„Ačkoli s rychlým nárůstem pozitivních vzorků narůstá i tlak na laboratoře, je důležité zachovávat kontrolu nad vývojem viru. Podle aktuálního mimořádného opatření ministerstva zdravotnictví je tak cílem přetestovávat metodou diskriminační PCR maximálně 30 procent pozitivních vzorků. Stejně tak je důležité zachovat si přehled i prostřednictvím celogenomové sekvenace. Ta totiž dokáže přesně rozlišit subvarianty viru. Národní referenční laboratoř (NRL) vzhledem k velkému množství vzorků doporučuje zasílat do sekvenačních center počet dle aktuálních kapacit a pracuje na algoritmu pro výběr relevantního podílu vzorků,“ popisuje situaci ředitelka Státního zdravotního ústavu MUDr. Barbora Macková.

V období od 11. 11. do 19. 11. 2021 má NRL k dispozici data z 50 744 provedených testů diskriminační PCR z celkem 76 laboratoří. Na variantu delta včetně subvariant podle nich připadá přibližně 98 % pozitivních případů (viz tab. 1).

Za rok 2021 bylo k 19. 11. v ČR celogenomově sekvenováno 14 492 SARS-CoV-2 pozitivních vzorků. Je k dispozici celkem 1250 sekvenací s datem odběru mezi 19. říjnem a 19. listopadem. Podíl původní varianty delta ve výše uvedeném období je zhruba deset procent (9,68 %). Podíl subvarianty AY.43 dosahuje 33 procent (33,12 %).

Podíl sledované subvarianty AY 4.2 představuje v celogenomově sekvenovaných vzorcích v daném období méně než 1 %. Od 19. 10. do 19. 11. 2021 sekvenace potvrdila 8 případů AY 4.2 a celkem pak bylo v ČR potvrzeno 15 případů této subvarianty od 30. 8. 2021. Laboratoř totiž zpětně reklasifikovala už dříve sekvenované vzorky dle nového algoritmu mezinárodních databází.

Podrobná zpráva NRL je přílohou této tiskové zprávy.
 SARS CoV 2 podrobná zpráva 19. 11. 2021