cz
SARS-CoV-2
RNDr. Helena Jiřincová
Vyšetřování SARS-CoV-2 v NRL pro chřipku, SZÚ
NRL pro chřipku a nechřipkové respirační viry
Situace se v zásadě nemění, převažuje varianta delta s výskytem subvariant
Na základě dat z diskriminační PCR za posledních 14 dnů a dat z celogenomové sekvenace SARS-CoV-2 za srpen je zřejmé, že v České republice přetrvává dominance varianty delta, v rámci které narůstá podíl jejích subvariant, souhrnně označovaných jako delta +. Výskyt těchto subvariant hlásí i zahraničí. Této skutečnosti odborníci v některých zemích připisují nárůsty pozitivně testovaných. V Česku takový vývoj zatím data neukazují.
Celý článek 31. srpen 2021 | Tisková zpráva
Stále dominuje varianta delta včetně subvariant
Dle výsledků vyšetření metodou diskriminační PCR z celkem 72 laboratoří napříč Českou republikou převažuje varianta delta přibližně v 95 % pozitivních vzorků. Na všechny ostatní varianty, včetně dříve dominantní varianty alfa, připadá kolem 1 % záchytů. Celogenomové sekvenace za srpen pak ukazují podíl původní varianty delta zhruba 77 %. Na subvarianty delty, obecně označované jako delta +, připadá aktuálně zhruba 20% nálezů.
Celý článek 24. srpen 2021 | Tisková zpráva
Delta dominuje. Cestovatelé zřejmě dovezli nové linie viru, jde zatím o jednotky případů
Z kombinovaných dat z diskriminační PCR za posledních 14 dnů a celogenomové sekvenace pozitivních vzorků SARS-CoV-2 za červenec je zřejmé, že stále přetrvává dominance varianty delta, a to z 95 procent. V souvislosti s prázdninovým cestováním zřejmě dochází i k minoritním importům jiných linií viru. Tato skutečnost je nová, celkem 8 zachycených vzorků pochází z více laboratoří a příslušnost k variantě definitivě určí až celogenomová sekvenace.
Celý článek 16. srpen 2021 | Tisková zpráva
Delta v ČR téměř vytlačila ostatní varianty covid-19, laboratoře zachytily subvariantu delty
V ČR je jasně patrná narůstající dominance varianty delta a postupná eliminace všech dalších variant. V rámci diskriminačních PCR lze vyslovit podezření na detekci varianty delta až u 97 % vzorků. Dříve dominantní alfa nyní zabírá méně než 4 % vzorků. Nově sekvenace definovala subvariantu delty, označovanou AY.3, a to zpětným zkoumáním starších vzorků novým algoritmem.
Celý článek 10. srpen 2021 | Tisková zpráva
Varianta delta v ČR dominuje, ale šíření viru naráží na bariéru očkování a imunity po prodělaném onemocnění
Relativně malý počet pozitivních detekcí viru při současné dominanci varianty delta lze přisoudit i účinnosti vakcinace a také přetrvávající imunitě těch, kteří covid-19 prodělali. Na základě kombinovaných dat z diskriminační PCR za posledních 14 dnů a celogenomové sekvenace SARS-CoV-2 pozitivních vzorků z července se potvrdila dominance varianty delta na území ČR, a to z 90 procent.
Celý článek 3. srpen 2021 | Tisková zpráva
Varianta delta je v ČR dominantní z 80 - 90 procent
Dle kumulativních celorepublikových dat dostupných za poslední dva týdny bylo v 71 laboratořích napříč Českou republikou vyšetřeno celkem 2186 SARS-CoV-2 pozitivních vzorků a určena příslušnost k variantě viru. Na základě kombinovaných dat z celogenomové sekvenace a diskriminačního PCR lze konstatovat, že varianta delta dominuje na celém území ČR, a to z 80 – 90 %. Nově evidujeme také podezření na záchyt případů delta plus varianty, která se dosud v ČR potvrdila pouze v jediném případě. Toto podezření na další výskyt musí ještě potvrdit sekvenace.
Celý článek 26. červenec 2021 | Tisková zpráva
Varianta delta v ČR dominuje
Na základě výsledků z celorepublikově hlášených dat z diskriminačních PCR za poslední dva týdny lze říci, že varianta delta je celoplošně dominantní a to ze 70 až 80 procent. Nově byl zachycen výskyt delta+ (AY.1.) varianty v Jihomoravském kraji. Jde o jediný záchyt v ČR. Britská varianta, která byla dominantní v minulosti, je nyní zastoupena zhruba z 10 procent, jihoafrická a brazilská varianta se vyskytují ojediněle.
Celý článek 19. červenec 2021 | Tisková zpráva
Státní svátky znamenaly malý počet vzorků k sekvenaci
Vzhledem k aktuálně nízkému počtu pozitivních vzorků s ohledem na víkend prodloužený navazujícími státními svátky se počty zachycených variant v ČR výrazně oproti minulé zprávě nemění. Z diskriminačních PCR, která má Národní referenční laboratoř (NRL) k dispozici vyplývá, že podíl varianty delta roste. Data ovšem nelze přímou úměrou označit za číslo procentuálního plošného výskytu sledovaných variant v daných krajích ani obecně mezi nakaženými koronavirem v české populaci.
Celý článek 12. červenec 2021 | Tisková zpráva
Výskyt delta mutace COVID-19 se v ČR se mírně zvyšuje
Ke dni 2. 7. 2021 bylo za ČR osekvenováno a do GISAID vloženo 4 830 celogenomových sekvencí. V týdnu od 28. 6. do 2. 7. laboratoře prokázaly celkem 6 nových případů mutace delta z nově osekvenovaných 22 vzorků, a to čtyři případy v Jihomoravském kraji a dva v Praze.
Celý článek 3. červenec 2021 | Tisková zpráva
WGS - DISKRIMINATIVNÍ PCR v České republice
Prezentace s údaji o strategii WGS, souhrny údajů z WGS, přehledy variant zjištěných v České republice v roce 2021 a dalšími.
Celý článek 25. červen 2021 | RNDr. Helena Jiřincová
VYUŽITÍ SEKVENACE A PCR PŘI SLEDOVÁNÍ VIRU SARS-COV2
Sekvenace je důležitá pro sledování změn viru SARS-COV2 v čase . Výsledkem sekvenačního procesu je „přečtení celého genomu viru“. Celý proces zpracování vzorku od příjmu k nám do NRL až po získání výsledku přiřazeného k pacientovi trvá 20-30 dní (viz schéma). K této době přispívá to, že jsou vzorky do NRL sváženy, zpracovávány v poču po 94 a předávány do dalších sekvenačních center.
Celý článek 16. červen 2021 | RNDr.HelenaJiřincová
SARS-CoV-2: metodický pokyn zajištění vzorků pro celogenomovou sekvenaci
Zpráva NRL
Celý článek 18. březen 2021 | RNDr. Helena Jiřincová NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění
SARS-CoV-2: metodický pokyn sledování variant a klíčových mutací
Informace NRL, k 18.3.2021: Metodický pokyn sledování variant a klíčových mutací
Celý článek 18. březen 2021 | RNDr. Helena Jiřincová NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění
Surveillance variant/mutací SARS-CoV-2 v ČR
Prezentace NRL pro ECDC.
Celý článek 6. březen 2021 | Helena Jiřincová, Alexander Nagy
Celogenomové sekvence (WGS) SARS-CoV-2 v ČR k 5.3.2021
Souhrnné údaje o počtu celogenomových sekvencí (WGS) SARS-CoV-2 v ČR.
Celý článek 6. březen 2021 | RNDr. Helena Jiřincová, Národní referenční laboratoř pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění
