Jakost vody pro koupání posuzuje Krajská hygienická stanice podle vyhlášky č. 238/2011 Sb. Tato vyhláška stanoví hygienické limity ukazatelů jakosti vody v koupalištích, hygienické požadavky na jejich vybavení, čištění, úklid, desinfekci, úpravu, obměňování a recirkulaci vody v bazénech umělých koupališť. Dále určuje četnost i rozsah kontrolních rozborů vody.
Kontrola jakosti vody musí být zahájena krátce před předpokládaným počátkem koupací sezóny. V průběhu tohoto období se kontrolní odběry provádějí jednou měsíčně, tam kde lze očekávat zvýšené množství sinic jednou za 14 dní, v případě zhoršené kvality vody nebo podezření na zhoršení lze četnost odběrů zvýšit.

a) Povrchové vody využívané ke koupání bez provozovatele (tzv. koupací oblasti).
Při překročení limitů, kdy hrozí ohrožení zdraví, je Krajská hygienická stanice (KHS) povinna vydat zákaz koupání, není však povinna dohlížet na jeho dodržování. Je věcí každého návštěvníka pláže, zda vezme na vědomí údaje o nevhodnosti vody ke koupání a bude zákaz respektovat. KHS zveřejňuje zákaz koupání vyvěšením na úřední desce místně příslušné obce s rozšířenou působností a na úředních deskách všech obcí tvořících jeho správní obvod.

b) Přírodní koupaliště
Provozovatel nechává kontrolovat kvalitu vody v akreditovaných nebo autorizovaných laboratořích. Za hodnocení kvality vody je odpovědný sám, ale protože výsledek rozboru posílá Krajské hygienické stanici (KHS), ta může v případě nedodržení limitních hodnot nařídit větší četnost kontroly vody v koupališti, jestliže jakost vody nedává záruku dodržení požadavků stanovených nebo povolených podle § 6 zákona č. 258/2000 Sb., a dobu provádění takových kontrol. KHS může také zakázat používání vody v koupališti a to i jen pro některé skupiny obyvatel.

c) Ostatní vodní plochy
Na ostatních vodních plochách je koupání „na vlastní nebezpečí“, kvalita vody zde není nikým sledována a neprovádějí se žádné laboratorní rozbory.