Zprávy CEM (SZÚ, Praha) 2006; 15(3-4): 138 – 142.
Dominantní činnost
Národních referenčních laboratoří -
Centrum epidemiologie a
mikrobiologie - v roce 2005
![]()
Major
activities of the National Reference Laboratories of the Centre of epidemiology
and microbiology
in 2005
Desetiřádková sdělení vypracovali vedoucí jednotlivých
NRL, jako součást zpráv o činnosti za rok 2005.
NRL pro streptokoky a
enterokoky
V rámci evropského projektu pokračovala surveillance závažných onemocnění vyvolaných S. pyogenes v ČR. Izoláty S. pyogenes byly typovány klasickým sérologickým postupem a genetickou - emm typizací. Emm typizace, která byla po akreditaci ČIA zavedena do rutinní praxe NRL, umožnila získání výsledků u více než 99% kmenů. Emm data byla poskytnuta do evropské databáze sledující prevalující emm typy pro přípravu multivalentní vakcíny. Znalost emm typu umožnila sledování klonů a subklonů kmenů S. pyogenes metodou MLST.
Nebylo přerušeno monitorování sérotypů S. pneumoniae s cílem ověření účinnosti PNCRM7. Byly shromážděny podklady pro vývoj metod sledujících specifické oblasti genů pro faktory virulence S. pneumoniae a zpřesňujících stanovení etiologické diagnózy. Pokračovala standardizace latexaglutinačních metod pro stanovení titru ASO protilátek v ČR.
1.
program
virologické surveillance ARI v ČR a jeho zkvalitňování
2.
aktuální
situace na poli ARI – každotýdenní zprávy
3.
přednášková
činnost pro praktické lékaře
4.
konzultační
den pro spolupracovníky z terénu
5.
izolace,
identifikace a antigenní analýzy chřipkových kmenů z ČR
6.
vedení
sbírky kmenů a příprava prototypových sér
7.
aktivní
účast v programu WHO – Globální program surveillance chřipky
8.
aktivní
účast v evropském systému European Influenza Surveillance Scheme
9.
molekulární
diagnostika respiračních virů
10.
podíl na
výuce atestantů
11.
příprava
a zkvalitňování diagnostiky chřipky A(H5N1)
NRL pro nechřipkové
respirační viry
1.
program
virologické surveillance ARI v ČR a jeho zkvalitňování
2.
spoluúčast
na týdenních zprávách aktuální situace na poli ARI
3.
přednášková
činnost a laboratorní demonstrace pro atestanty z lékařské mikrobiologie
(připraveny stručné texty „Přehled nechřipkových respiračních virů“)
4.
konzultační
den pro spolupracovníky z terénu
5.
zkvalitnění
sérologické diagnostiky Mycoplasma
pneumoniae
6. zkvalitňování rychlé diagnostiky nechřipkových respiračních virů
7.
posuzování
funkční způsobilosti pro in vitro diagnostika (RSV, Mycoplasma pneumoniae)
8. NRL je zapojena do mezinárodní spolupráce evropského systému surveillance
(EISS), kde je sledován a hlášen i výskyt
RSV
NRL pro zarděnky,
spalničky, parotitidu a parvovirus B19
Příprava s vyhodnocení EHK – sérologie zarděnek, spalniček a příušnic.
Akreditace laboratoře podle ČSN EN ISO/IEK
NRL pro chlamydie
Referenční činnost: Příprava a vyhodnocení EHK – sérologie chlamydií.
Diagnostika chlamydiových infekcí u pacientů s onemocněními DCD, očí, kloubů
, močových cest. (sérologické a molekulárně-biologické metody). Konfirmace a i
nterpretace nejasných laboratorních nálezů. Výzkum: Grant IGA 1A8259-3/04:
„Vývoj metody průkazu DNA C. pneumoniae
a C. trachomatis pomocí
real-time PCR“. Akreditace laboratoře podle normy
NRL pro
toxoplasmózu
Laboratoř se akreditovala u ČIA podle ISO
NRL pro enteroviry
V laboratoři jsou vyšetřovány stolice, likvory a výtěry od pacientů všech věkových skupin na přítomnost poliovirů a ostatních enterovirů. Případům akutních chabých paréz u dětí do 15 let věku je věnována mimořádná pozornost, každý pozitivní případ výskytu polioviru je konfirmován v RRL v Helsinkách pro určení výskytu divokého, či oslabeného polioviru. Sledujeme a vyšetřujeme vzorky odpadních vod ve vnějším prostředí v krajských městech a ve vybraných utečeneckých táborech.
Stanovujeme hladinu protilátek proti enterovirům.
NRL pro antibiotika
1. Účast v Národním programu pro antibiotickou politiku při MZ ČR, vedení pracovní skupiny Surveillance antibiotické rezistence bakterií v ČR
2. Národní organizace a koordinace projektu EARSS (European Surveillance Antimicrobial Resistance System), organizovaného EC, DG Sanco (http://www.szu.cz/cem/earss/cze.htm )
3. Zavádění nových a inovovaných metod fenotypového a genotypového průkazu rezistence, epidemiologie rezistence.
4. Vypracování doporučených postupů pod garancí ČLS JEP pro diagnostiku a léčbu infekcí, a pro používání antibiotik (http://www.cls.cz/projekty.htm)
5. Výzkumná práce v rámci projektů 6 rámcového programu EC (PREVIS –LSHM-CT-2003-503413) a STREP-EURO (FP-2004-LIFESCIHEALTH-5).
NRL - Česká národní
sbírka typových kultur
Hlavní náplní NRL je poskytování kultur uvedených
ve sbírkovém katalogu externím organizacím za úhradu - viz
NRL pro salmonely
1. Referenční činnost: diagnostika a sérotypizace terénních aberantních kmenů a kmenů vzácně se vyskytujících. Statistika cirkulujících sérovarů.
2. Zapojení ve dvou mezinárodních kontrolních systémech porovnávání mezilaboratorní způsobilosti (organizuje RIVM Bilthoven, Holandsko a DVI Copenhagen, Nizozemí)
3. Aktualizace dabáze salmonel pro systém celostátního hlášení EPIDAT.
4. Spolupráce s EU v rámci projektu Enter-net.
5. Výzkumný projekt zaměřený na monitorování multirezistentních salmonel včetně sledování jejich fenotypových i genotypových vlastností.
6. Udržování sbírky vzácných izolátů humánního původu
7. Spolupráce s AS SZÚ při přípravě vzorků EHK.
NRL pro yersinie
se podílela na této činnosti:
1) Stanovení titru protilátek proti Yersinia enterocolitica v séru suspektních pacientů
2) Biochemická a serotypizační diagnostika kmenů yersinií
3) Přednášková a konzultační činnost
Vzhledem k nízké frekvenci požadavků na diagnostiku yersinií připravuje se začlenění této problematiky do jiné NRL pro střevní patogeny.
NRL pro stafylokoky
V roce 2005 se NRL věnovala především referenční činnosti. Bylo diagnostikováno asi 950 kmenů stafylokoků z mikrobiologických pracovišť celé ČR. Z nich bylo i 650 kmenů S. aureus, u kterých byl sledován fagotyp a produkci základních faktorů virulence, především superantigenů. Laboratoř postupně zavádí genotypové metody. Nově bylo zavedeno zjišťování genů pro produkci enterotoxinů A – E a G – J a průkaz mecA genu u kmenů MRSA. Byla potvrzena diagnóza syndrom toxického šoku u 7 případů, NRL pomohla objasnit tři epidemie puchýřnatého onemocnění novorozenců a několik epidemií stafylokokové enterotoxikózy. Laboratoř pokračovala ve sledování genů pro produkci Pantonova – Valentinova leukocidinu metodou PCR a u 39 případů vážných kožních onemocnění byla tak prokázána příčinu. Tradičně se laboratoř věnovala i diagnostice koagulázanegativních stafylokoků, především izolátům z hemokultur.
NRL pro E. coli a shigely
se podílela na této činnosti:
1) Stanovení
verocytotoxinu u suspektních kmenů E.
coli O
2) Přednášková, konzultační a publikační činnost
3) Účast v mezinárodním systému okružních vzorků
4) Spolupráce s mikrobiologickou laboratoří v Münsteru
5) Systematická příprava na reakreditaci laboratoře
Jako Supranacionální referenční laboratoř (SRL) WHO/IUATLD se NRL pro mykobakterie zúčastnila všech aktivit sítě SRL (4 projekty ; účast v pracovních skupinách), včetně kontrol kvality (QC) pořádaných WHO a CDC Atlanta. Stejně jako v předcházejícíh letech zajišťovala provoz Informačního systému bacilární tuberkulózy (ISBT) včetně publikování Výroční zprávy o mykobakteriologické diagnostice v ČR. Spolupracovala s konzultanty oboru TRN (porovnávání databází ISBT a Registru tuberkulózy) a s Národní jednotkou dohledu nad TB při FN Bulovka. Účastnila se celoevropského programu EuroTB. Dále monitorovala výskyt multirezistentní (MDR) TB v ČR včetně provádění metody RFLP. Kmeny i jejich restrikční profily (analýza genotypu) poskytovala do mezinárodních bank a databází a zajišťovala provoz vlastní české banky MDR kmenů M. tuberculosis. Provedla studii týkající se nové varianty testu QuantiFeron TB Gold (QFN) In-Tube; v tomto směru navázala spolupráci s Českou pneumoftizeologickou společností ČLS JEP a podařilo se jí test QFN prosadit do klinické praxe.
NRL-VH prováděla centrálně povinná konfirmační vyšetření HCV
a HBV pro transfúzní službu a vyžádaná konfirmační vyšetření pro laboratoře
vyšetřující markery virových hepatitid. NRL-VH připravila a vyhodnotila celkem
6 sérií kontrolních vzorků pro systém externího hodnocení kvality (EHK) pro
markery HBV, HAV a screeningové HIV, HBV, HCV. NRL-VH vyhodnotila výsledky 3
zkušebních běhů externí kontroly kvality stanovení HBV DNA a HCV RNA a od r.
2006 zařazuje dvě série pro uvedené markery do standardní nabídky EHK.
NRL-VH úspěšně prošla mezinárodními kontrolami kvality pro
sérologii virových hepatitid A-E
(INSTAND, SRN) a stanovení nukleových kyselin NAT (EDQM, EU). NRL-VH pracuje v režimu akreditované
laboratoře (ČIA) podle ČSN
Pokračování programu surveillance invazivních
meningokokových onemocnění (IMO) v ČR. Rutinní používání molekulárních metod
(MLST, PCR), zajišťující provádění molekulární epidemiologie IMO v ČR.
Zhodnocení aktuální epidemiologické situace, doporučení dovozu tetravakcíny
A+C+Y+W135 do ČR. Charakterizace kmenů N. meningitidis klasickými i
molekulárními metodami. Bezkultivační průkaz N. meningitidis, H.
influenzae a S. pneumoniae z klinického materiálu. Monitoring
citlivosti ve spolupráci s NRL pro ATB. Aktualizace programu surveillance
IMO – poskytnuto MZ ČR. Vyšetřování antimeningokokových baktericidních
protilátek. Spolupráce ve 2 EU
projektech: EU-IBIS a MenNet, hlášení dat do jejich
databází. Řešení 2 projektů IGA. Publikace výsledků – celkem 10 zahraničních a
6 tuzemských publikací. NRL úspěšně prošla auditem ČIA.
NRL pro lymeskou
borreliózu
Geneticky a imunologicky jsme charakterizovali pacienty s infekcemi způsobenými Borrelia burgdorferi sensu lato a Anaplasma phagocytophilum včetně kultivací z bioptických tkání a tkáňových tekutin. Identifikovali jsme virulentní subtypy a klony pomocí přímé PCR sekvenace (DPSA) a určili kvantitu agens ve vzorcích pomocí q PCR v realném čase (qRT-PCR). Mapovali jsme výskyt těchto patogenů u pacientů, klíšťat a zvířat (ptáci, myši, lovná zvěř) a zjištˇovali promořenost v 26 lokalitách. V závislosti na procentu infikovanosti jsme určili riziko infekcí pro lidi v různých regionech ČR. V grantu "Lymská karditida" jsme popsali riziko borreliózy u ischemické choroby srdeční. Vliv borrelií a ehrlichií v etiologii chronické artritidy, encefalitidy a dalších chorob byl prokázán PCR a imunologicky (WB, ELISA, EIA) u akutních pacientů nedostatečně léčených, imunologicky deficientních, u transplantovaných osob, léčených kortikoidy apod. Studiem a diagnostikou infekcí matky a novorozenců (30 případů) bylo zjištěno realné riziko nákazou A. phagocytophilum vzhledem k rezistenci na léčbu antibiotiky penicilinové řady, užívané u gravidních žen.
Experimentální chov klíšťat byl užit pro infekce experimentálních zvířat u kterých byly zkoušeny faktory patogeneze a vakcina pro 6. rámcový EU grant BOVAC.
Byly plněny úkoly WHO, tj. izolace, typizace a uchování kmenů Borrelia z pacientů a zvířat, zavedena nová metoda qPCR k stanovení kvantity nukleotidů ve vzorcích a k zvýšení sensitivity sérologie jsme se zabývali využitím VlsE peptidu, připraveného ze sekvencí genu našich kmenů. Organizovali jsme celosvětový „NATO advanced workshop on molecular biology of spirochetes“ s účastí předních vědců.
NRL pro AIDS
Referenční činnost – konfirmační testy, identifikace nových případů HIV/AIDS v ČR, monitorování průběhu infekce a sledování rezistence na ART u HIV infikovaných osob.
Epidemiologická surveillance HIV, aplikace metod molekulární epidemiologie, monitoring výskytu HIV/AIDS v ČR. Metodická a kontrolní činnost – školení, semináře, přednášky, příprava a hodnocení systému EPJ, účast v mezinárodních systémech posuzování kvality. Výzkumná činnost – řešení grantu IGA MZ ČR reg.č. NR 7843-3, vývoj metod subtypizace a zjišťování rezistence izolovaných kmenů HIV-1 na ART. Publikační činnost – www stránky s aktuálními informacemi o výskytu HIV/AIDS v ČR, odborné a populárně naučné publikace. Pedagogická činnost pre a postgraduální. Mezinárodní spolupráce – řešení programu EU/WHO „EuroHIV“ a „Europe HIV resistance“.
NRL – centrum pro
analýzu epidemiologických dat
Spolupráce s HS při zajišťování monitoringu výskytu infekčních onemocnění v ČR. Podíl na přípravě legislativy závazné pro ČR po vstupu mezi členské země EU. Spolupráce v surveillance sítích infekčních nemocí v rámci EU (BSN = Basic Surveillance Network, Enternet – hlášení salmonelóz, kampylobakterióz a VTEC, EFSA - European Food Safety Authority – analýza výskytu zoonóz) a WHO (polio, spalničky a další infekce v rámci HFA 21). Pravidelné zpracovávání hlášení OOVZ do časopisu Zprávy CEM, vypracovávání týdenních a měsíčních zpráv o epidemiologické situaci v ČR. Spolupráce s ECDC formou aktivit v pracovních skupinách pro problematiky Case definition, Annual report a další. Participace na přípravě a uskutečnění simulačních cvičení EU v problematice varioly a influenzy. Zajištění provozu monitoru ARI, ILI a návaznost na Flunet a další informační systémy včetně evropských (EISS) v oblasti respiračních onemocnění. Spolupráce při zajišťování programů pro export STD z registru pohlavních nákaz do BSN.
NRL pro dezinfekci a sterilizaci
NRL je zkušební laboratoří CEM č. L 1206.4 akreditované podle ČSN EN ISO/IEC 17025. Obdržela Osvědčení o účasti v externím hodnocení kvality č. 165/2005 a Certifikát správné diagnostiky č. 165/2005 zaměřený na kvalitu sterilizačních procesů, platné jsou do 31.12.2006.
Připravila odborné posudky a stanoviska pro MZ ČR a jiné organizace. Formou placených expertíz hodnotila účinnost dezinfekčních prostředků, účinnost sterilizátorů. Posuzovala napadení různých objektů houbami a doporučovala postupy dezinfekce. Hodnotila odolnost materiálů k dezinfekčním prostředkům, mikrobicidní účinnost materiálů a citlivost mikroorganizmů k dezinfekčním prostředkům. Zavádí nové testovací metody. Metodicky vede hygienickou službu a pracovníky provádějící dezinfekci a sterilizaci v rámci pregraduální, postgraduální výchovy a rekvalifikací. Spolupracuje při zavádění novinek z oboru do praxe se Společností pro nemocniční hygienu, IPVZ Praha, NCO NZO Brno, Sdružení DDD, byl uspořádán Konzultační den v DDD. Rozsáhlá je konzultační a publikační činnost.
NRL pro dezinsekci a
deratizaci
NRL je
akreditována podle ČSN EN ISO/IEC 17025.
Formou placených expertiz, ověřovala účinnost přípravků pro ochrannou
dezinsekci a deratizaci, které byly schvalovány ve smyslu zákona č. 120/2002
Sb. o podmínkách uvádění biocidů na trh.
Formou placené expertizy se podílela e ověřování účinnosti nového odvšivovacího přípravku ve smyslu
zákona 129/2003 Sb. o léčivech. Podílela se na metodickém vedení a zajišťování
odborné způsobilosti pro výkon v ochranné DDD, podle zákona č. 258/2000 Sb. Redakčně se
podílí se vydávání časopisu „Dezinfekce, dezinsekce, deratizace“. Laboratpř se
podílela na vzdělávání pracovníků státní správy v dezinsekci a
deratizaci, spolupracovala s orgány státní správy při snižování zdravotních rizik
vyplývajících z výskytu epidemiologicky a hygienicky významných živočichů Podílí se na přípravě VII. konference DDD
2006 s mezinárodní účastí a zajistila
Konzultační den DDD 2005 .
Z NRL pro přímou
diagnostiku bakterií, virů a cizorodých buněk pomocí elektronové mikroskopie.
Zavedli jsme diferenciální diagnostiku patogenů pomocí imunosorbentní elektron-mikroskopické metody, která rychle zhodnotí přítomnost, virů, bakterií, parazitů dle morfologie nebo je druhově identifikuje při použití monoklonálních protilátek Bylo pokračováno ve vyšetřování tkáňových tekutin, tkání, výtěrů, stolic a moče pacientů. Metody jsou kontrolovány přímou účastí v External Quality Assessment Scheme Electron Microscopy (EQA-EM). Byly testovány chřipkové vakciny, dále byly prokázány Caliciviry a Rotaviry u kojenců a Picornaviridae v likvoru jako příčina úmrtí. Studium tkání (bioipsie srdce, synovia, kůže a autopsie mozků) potvrdilo možnou infekční etiologii chronické ischemické nemoci, akrodermatitid, meningoencefalopatii. Borrelia garinii v koinfekci s Anaplasma phagocytophilum byla prokázána v srdci při chronické kardiomyopatii a samotná A. phagocytophilum při akutní endokarditidě a v placentě při potratu v 36 týdnu. Koinfekce byla prokázána i v tkáních zvířat. X-ray mikroanalýza a spektrální analýza prokázala adsorbci zinku borreliemi. Transport Zn2+ se děje pomocí genu Borrelia oxydative stres system-regulator BosR Regulačním proteinem kotrolovaným tímto genem je zřejmě 66 kDa protein, jehož množství se s množstvím Zn2+ zvyšuje. BosR nepotřebuje Fe2+.
Byly organizovány semináře,
konzultace a kurz. Laboratoř se úspěšně účastnila akreditačního řízení podle
dvou norem.
NRL pro leptospiry
Dominantní činnost NRL je dána smlouvou mezi SZÚ a MZ. Spočívá hlavně v přípravě a výrobě živých antigenů pro diagnostické účely vlastní a pro potřeby sérologické diagnostiky leptospirózy v laboratořích hygienické a veterinární služby v ČR. V NRL je udržován genofond Národní sbírky leptospirových kultur. Zde vyrobená hyperimunní séra jsou využívána k externímu hodnocení kvality (EHK) a úrovně rutinní diagnostiky v terénních laboratořích ZÚ i pro diagnostiku a konfirmaci klinického materiálu v NRL pro spolupracující pracoviště z léč. prev. složky. V rámci sledování přírodní ohniskovosti leptospirózy byla ve spolupráci s KHS Brno vyšetřována mikromammalia z oblastí epizootií a oblastí s výskytem endemických hantavirů. Další vzájemná spolupráce pokračuje při vyšetřování a výrobě vakcín s a.s. Sevapharma Praha a Bioveta Ivanovice. Kromě metodické spolupráce s pracovišti HS a soukromými laboratořemi provádí NRL přednáškovou, doškolovací, konzultační, konziliární a publikační činnost v dané problematice a celorepublikový monitoring nákazy.
NRL pro herpetické viry
Referenční činnost: Příprava a a vyhodnocení EHK – sérologie
EBV, HSV, VZV, identifikace virů. Expertízy – posouzení diagnostické účinnosti souprav
EIA-VIDITEST anti EA-D EBV IgG (Vidia) a EIA-EBV EA-D IgG (TestLine).
Akreditace laboratoře podle ČSN EU
Diagnostická činnost: přímý a nepřímý průkaz infekce HSV, VZV, CMV, EBV, HHV6 a HHV8 u imunodeficientních, neurologických, a hematologických pacientů.
Publikace: 1 v zahraničním časopise + 1 přijatá do tisku, 5 článků v českých časopisech. 1 poster na evropské a 1 na celosvětové konferenci.
NRL pro hemofilové
nákazy
1) Monitorování vlastností kmenů izolovaných v mikrobiologických laboratořích.
2) Spolupráce při zajištění surveillance programu invazivních onemocnění způsobených
Haemophilus influenzae b v České republice.
3) Stanovení hladiny protilátek v sérech vůči Haemophilus influenzae b metodou ELISA.
4) Účast na postgraduální výchově ( poskytování konzultací a stáží ).
5) Spolupráce se zahraničním ústavem Centre for Infections, Haemophilus Reference
Laboratory, London, UK ( projekt EU-IBIS ).
Podle zpráv o činnosti jednotlivých NRL sestavili
RNDr. V. Rupeš, CSc.
CEM-SZÚ
Ing. M. Juskanin
Oddělení biostatistiky
a informatiky, SZÚ