To se někdy může projevit zvýšenou teplotou, zarudnutím v místě vpichu (lokální reakce)  nebo celkovými příznaky podobnými chřipkovému onemocnění (celkové reakce).

Tyto reakce jsou očekávané, přesto mají být sledovány a hlášeny ošetřujícímu lékaři, který vyhodnotí jejich závažnost.

Nežádoucí účinky léčivého přípravku (vakcíny) se hlásí Státnímu ústavu pro kontrolu léčiv.

Nejzávažnější reakce na očkování (anafylaxe, anafylaktický šok) jsou velmi vzácné, jejich výskyt je mnohonásobně nižší než výskyt komplikací nebo úmrtí na onemocnění, proti kterému očkujeme.

Anafylaktický šok se může objevit 10 - 30 minut po očkování, proto je důležité, aby očkovaný jedince setrval po aplikaci očkovací látky ještě 30 minut v čekárně.

Množství ochranných protilátek po očkování může v průběhu života klesat (vyvanutí imunity), takže v případě kontaktu s infekčním agens může dojít k onemocnění i u osoby, která byla v minulosti očkována. Proto je nutné některá očkování v pravidelných intervalech opakovat i v dospělosti.