V  České republice není po stránce legislativní dostatečně vytvořen regulovaný systém pro nakládání s odpady ze zdravotnických zařízení od vzniku odpadu až po jeho zneškodnění. Nakládání se řídí obecnými právními předpisy pro odpadové hospodářství (viz též sekce Legislativa těchto webových stránek) a vybrané části nakládání řeší předpisy v oblasti zdravotnictví. První analýza oblasti produkce a nakládání s tímto odpadem byla zpracována v letech 2003 až 2004 v Realizačním programu pro odpady ze zdravotnictví. Realizační program byl realizován na základě Nařízení vlády ČR č. 197/2003 Sb. o Plánu odpadového hospodářství ČR, který vstoupil v účinnost jako významný dokument doplňující stávající právní úpravu odpadového hospodářství v  ČR. Základním cílem zpracování Realizačního programu ČR pro odpady ze zdravotnictví bylo vytvořit strategický dokument, který bude podchycovat souvislosti při vzniku a zneškodňování odpadů ze zdravotnictví a poskytne základní údaje o možnosti ovlivnění produkce a zneškodňování tohoto odpadu pro všechny subjekty, které s tímto odpadem nakládají. Z analytické části Realizačního projektu vyplynuly nejen závažné nedostatky v celém cyklu nakládání s odpady včetně nedostatečné evidence odpadů, ale i nedostatek informací o jednotlivých tocích odpadu. Závěry Realizačního projektu proto jednoznačně stanovily pro plnění cílů POH v této oblasti nejen zpracování legislativních a metodických opatření, ale i zpracování projektu zaměřeného na studie v oblastech, které nejsou dostatečně zmapovány. Státní zdravotní ústav tento projekt v současné době realizuje.

V roce 2007 byl Státním zdravotním ústavem vypracován technický podklad pro Metodické doporučení k nakládání s odpady ze zdravotnických zařízení a jim podobných zařízení. Metodické doporučení bylo uveřejněno ve Věstníku MŽP, částka 9, září 2007.

V návrhu novely zákona o odpadech  jsou ustanovení, která upravují nakládání s odpady ze zdravotnických zařízení.