31. prosince 1949 zanikla funkce odborného ředitele ústavu i funkce jeho náměstka. Ústav jako celek po stránce administrativní a hospodářské spravoval ředitel, odpovídající za tuto činnost přímo ministerstvu zdravotnictví. Ústav se členil na pět odborů. Každý odbor měl v čele přednostu, který řídil svůj odbor po odborné stránce samostatně a v tomto ohledu byl přímo podřízen ministerstvu zdravotnictví. Pokud šlo o administrativní a hospodářskou správu, byl přednosta odboru podřízen řediteli hlavního ústavu. Odbory se členily na oddělení, ta se skládala z laboratoří jako základních pracovních jednotek.

Ředitelem Státního zdravotnického ústavu a zároveň přednostou odboru II. pro zkoumání výživy, poživatin a předmětů potřeby byl prof. MUDr. Vilém Hons, přednostou odboru I. pro výzkum a kontrolu životního prostředí prof. MUDr. Miloš Kredba, přednostou odboru III. pro mikrobiologii a epidemiologii byl doc. MUDr. Karel Raška, přednostou odboru IV. pro zkoumání léčiv prof. PharmDr. Eduard Skarnitzl a přednostkou odboru V. pro zdravotnickou výchovu a výcvik byla MUDr. M. Klímová-Fűgnerová.

V roce 1949 se uskutečnily již léta trvající snahy vedoucích pracovníků oddělení pro výrobu léčivých sér a očkovacích látek po osamostatnění. Výrobní oddělení bylo vyjmuto ze SZÚ a od 1. dubna 1949 začalo pracovat samostatně jako Státní výrobna sér, pozdější Biogena či Sevac.

Od roku 1949 se počaly zakládat ve větších, podle tehdejší územní organizace krajských městech pobočky SZÚ. Bylo to nejprve v Přerově a Ostravě, následovaly Olomouc, Plzeň, Hradec Králové, České Budějovice, Jihlava, Opava, Ústí n. Labem, Uherské Hradiště, Liberec a další, v celkovém počtu 25.

V roce 1952 byly oběžníkem ministerstva zdravotnictví č. 30/1952 Sb. ob. ze dne 17. ledna 1952 pobočky převedeny (s účinností od 1. ledna 1952) do pravomoci národních výborů jako hygienicko-epidemiologické stanice a výměrem ministerstva zdravotnictví ze dne 4. června pak Státní zdravotnický ústav sám s účinností od 1. května 1952 zrušen. Tímtéž výměrem byly na půdě SZÚ zřízeny Ústav epidemiologie a mikrobiologie a Ústav hygieny a vyhláškou ministerstva zdravotnictví ze dne 24. dubna 1952 Státní ústav pro kontrolu léčiv. V roce 1962 přibyl k dosavadním třem ústavům ještě čtvrtý, a to Ústav hygieny práce a chorob z povolání, působící v nové budově postavené v areálu bývalého SZÚ.

1. ledna 1953 bylo převedeno veterinárně-hygienické oddělení do pravomoci ministerstva zemědělství. Výměrem ministerstva zdravotnictví z 8. září 1952, č. j. ÚZV 243/1393/52 byly zřízeny samostatné ústavy pro zdravotnickou osvětu a organizaci zdravotnictví, které byly umístěny mimo areál SZÚ.

Existence samostatných ústavů trvala až do roku 1971, kdy byly ústavy spojeny v jeden společný Institut hygieny a epidemiologie (IHE). Jeho ředitelem se stal prof. MUDr. František Janda. V roce 1980 ho v této funkci vystřídal akademik Bohumír Rosický.

Institut měl tato pracoviště: centrum hygieny obecné a komunální, centrum hygieny dětí a dorostu, centrum hygieny výživy, centrum hygieny záření, centrum hygieny práce a nemocí z povolání, centrum epidemiologie a mikrobiologie, centrum potravinových řetězců, pracoviště mikrobiologie tuberkulózy, oddělení nehodovosti, oddělení matematické statistiky a programování, oddělení elektronové mikroskopie, oddělení vědecko-technických informací, přípravna půd a umývárny, laboratoř pokusných zvířat aj. V institutu bylo ministerstvem zdravotnictví zřízeno 35 národních referenčních laboratoří, dále v něm pracovalo pět mezinárodních spolupracujících center Světové zdravotnické organizace (WHO).