SKAP je součástí organizační struktury České lékařské společnosti J. E. Purkyně („ČLS JEP“). Pro činnost NAP reprezentuje expertní zázemí v oblasti antimikrobních léčiv a antibiotické rezistence, zejména v agendě doporučených postupů nezávislých na farmaceutickém průmyslu (konsensus používání antibiotik, léčba a profylaxe vybraných skupin infekcí, prevence a kontrola antibiotické rezistence), a také v oblasti odborných podkladů pro kategorizaci antimikrobních léčiv (volná a vázaná antibiotika).
SKAP formuluje zásady národní antibiotické politiky, které jsou oponovány odbornými společnostmi a konsensuálně garantovány ČLS JEP. Sdružuje experty delegované odbornými společnostmi v oborech lékařská mikrobiologie, hygiena a epidemiologie, klinická farmakologie, klinická farmacie, infekční lékařství, dětské lékařství, praktické lékařství pro děti a dorost, všeobecné praktické lékařství. Členy SKAP jsou koordinátoři evropských projektů (např. „EARS-Net“, „ESAC“, „IPSE“, „ABS International“ atd.) organizovaných Evropským centrem pro prevenci a kontrolu nemocí („ECDC“) a Generálním ředitelstvím Evropské komise pro zdraví a ochranu spotřebitele („DG SANCO“), zástupci veterinární medicíny a národní zástupce pro agendu antibiotické rezistence pro ECDC.