Některé změny, které se přímo dotýkaly SZÚ, však nebyly příliš úspěšné. V roce 2008, pod vedením ředitele MUDr. Milana Bořka, proběhla reorganizace ústavu, který byl rozdělen na Centrum laboratorních činností a Centrum odborných činností, v němž se zpracovávala odborná stanoviska a připravovaly části národní legislativy týkajících se ochrany veřejného zdraví. Tato transformace se však minula účinkem, a naopak s sebou přinesla neefektivnost a roztříštěné vedení. Bez sjednocující koncepce probíhala součinnost obou center pouze na základě neformální spolupráce z minulosti, a nebyla tedy dlouhodobě udržitelná. Organizační struktura byla vrácena do původního stavu až o 3 roky později současnou ředitelkou ústavu Ing. Jitkou Sosnovcovou.

Změny organizačních struktur, klesající počet zaměstnanců ani snižující se finanční podpora ze státního rozpočtu však neměly za následek zhoršení kvality činností ani publikovaných výstupů. Důkazem mohou být čtyři následující příklady.

1. V porovnání s rokem 2004, kdy byl otištěn přibližně každý osmý článek v impaktovaném časopise, to byl v roce 2011 již každý třetí.

2. SZÚ pravidelně získává granty na preventivní a vědecko-výzkumnou činnost a dotace, ať už získané přímo či přes Evropskou unii, například prostřednictvím Integrovaného operačního programu. V poslední době to byly kupříkladu dotace na projekty Modernizace informačního systému hlášení infekčních nemocí (NEW EPIDAT), Modernizace a vybavení Národní referenční laboratoře pro výrobky určené pro styk s potravinami a pro výrobky pro děti do 3 let nebo grant na výzkum meningitidy. Posledně jmenovaný projekt, na kterém se podílela MUDr. Pavla Křížová CSc., MUDr. Jitka Kalmusová a RNDr. Martin Musílek, PhD., získal nejvyšší ocenění od vědecké rady Interní grantové agentury Ministerstva zdravotnictví České republiky, a to Cenu ministra zdravotnictví za rok 2008.

3. Ústav splnil očekávání médií a laické veřejnosti během celosvětové epidemie virové onemocnění SARS (Syndrom náhlého selhání dýchání) v roce 2003 a při vypuknutí ptačí chřipky o několik let později, kdy jeho pracovníci poskytovali informace a rady jak postupovat při snaze o vyhnutí se nákaze.

4. Jako poslední důkaz kvality odborných pracovníků SZÚ může posloužit i fakt, že počet spolupracujících center WHO zůstal téměř nezměněn.

V současnosti je ústav klíčovou institucí pro veřejný zdravotnický systém v České republice. V rámci SZÚ působí několik desítek národních referenčních center, laboratoří a pracovišť, která zajišťují větší část laboratorních, ale i hodnotících činností spojených s ochranou veřejného zdraví. Pracovníci ústavu zajišťují výuku v různých stupních vzdělávacího systému (který zahrnuje pregradualní, postgraduální, specializační a celoživotní studium) a rovněž se podílejí na zdravotnické osvětě prostřednictvím různým marketingových aktivit (pořádání seminářů, tisk odborných materiálů apod.). Dokladem světové úrovně ve vědecko-výzkumné činnosti je členství v řadě mezinárodních organizací a zapojení pracovníků ústavu do desítek projektů evropských i globálních institucí.