Pracoviště DDD, se zabývá problematikou dezinfekce, sterilizace, dezinsekce a deratizace. Její součástí jsou Národní referenční laboratoř pro dezinfekci a sterilizaci a Národní referenční laboratoř pro dezinsekci a deratizaci. Konkrétní činnost těchto laboratoří je popsaná pod NRL/DS a NRL/DD.

Vedoucí: Ing. Jan Urban, Ph.D.

NRL/DS a NRL/DD jsou akreditovány ČIA jako zkušební laboratoře podle ČSN EN ISO/IEC 17025. Pracoviště se podílí na zkoušení způsobilosti v lékařské mikrobiologii EHK (Externí hodnocení kvality) pro oblast sterilizace. Činnost pracoviště je především zaměřena  na legislativu, testování účinnosti repelentů, dezinsekčních a dezinfekčních přípravků a zavádění nových zkušebních norem a postupů (EN, OECD, FDA, DGHM) v oblati DDD. Provádí výzkumnou, konzultační, pedagogickou a publikační činnost.