Zdravotní ústav za války (1939-1945/9)
Činnost Státního zdravotního ústavu v období let 1939-1945 výstižně charakterizoval doc. MUDr. František Vaníček v prvním poválečném čísle Zpráv , které vyšlo 26. května 1945: Dnem 14. března 1939 přestal být Státní zdravotní ústav v Praze ústavem Československé republiky. Slovensko vytvořilo ústav vlastní, ale nevyrábělo séra a očkovací látky.
Státní zdravotní ústav se dostal po obsazení českých zemí v roce 1939 pod kontrolu německé zdravotní správy. Koncem roku 1940 byl zbaven ředitelského místa prof. Pelc. Začátkem roku 1941 převzal vedení ústavu profesor německého hygienického ústavu dr. Pesch. Zemřel v květnu 1941. Na jeho místo nastoupil opět Němec doc. Schubert, do té doby přednosta oddělení pro biologickou kontrolu léčiv SZÚ.
V roce 1942 bylo v ústavu zřízeno veterinární oddělení s laboratořemi pro vyšetřování masa a mléka. Německé běsnění po atentátu na Heydricha v roce 1942 se nevyhnulo ani SZÚ. Za heydrichiády byli popraveni čtyři lékaři - prof. Pelc, doc. Strimpl, dr. Bouček a dr. Klíma. Několik zaměstnanců bylo odvlečeno do koncentračních táborů.
Rok 1943 byl rokem velkého rozšiřování sérové výroby, aby mohlo být německé armádě dodáváno ve velkém množství difterické sérum a Behringovým závodům sérum proti plynaté sněti. Z velkého rozmachu výroby sér měla však německá říše nepatrný užitek. Zásoby protitetanových a protigangrenózních sér byly využity během květnového povstání v roce 1945.
Prvním poválečným ředitelem SZÚ se stal prof. MUDr. Vilém Hons.