Rychle rostoucí, částečně acidoresistentní tyčky, nepigmentující, nejblíže příbuzné druhům Mycobacterium diernhoferi a M. mucogenicum.
Význačné vlastnosti
arylsulfatáza (3 denní) pozitivní
neutilizuje citrát
neroste v 22 a 42 °C a v 5% NaCl
hydrolyzuje Tween 80
neredukuje nitráty
Výskyt
humánní klinický materiál (krev), kmen byl izolován jako agens nozokomiální infekce od 17 pacientů
Základní rozlišující testy
TWE 5% NaCl NO3 ARS* Cit Man
Mycobacterium canariasense + - - + - +
Mycobacterium abscessus - + - + - -
Mycobacterium chelonae - - (-) + + -
Mycobacterium diernhoferi - + + - NT +
Mycobacterium fortuitum - + + + - -
Mycobacterium mucogenicum NT - V V + +
Mycobacterium senegalense NT + - + + +
* 3 dny
Mycobacterium chimaera
Pomalu rostoucí kokobacily, nepigmentující, patří do komplexu Mycobacterium avium, ale ne k druhům M. avium a M. intracellulare.
Význačné vlastnosti
rezistentní k etambutolu
Výskyt
respirační vzorky (plicní onemocnění u starších lidí)
Rozlišovací metody
sekvencování genu 16S rRNA
sekvencování 16S-23S rDNA ITS
RFLP
analýza mastných kyselin
Mycobacterium cosmeticum
Pomalu rostoucí, acidorezistentní tyčky, skotochromogenní, kolonie nažloutlé, fylogeneticky příbuzné s druhy Mycobacterium frederiksbergense, M. hodleri, M. diernhoferi a M. neoaurum.
Význačné vlastnosti
arylsulfatáza (14ti denní) pozitivní
arylsulfatáza (3 denní) negativní
utilizuje D-xylózu, L-arabinózu, D-trehalózu, D-manitol, myo-inositol, citrát
neutilizuje D-sorbitol
roste na MacConkeyově agaru bez krystalové violeti
neroste při 45 °C
citlivý k ciprofloxacinu, amikacinu, tobramycinu, cefoxitinu, claritromycinu, doxycyklinu, sulfametoxazolu, imipenemu
Výskyt
granulomatózní subdermální léze, nožní lázeň a odpadní potrubí (kosmetický salon)
Základní rozlišující testy
McC* ARS** Tre Sor Cit
Mycobacterium cosmeticum + - + - +
Mycobacterium frederiksbergense - - + - -
Mycobacterium neoaurum + + + - -
Mycobacterium hodleri - - - + -
Mycobacterium diernhoferi + - - - -
* bez krystalové violeti, ** 3 dny
Mycobacterium nebraskense
Pomalu rostoucí (3 týdny), acidorezistentní tyčky, skotochromogenní, fylogeneticky příbuzné s druhy Mycobacterium malmoense, M. avium, M. kansasii a M. scrofulaceum.
Význačné vlastnosti
termostabilní kataláza pozitivní
ureáza, arylsulfatáza (3 denní), pyrazinamidáza negativní
neroste při 42 °C, v 5% NaCl a na MacConkeyově agaru bez krystalové violeti
Výskyt
humánní klinický materiál (sputum)
Základní rozlišující testy
NO3 TWE URE PYZ
Mycobacterium nebraskense - V - -
Mycobacterium avium komplex - - - +
Mycobacterium bohemicum - - + +
Mycobacterium kansasii + + + -
Mycobacterium malmoense - + V +
Mycobacterium scrofulaceum - - + V
Mycobacterium szulgai + V + +
Mycobacterium parascrofulaceum
Pomalu rostoucí, pleomorfní tyčky, skotochromogenní, geneticky příbuzné s Mycobacterium simiae, s podobným fenotypovým profilem jako M. scrofulaceum, izolované v různých laboratořích v Kanadě.
Význačné vlastnosti
termostabilní kataláza, ureáza, pyrazinamidáza pozitivní
arylsulfatáza (3 denní), β-glukosidáza negativní
neroste na MacConkeyově agaru, v 5% NaCl
nehydrolyzuje Tween 80
neredukuje nitráty
citlivý k rifampicinu, clarithromycinu, amikacinu, sulfametoxazolu
rezistentní k isoniazidu
Výskyt
humánní klinický materiál (sputum, bronchiální výplach)
Základní rozlišující testy
C42 sCAT URE ARS* TEL
Mycobacterium parascrofulaceum - V + V -
Mycobacterium avium + - - V (+)
Mycobacterium scrofulaceum - + (+) (-) V
Mycobacterium simiae - + V V (+)
* 14 dnů
Mycobacterium parmense
Pomalu rostoucí (více jak 2 týdny) , acidorezistentní tyčky, skotochromogenní, nejblíže příbuzné druhy Mycobacterium lentiflavum a M. simiae, intermediární druh mezi rychle a pomalu rostoucími mykobakteriemi, popis na základě jednoho kmene.
Význačné vlastnosti
termostabilní kataláza, ureáza pozitivní
arylsulfatáza (3 denní), β-glukosidáza negativní
neroste na MacConkeyově agaru bez krystalové violeti, v 5% NaCl a při 42 °C
hydrolyzuje Tween 80
neredukuje nitráty
citlivý k ciprofloxacinu, ethambutolu, rifabutinu, rifampicinu, streptomycinu
rezistentní k isoniazidu
Výskyt
skrofulóza (cervikální mízní uzlina)
Základní rozlišující testy
NO3 TWE URE sCAT
Mycobacterium parmense - + + -
Mycobacterium bohemicum - - -* -
Mycobacterium flavescens + + V +
Mycobacterium gordonae - + - +
Mycobacterium scrofulaceum - - + +
Mycobacterium tusciae + + + -
* negativní nebo slabá reakce
Nocardia araonensis, N. pneumoniae
Grampozitivní, slabě acidorezistentní aktinomycety, aerobní, nepohyblivé, nažloutlé substrátové mycelium se rozpadá na nepravidelné tyčkovité elementy, vzdušné mycelium šedobílé, popisy obou druhů vždy na základě jednoho kmene.
Význačné vlastnosti
utilizuje glukózu, acetát, citrát
neutilizuje arabinózu, galaktózu, maltózu, manózu, rhamnózu, glukonát
nehydrolyzuje xantin, hypoxantin
Výskyt
humánní klinický materiál (sputum, bronchoalveolární výplach)
Základní rozlišující testy
NO3 URE KAS XAN C37 C45
Nocardia araonensis - + - - + +
Nocardia pneumoniae + - + - + +
Nocardia asteroides + - - - + -
Nocardia beijingensis + - - + - +
Nocardia higoensis
Grampozitivní, slabě acidorezistentní aktinomyceta, aerobní, nepohyblivá, oranžové až červenooranžové substrátové mycelium se rozpadá na nepravidelné tyčkovité elementy, vzdušné mycelium bílé až načervenalé, fylogeneticky příbuzná s druhy Nocardia shimofusensis, N. asiatica, N. beijingensis, N. farcinica a N. puris.
Význačné vlastnosti
ureáza pozitivní
neutilizuje glukózu, arabinózu, galaktózu, maltózu, manózu, rhamnózu, inositol, sorbitol, citrát
nehydrolyzuje kasein, tyrozin, xantin, hypoxantin
citlivý k imipenemu, tobramycinu, kanamycinu
Výskyt
pacient s plicní nokardiózou
Základní rozlišující testy
C37 C45 URE Glu Gal Cit
Nocardia higoensis + + + - - -
Nocardia asiatica + - - + - +
Nocardia beijingensis - - - + + +
Nocardia farcinica + + - + - -
Nocardia puris + + + + - +
Nocardia shimofusensis + - + - - -
Nocardia sienata, N. testacea (popsány jako N. senatus a N. testaceus)
Grampozitivní, acidorezistentní (N. testacea), slabě acidorezistentní (N. sienata) aktinomycety, aerobní, substrátové mycelium se rozpadá na nepravidelné tyčkovité elementy, N. sienata tvoří světle žluté substrátové mycelium, přecházející do oranžovožlutého vzdušného mycelia, N. testacea tvoří tmavě oranžové substrátové mycelium, vzdušné mycelium je bílé s červeným zabarvením, popis obou druhů je vždy na základě jednoho kmene.
Význačné vlastnosti
ureáza negativní
utilizují glukózu
neutilizují galaktózu, maltózu, adonitol, inositol, sorbitol, citrát
rostou při 37 °C
nehydrolyzují kasein, xantin, hypoxantin, tyrozin
citlivé k imipenemu, tobramycinu, kanamycinu
Výskyt
humánní klinický materiál (sputum)
Základní rozlišující testy
C45 KAS URE Rha Mne Cit
Nocardia sienata - - - - + -
Nocardia testacea + - - + - -
Nocardia abscessus - - - + NT +
Nocardia asteroides - - - - - +
Nocardia brasiliensis + + - - - +
Nocardia farcinica + - - + NT -
Nocerdia otitidiscaviarum + - + - NT -
Nocardia paucivorans NT - NT - NT -
Nocardia pseudobrasiliensis - + + - NT +
Nocardia vaccinii - - - + NT -
Oribacterium sinus
Grampozitivní až variabilní tyčky, ovoidní, striktně anaerobní, nesporulující, pohyblivé, slabě fermentativní, hlavními metabolickými produkty jsou kyselina octová a mléčná, tvoří samostanou podskupinu čeledi "Lachnospiraceae" (phylum Firmicutes), popis na základě jednoho kmene.
Význačné vlastnosti
kataláza negativní
tvoří kyselinu z glukózy, galaktózy, rafinózy, sacharózy
netvoří kyselinu z arabinózy, celobiózy, fruktózy, laktózy, maltózy, manózy, melezitózy, melibiózy, rhamnózy, ribózy, trehalózy, xylózy, salicinu, glycerolu, manitolu, sorbitolu
nehydrolyzuje eskulin, želatinu
tvoří indol
neredukuje nitráty
citlivý k penicilinu G, ampicilinu, amoxicilinu, tikarcilinu, mezlocilinu, chloramfenikolu, clindamycinu, rifampicinu
rezistentní k erythromycinu, trimetoprim/sulfametoxazolu
Výskyt
dutina ústní, horní část respiračního traktu
Základní rozlišující testy
CM SPR MOT IND LAC MLT
Oribacterium sinus ovoidní tyčky - + + - -
Lachnospira multipara zakřivené tyčky - + - - -
Lachnospira pectinoschiza rovné tyčky struktury podobné + NT + - spórám
Butyrivibrio crossotus zakřivené tyčky - + NT V -
Butyrivibrio fibrisolvens zakřivené tyčky - + - + +
Clostridium clostridioforme rovné tyčky + + V V +
Shuttleworthia satelles slabě zakřivené tyčky - - + V +
Paenibacillus massiliensis, P. sanguinis, P. timonensis
Grampozitivní tyčky, fakultativně anaerobní, sporulující, zduřující sporangia, kolonie nepigmentující.
Význačné vlastnosti
hemolýza negativní
netvoří kyselinu z D-arabinózy, D-arabitolu, rhamnózy
rostou při 44 °C, anaerobně
nehydrolyzují želatinu
netvoří acetoin
citlivé k amoxicilinu, gentamicinu, doxycyklinu, vankomycinu
Výskyt
humánní klinický materiál (krev)
Základní rozlišující testy
CAT NO3 C50 GLU MAN MLZ
Paenibacillus massiliensis - - - - + +
Paenibacillus sanguinis + + + + + -
Paenibacillus timonensis + +sl. + + - -
Paenibacillus macerans + + + + + +
Paenibacillus pabuli + + - + + +
Paenibacillus polymyxa + + - + + -
Photorhabdus asymbiotica subsp. australis
Gramnegativní tyčky, nesporulující, fakultativně anaerobní, fermentující, kolonie nepigmentující nebo slabě žlutě pigmentované, bioluminiscentní.
Význačné vlastnosti
kataláza, Simmons citrát pozitivní
oxidáza, ureáza, lysin dekarboxyláza, ornithin dekarboxyláza, arginin dihydroláza negativní
tvoří kyselinu z glukózy, fruktózy, N-acetylglukosaminu, maltózy, ribózy, manózy, glycerolu
netvoří acetoin, indol
Výskyt
humánní klinický materiál (absces, hnis, krev)
Srovnávací materiál
Photorhabdus asymbiotica subsp. australis CCM 7293
Základní rozlišující testy
TWE URE ESL TRE
Photorhabdus asymbiotica subsp. australis (-) - (-) -
Photorhabdus asymbiotica subsp. asymbiotica + + + +
Photorhabdus luminescens + V + +
Photorhabdus temperata + V (+) (+)
Pseudoxanthomonas mexicana
Gramnegativní tyčky, aerobní, mezofilní, nesporulující, kolonie nažloutlé, N2O je vždy hlavní produkt redukce nitrátů.
Význačné vlastnosti
kataláza, oxidáza, DNáza pozitivní
ureáza, arginin dihydroláza, lysin dekarboxyláza, ornithin dekarboxyláza, β-galaktosidáza negativní
utilizuje maltózu, propionát
neutilizuje D-galaktózu, D-xylózu, sacharózu, laktózu, D-melibiózu, L-arabinózu, L-malát
hydrolyzuje eskulin, želatinu
redukuje nitrity
neredukuje nitráty
netvoří indol
citlivý k doxycyklinu, ciprofloxacinu, ofloxacinu, colistinu, imipenemu, trimetoprim/sulfametoxazolu, ceftadizinu, amoxicilinu, tikarcilinu
rezistentní k amikacinu, kanamycinu, netilmicinu, tobramycinu
Výskyt
humánní klinický materiál (moč dítěte)
Základní rozlišující testy
MOT CAT BGA GEL C10 C41
Pseudoxanthomonas mexicana + + - + + -
Pseudoxanthomonas broegbernensis + + + - + -
Pseudoxanthomonas japonensis + - + + + -
Pseudoxanthomonas taiwanensis - + + - - +
Subdoligranulum variabile
Gramnegativní, pleomorfní, kokoidní buňky, striktně anaerobní, nesporulující, nepohyblivé, fylogeneticky příbuzné s druhy Clostridium leptum „supra-generic rRNA cluster“, hlavní metabolický produkt v PYG bujonu jsou kyselina máselná a mléčná, popis na základě jednoho kmene.
Význačné vlastnosti
α-galaktosidáza, β-galaktosidáza, β-glukosidáza, β-glukuronidáza, leucin arylamidáza pozitivní
kataláza, ureáza, lecitináza, lipáza, arginin dihydroláza, alkalická fosfatáza negativní
tvoří kyselinu z glukózy
netvoří kyselinu z manózy a rafinózy, indol
hydrolyzuje eskulin
nehydrolyzuje škrob
neredukuje nitráty
Výskyt
humánní klinický materiál (stolice)
Základní rozlišující testy
CM SPR MOT ESL STA CLL
Subdoligranulum variabile kokoidní, pleomorfní
tyčky - - + - -
Anaerofilum tyčky, dlouhé - + NT - -
Faecalibacterium tyčky - - + V -
Ruminococcus* kokoidní buňky - - V V V
Clostridium cellulosi tyčky + + + + +
Clostridium leptum tyčky + - V - -
Clostridium sporosphaeroides tyčky + - - - -
* druhy R. albus, R. bromii, R. callidus
Treponema putidum
Obligátně anaerobní, orální spirocheta, pohyblivá, asacharolytická, proteolytická, růst je stimulován 1-10% humánního nebo fetálního bovinního sera, dříve pravděpodobně určována jako Treponema denticola.
Význačné vlastnosti
kyselá fosfatáza, β-galaktosidáza, β-glukosidáza pozitivní
kataláza, β-glukuronidáza, N-acetylglukosaminidáza negativní
Výskyt
léze (periodontitida, akutní nekrotizující ulcerativní gingivitida)
Rozlišovací metody (od ostatních orálních treponem)
enzymatické aktivity (API ZYM)
bičíky (počet, velikost, umístění)
sekvencování genu pro 16S rRNA
SDS-PAGE
Veillonella montpellierensis
Gramnegativní koky nebo kokoidní buňky, jednotlivě, v párech nebo v řetízcích, striktně anaerobní, nesporulující, nepohyblivé, tvoří nepigmentující, drobné kolonie na Columbia agaru.
Význačné vlastnosti
oxidáza, ureáza negativní
netvoří kyselinu z většiny cukrů, indol
nehydrolyzuje eskulin, želatinu
redukuje nitráty
citlivý ke kanamycinu, metronidazolu
rezistentní k vankomycinu, colistinu
Výskyt
humánní klinický materiál (plodová voda, žaludeční šťáva)
Rozlišovací metody
sekvencování 16S rDNA
SDS-PAGE
analýza mastných kyselin
Vysvětlivky:
Ace = utilizace acetamidu; AGL = a-glukosidáza; aPHS = alkalická fosfatáza; Ara = utilizace arabinózy; ARS = arylsulfatáza; BGA = β-galaktosidáza; BGL = β-glukosidáza; BGR = β-glukuronidáza; CAT = kataláza; Cit = utilizace citrátu; CLL = hydrolýza celulózy; CM = buněčná morfologie; C10 = růst při 10 °C; C20 = růst při 20 °C; C37 = růst při 37 °C; C41 = růst při 41 °C; C42 = růst při 42 °C; C45 = růst při 45 °C; C50 = růst při 50 °C; ESL = hydrolýza eskulinu; FIM = fimbrie; GAL = kyselina z galaktózy; Gal = utilizace galaktózy; GEL = hydrolýza želatiny; GGAL = růst v mediu s galaktózou; GLU = kyselina z glukózy; Glu = utilizace glukózy; IND = tvorba indolu; Ino = utilizace inositolu; KAS = hydrolýza kaseinu; LAC = kyselina z laktózy; LAR = leucin arylamidáza; LEC = lecitináza; MAN = kyselina z manitolu; Man = utilizace manitolu; McC = růst na MacConkeyově agaru; MLT = kyselina z maltózy; Mlt = utilizace maltózy; MLZ = kyselina z melezitózy; Mne = utilizace manózy; MOT = pohyblivost; 5% NaCl = růst v 5% NaCl; NO3 = redukce nitrátů; O2 = tolerance ke kyslíku; PYR = pyrrolidonyl arylamidáza; PYZ = pyrazinamidáza, Rha = utilizace rhamnózy; Sal = utilizace salicinu; sCAT = semikvantitativní kataláza; Sor = utilizace sorbitolu; SPR = tvorba spór; STA = hydrolýza škrobu; SUC = kyselina ze sacharózy; Suc = utilizace sacharózy; TEL = redukce teluričitanu; THA = thalium acetát; TRE = kyselina z trehalózy; Tre = utilizace trehalózy; TWE = hydrolýza Tweenu 80; URE = ureáza; XAN = hydrolýza xantinu; XYL = kyselina z xylózy; Xyl utilizace xylózy; + = 90-100% pozitivních reakcí; (+) = 80-90% pozitivních reakcí; +sl. = slabě pozitivní reakce; V = 20-80% pozitivních reakcí; (-) = 10–20% pozitivních reakcí; - = 0–10% pozitivních reakcí; NT = netestováno, CCM = Česká sbírka mikroorganismů, Brno
Zdena Páčová
† Vlastimil Štětina
Česká sbírka mikroorganismů
Přírodovědecká fakulta
Masarykovy univerzity, Brno
Charakteristika rizikových skupin 1 až 2 dle patogenity mikroorganismů
1 Mikroorganismy, u nichž je malá pravděpodobnost, že vyvolají onemocnění lidí nebo zvířat.
2 Mikroorganismy, které mohou být příčinou onemocnění lidí a/nebo zvířat. Existuje proti nim obvykle účinná profylaxe a způsobená onemocnění jsou léčitelná.
? Údaje o patogenitě nejsou známy.
Poznámka šéfredaktora
V průběhu sazby tohoto čísla jsme se dozvěděli smutnou zprávu o úmrtí spoluautora příspěvku, dr. Vlastimila Štětiny. RNDr. Vlastimil Štětina se narodil 12. dubna 1958 v Kroměříži. Vystudoval Přírodovědeckou fakultu Masarykovy Univerzity v Brně, obor anorganický chemik a od roku 1984 pracoval jako výzkumný pracovník v Lachemě v Brně na vývoji všech Mikro-La-Testů. Při zkoušení STAPHYtestů jsme byli spolu často v kontaktu, a jsem přesvědčen, že to, jak lze pomocí STAPHYtestů dobře identifikovat, je především jeho zásluha.
Když bylo vývojové oddělení v Lachemě v roce 1999 zrušeno, přešel dr. Štětina do České sbírky mikroorganismů PřF MU v Brně (CCM), kde pracoval jako odborný pracovník se zaměřením na využití SDS-PAGE pro identifikaci bakterií a to především u stafylokoků. V rámci servisních služeb, poskytovaných CCM, měl na starosti výrobu, propagaci a distribuci
kontrolních kmenů na želatinových discích. S dr. Zdenou Páčovou připravovali i „Novinky v taxonomii“, které pravidelně v našem časopise otiskujeme.
Vlastík byl člověk velice skromný, nenápadný, až do svého konce nikoho nezarmoutil. Svěřené úkoly plnil vždy na sto procent. Tak pracoval i poslední den před svou smrtí. Zemřel nečekaně ve spánku 23. srpna, ve svých 47 letech.
Sbohem kamaráde, je nám to moc líto. A děkujeme Ti za vše co´s pro mikrobiologii vykonal.
Za všechny kolegy a přátele Petr Petráš