Ve veterinární oblasti jsou zřízena certifikovaná pracoviště veterinárních antibiotických středisek, která mají v náplni činnosti diagnostiku původců infekčních onemocnění zvířat a následné monitorování stavu jejich rezistence. Řízení činnosti VS je v kompetenci Státní veterinární správy a Národní referenční laboratoře pro antimikrobiální rezistenci, která spolupracuje zejména s Národní referenční laboratoří pro salmonely (při Státním veterinárním ústavu Praha) a Národní referenční laboratoří pro kampylobaktery (při Státním veterinárním ústavu Olomouc). Systém veterinárních referenčních laboratoří je napojen na Centrální referenční laboratoř pro antimikrobiální rezistenci v Kodani.