ECDC - projekt HERA, SZÚ

Posílení národní infrastruktury s cílem zvýšení kapacity celogenomové sekvenace (whole genome sequencing – WGS) a “diskriminačních” RT PCR s ohledem na národní připravenost na pandemii Covid-19 v ČR.

Název projektu: Posílení národní infrastruktury s cílem zvýšení kapacity celogenomové sekvenace (whole genome sequencing – WGS) a “diskriminačních” RT PCR s ohledem na národní připravenost na pandemii Covid-19 v ČR.

Grant číslo: ECDC/HERA/2021/004 ECD.12218

Doba trvání projektu: 03/09/2021 do 30/9/2022

Zdroj financování: Evropské středisko pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC)

Grant: Grant/2021/PHF/23776

Název výzvy: Enhancing Whole Genome Sequencing (WGS) and/or Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) national infrastructures and capacities to respond to the Covid-19 pandemic in the European Union and European Economic Area

Příjemce: Státní zdravotní ústav

Přidružené subjekty:

Zdravotní ústav se sídlem v Ostravě
Zdravotní ústav se sídlem v Ústí nad Labem
Ústav molekulární a translační medicíny LF UP
Ústav molekulární genetiky Akademie věd České republiky
Přírodovědecká fakulta UK BIOCEV
Biologické centrum Akademie věd České republiky
Centrum infekčních nemocí zvířat, Fakulta tropického zemědělství, Česká zemědělská univerzita v Praze

Projekt „Posílení národní infrastruktury s cílem zvýšení kapacity celogenomové sekvenace (whole genome sequencing – WGS) a “diskriminačních” RT PCR s ohledem na národní připravenost na pandemii Covid-19 v ČR“ byl financován grantem GRANT/2021/PHF/23776 Evropského střediska pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC).

Cíle projektu:

Cílem projektu je vytvoření udržitelné a efektivní vysokokapacitní infrastruktury pro posílení celogenomové sekvenace (WGS), investicí do specifických přístrojů, investicí do nástrojů reálných i virtuálních, a tak umožnit mapování šíření variant SARS-CoV-2 prostřednictvím automatizace procesů WGS. Nezbytnou součástí je vytvoření šablon umožňujících automatizovaný výstup pro Orgány ochrany veřejného zdraví v ČR i v rámci mezinárodních struktur (ECDC/WHO).

Cíle projektu jsou:

Posílení kapacity laboratoří investicí do robotického systému pro přípravu sekvenačních knihoven umožňujících automatizaci přípravy vzorků pro WGS.
Vybudování kapacity pro ukládání sekvenčních dat a centralizovaného automatizovaného systému pro analýzu získaných dat (datové úložiště na SZÚ).
Zvýšení kapacity systému rychlé detekce variant (mutací) zavedením metod zahrnující kombinaci PCR a MassARRAY analýzy (posílení kapacit a přesnosti diskriminačních PCR).
Retrospektivní analýza vzorků z kritické fáze epidemie, reprezentativní populační průzkum lidské populace na podzim 2021.
Vypracování metodiky pro poloautomatizaci procesu generování pravidelných zpráv národním úřadům pro veřejné zdraví, středisku ECDC.

Ke splnění cílů projektu povede:

k posílení pandemické připravenosti ČR obecně - nejen pro Covid-19
k vytvoření základní infrastruktury pro molekulární epidemiologii
ke zkvalitnění hlášení infekčních nemocí do etablovaných mezinárodních struktur
k integraci molekulární a celogenomové surveillance v rámci národního a mezinárodního epidemického šetření ohnisek nákazy vyvolaných i dalšími infekčními agens, včetně zoonotických
k naplnění strategického rámce ECDC „One Health“

Kontakt:

Hlavní řešitelka projektu:

RNDr. Helena Jiřincová, tel.:267082421, e-mail: helena.jirincova@szucz

Semináře a workshopy:

Seminář/Workshop	Heslo
Jak se čte genom koronaviru	b%@B6R+X
Výměna zkušeností - příprava knihoven, vyhodnocení vzorků, výpadky primerů v důsledku mutací	Dq7Z=D6b
Fylogenetické analýzy v kostce	1*4SSwf$
Webinář NRL pro chřipku	$2#HyU5t
HERA Odborný bioinformatický seminář
Webinář NRL pro chřipku	!7%j01@=
Webinář NRL pro chřipku	4Jx@L=j.