Sérotypizace Streptococcus pneumoniae v kultivačně negativním klinickém materiálu se provádí metodou multiplex PCR. Celý test zahrnuje 5 PCR multiplexů obsahujících primery hybridizující se sekvencemi obsaženými v genomu 25 sérotypů, které se jako původci IPO vyskytují nejčastěji (podle dat surveillance IPO 2011 – 2013, NRL/STR, pokrývá 91% původců IPO v uvedeném období). Test obsahuje sérotypově specifické primery (typy 3, 1, 14, 4, 19A, 8, 10A, 23F, 19F, 23A,  17F ve výsledkovém protokolu se uvádí sérotyp označení, např. sérotyp 3 ), další primery mohou být specifické pro séroskupinu (6, 18, 24, ve výsledkovém protokolu se uvádí séroskupina číslo, např. séroskupina 24) nebo zkříženě hybridizují se sekvencemi obsaženými v genomu více než jednoho sérotypu (7F/7A, 9N/9L, 9V/9A, 22F/22A, 11A/11D, 6C/6D, 15A/15F, 12A/12F/44/46, 35F/47F, ve výsledkovém protokolu se uvádí výčet možných sérotypů oddělených lomítkem, první uvedený sérotyp je vždy ten nejčastěji zastoupený a tedy nejpravděpodobnější). Pokud není sérotyp touto metodou určen a je detekována DNA S. pneumoniae, může se jednat o sérotyp, který není obsažen v žádném z multiplexů, ale také o netypovatelný kmen, případně může být ve vzorku obsažena koncentrace DNA, která nedosahuje limitu detekce.

Při sérotypizaci izolátů S. pneumoniae se stále používá Quellung test k úplnému dourčení sérotypu, pokud však není izolát k dispozici, není přesné dourčení sérotypu vždy možné.