cz
Delta v ČR téměř vytlačila ostatní varianty covid-19, laboratoře zachytily subvariantu delty
V ČR je jasně patrná narůstající dominance varianty delta a postupná eliminace všech dalších variant. V rámci diskriminačních PCR lze vyslovit podezření na detekci varianty delta až u 97 % vzorků. Dříve dominantní alfa nyní zabírá méně než 4 % vzorků. Nově sekvenace definovala subvariantu delty, označovanou AY.3, a to zpětným zkoumáním starších vzorků novým algoritmem.
„Subvarianta delta, kterou vědci označili AY.3, zatím v praxi nenasvědčuje žádné zásadní změně průběhu onemocnění. Jedná se o zpřesnění klasifikace viru. AY.3 se zatím v ČR našla pouze v minimech případů, v 19 z celkem 773 celogenomově osekvenovaných vzorků varianty delta,“ vysvětluje ředitelka Státního zdravotního ústavu MUDr. Barbora Macková.
V období od 23. 7. do 6. 8. 2021 má NRL k dispozici data z 1787 provedených testů diskriminační PCR, které byly nahlášeny do ISIN z 66 laboratoří v ČR. Delta varianta je přítomná až v 97 procentech takto vyšetřených vzorků. Variantu alfa ukazují necelá 4 procenta. Ostatní varianty mají velmi malý podíl odpovídající méně než jednomu procentu vzorků. Varianta AY.1 (delta +) není za dané období jednoznačně detekována v žádné z laboratoří. Celkově bylo od začátku roku do 6. 8. 2021 v ČR celogenomově osekvenováno 6 155 pozitivních vzorků, v posledním týdnu pak konkrétně 376 vzorků. Také v těchto nejnovějších vzorcích dominuje delta a alfa se stává minoritní.
K celogenomové sekvenaci se bez ohledu na výsledky diskriminačních PCR posílá zhruba 10 procent vzorků, podle algoritmu nastaveného v národní molekulárně biologické strategii.
U cílené sekvenace se jedná se o případy selhání vakcinace, reinfekce, hospitalizací osob mladších 50 let věku, případy vykazující neobvyklé klinické symptomy a vzorky, které v rámci PCR diagnostiky vykazuji neobvyklé charakteristiky.
„Současně je třeba sekvenovat reprezentativní podíl všech pozitivních vzorků, bez ohledu na to, zda je již z diskriminačních PCR zřejmé, že se jedná o určitou variantu. Právě tento reprezentativní podíl vzorků umožňuje sledovat vývoj viru na území ČR. Celogenomová sekvenace pak trvá jeden až tři týdny v závislosti na logistice. Proto se i ve zprávách Národní referenční laboratoře propisují nálezy s tímto časovým odstupem. Subvarianta AY.3 byla vyhodnocena zpětnou analýzou za použití nového výpočetního algoritmu již dříve osekvenovaných vzorků. Takovou kontrolou prošly všechny pozitivní vzorky od května tohoto roku, a to v rámci sekvenační strategie a s cílem sestavení tzv. fylogenetického stromu, zjednodušeně řečeno rodokmenu všech sekvenací varianty delta, “ objasňuje vedoucí Národní referenční laboratoře RNDr. Helena Jiřincová.
V tuto chvíli také stále ještě čekáme na potvrzení či vyvrácení suspektní delty plus ve dvaceti případech, které jsme zachytili a popsali ve zprávě před dvěma týdny. Vzorky jsou analyzovány v sekvenačním centru FN Plzeň.
