Ke dni 1. září 2009, v souladu s Usnesením vlády České republiky ze dne 4. května 2009 č. 595 o ustanovení Národního antibiotického programu, bylo v SZÚ zřízeno nové pracoviště – Sekretariát Národního antibiotického programu (SNAP).

Toto pracoviště bude zejména poskytovat administrativní a organizační podporu Koordinační skupině Národního antibiotického programu (KS NAP) a prakticky realizovat jednotlivé priority Akčního plánu NAP.

Dále bude mimo jiné:
- Koordinovat přípravu a realizaci odborných projektů garantovaných NAP;
- Podporovat informační kampaně a intervenční a vzdělávací aktivity NAP;
- Zprostředkovávat komunikaci a předávání informací mezi organizačními jednotkami NAP (lokální, regionální, centrální);
- Administrativně podporovat programy surveillance ve spolupráci s Národní referenční laboratoří pro antibiotika a Pracovní skupinou pro monitorování rezistence.

V souvislosti s výše uvedeným usnesením vlády uložila Porada vedení Ministerstva zdravotnictví ČR Státnímu zdravotnímu ústavu (SZÚ) vytvořit organizační, personální a technické zázemí pro realizaci Národního antibiotického programu (NAP) a připravit podmínky pro zajištění koordinace priorit NAP s Ministerstvem zemědělství ČR a Státní veterinární správou ČR.
Hlavním cílem těchto aktivit je zajištění dlouhodobě dostupné a bezpečné antibiotické léčby pacientů s infekčními onemocněními.