Struktura NAP zahrnuje složky s řídící, koordinační a výkonnou funkcí, a to na národní, regionální a lokální úrovni.

Hlavní organizační složky NAP jsou následující:

Centrální koordinační skupina NAP

Regionální koordinační skupiny NAP

Antibiotická střediska

Veterinární antibiotická střediska

Subkomise pro antibiotickou politiku

Národní referenční laboratoř pro antibiotika

Sekretariát NAP