Činnost NRL pro geneticky modifikované potraviny je zaměřena na sledování výskytu GMO a GM potravin na trhu v ČR, zavádění a validaci metod pro detekci a stanovení GM potravin a potravinových surovin (PCR, RT-PCR, ELISA). V tzv. "GMO bance" jsou shromažďovány a uchovány referenční vzorky GMO pro potřebu laboratorní detekce a stanovení pro ČR. NRL je zázemím pro realizaci specializovaného monitoringu GMO a GM potravin - studie GENOMON. NRL je členem Evropské sítě laboratoří pro GMO (ENGL) a aktivně spolupracuje s referenční laboratoří Společenství (CRL) v oblasti validace a ověření validovaných metodik detekce vybraných GMO a GM potravin pro potřebu ochrany veřejného zdraví. NRL je zapojeno do rezortní a mezirezortní spolupráce. S činností NRL souvisí také expertizní, výzkumné, publikační  a vzdělávací aktivity.