Koncepce NAP předpokládá vznik regionálních koordinačních skupin NAP, jejichž úkolem je koordinace aktivit NAP na úrovní krajů, a to ve spolupráci s CKS NAP a antibiotickými středisky.

RKS NAP zajišťují na úrovni krajů analogickou činnost a funkce jako CKS NAP. Tvoří je zejména zástupci antibiotických středisek s působností na území kraje, zástupci politické reprezentace kraje pro zdravotnictví, zástupci Státní veterinární správy kraje, zástupci zdravotnických zařízení, zástupci poboček zdravotních pojišťoven a orgánů ochrany a podpory veřejného zdraví působících v kraji.