Pro řízení NAP je na základě ustanovení čl. 17 Organizačního řádu Ministerstva zdravotnictví zřízena mezioborová a mezisektorová centrální koordinační skupina, která je poradním orgánem ministra zdravotnictví.

Členy CKS NAP jmenuje a odvolává ministr zdravotnictví na základě písemného návrhu jednotlivých subjektů, které tito členové reprezentují.

Činnost CKS NAP se řídí jednacím řádem.

Náklady na činnost CKS NAP jsou hrazeny z rozpočtu Státního zdravotního ústavu, v jehož prostorách se pravidelně jednou za měsíc konají zasedání CKS NAP. Členové CKS NAP nemají nárok na finanční odměnu za výkon funkce.