Pro administrativní a organizační podporu činnosti NAP je ve Státním zdravotním ústavu („SZÚ") v souladu s usnesením vlády č. 595 zřízen Sekretariát Národního antibiotického programu, který spadá do přímé řídící kompetence ředitelství SZÚ.

a)   SNAP zajišťuje zejména administrativní, koordinační a organizační podporu činnosti Centrální koordinační skupina NAP, podporu realizace akčních plánů NAP, odborných projektů garantovaných NAP včetně informačních a vzdělávacích kampaní.

b)   SNAP zprostředkovává komunikaci mezi organizačními jednotkami NAP.

c)   SNAP vede přehled antibiotických středisek.

d)   SNAP zajišťuje administrativní podporu programů surveillance garantovaných NAP.

e)   SNAP připravuje výroční zprávy NAP a provádí redakci jeho internetových stránek.

f)    SNAP se podílí na mezinárodní spolupráci v rámci zaměření a činnosti NAP. Podle potřeb aktuálního akčního plánu zodpovídá SZÚ za adekvátní personální, finanční a technické zabezpečení činnosti SNAP.