Účinnost antibiotik je vážně ohrožena narůstající a rychle se šířící rezistencí mikrobů. Za krátké období od roku 2000 došlo ke vzestupu rezistence některých významných původců infekcí až o desítky procent. Nebezpečný trend se týká většiny evropských zemí včetně ČR, kde je situace u některých mikrobů jedna z nejhorších v Evropě. Antibiotická rezistence prokazatelně způsobuje významné zvýšení mortality, morbidity i nákladů na zdravotní péči, a ohrožuje tak bezpečí pacientů i finanční udržitelnost zdravotního systému.

Příčinou vzestupu antibiotické rezistence je časté nadužívání a nesprávné používání antibiotik v humánní a veterinární medicíně, a také nedostatky v oblasti prevence a kontroly infekcí usnadňující šíření rezistentních mikrobů ve zdravotnických zařízeních i v běžné populaci.

Studie zaměřené na hodnocení kvality preskripce antibiotik, provedené v ČR od roku 2000, prokázaly vysoký podíl neadekvátního používání antibiotik v primární, ambulantní i nemocniční péči. Tato skutečnost představuje významnou hrozbu pro zachování účinnosti antibiotik v ČR. Nadbytečné náklady pro systém veřejného zdravotního pojištění jsou odhadovány nejméně na 1 miliardu Kč za rok.

Tento stav vyžaduje neodkladnou implementaci systémových, odborně kompetentních a nákladově efektivních opatření na národní, regionální i lokální úrovni. Ve shodě s principy deklarovanými v Doporučení Rady EU (2002/77/ES) o obezřetném používání antimikrobiálních látek v lékařství a v Doporučení Rady EU ze dne 9. června 2009 o bezpečnosti pacientů včetně prevence a kontroly infekcí spojených se zdravotní péčí (2009/C 151/01) byl proto ustanoven komplexní, mezisektorový a mezioborový program, zahrnující humánní i veterinární oblast - Národní antibiotický program.

Prevence a kontrola antibiotické rezistence je nákladově efektivní. Uvážlivé používání antibiotik a účinná kontrola infekcí vedou ke zlepšení kvality zdravotní péče a zvýšení bezpečnosti pacientů při současné úspoře nákladů. Ustanovení NAP proto naplňuje požadavek hledání významných úspor uvnitř zdravotního systému, zejména v situaci, kdy jsou zdroje veřejného zdravotního pojištění omezené.