NRC je zaměřeno na studium toxinogenních vláknitých mikroskopických hub a jimi produkovaných mykotoxinů v potravinách a biologickém materiálu. Zavádí, validuje příslušné mykologické a analytické metody (kultivační, PCR, HPTLC, HPLC, ELISA). NRC poskytuje výzkumné a vědecké zázemí studii MYKOMON v rámci monitoringu dietární expozice MZSO, vědeckou a výzkumnou podporu OOVZ, podílí se na posuzování nových hygienických limitů pro mykotoxiny v potravinách, na expertizní, legislativní, konzultační, přednáškové a publikační činnosti v  uvedené oblasti. Pořádá konzultační dny - školicí akce a spolupracuje na postgraduálním vzdělávání OOVZ. NRC,  je aktivní na mezinárodní úrovni.