Sekretariát centra

• Akreditační pracoviště CEM (AP CEM) ()
• Národní referenční centrum pro infekce spojené se zdravotní péčí (MUDr. Vlastimil Jindrák)
• Laboratoř bakteriální genetiky (prof. RNDr. Alexandr Nemec, Ph.D. et Ph.D.)
• Národní referenční laboratoř pro lymeskou borreliózu (RNDr. Kateřina Kybicová, Ph.D.)
• Národní referenční laboratoř pro mykobakterie (Ing. Věra Dvořáková, PhD.)

1.1.1. Oddělení epidemiologie infekčních nemocí (MUDr. Jan Kynčl, PhD., MUDr. Jitka Částková, CSc.)

1.1.2. Oddělení bakteriálních vzdušných nákaz (MUDr. Jana Kozáková, Mgr. Zuzana Okonji)

1.1.3. Oddělení bakteriální rezistence na antibiotika a Sbírka kultur
(RNDr. Vladislav Jakubů, Ph.D., RNDr. Renáta Kolínská, Ph.D.)

1.1.4. Oddělení respiračních, střevních a exantematických virových nákaz (MUDr. Radomíra Limberková)

1.1.5. Oddělení sexuálně přenosných nemocí - STI (MUDr. Hana Zákoucká, RNDr. Vratislav Němeček, CSc.)

1.1.6. Oddělení zoonóz s přírodní ohniskovostí (RNDr. Petr Kodym, CSc., RNDr. Zuzana Kurzová)

1.1.7. Oddělení DDD (Ing. Jan Urban, Ph.D., MUDr. Věra Melicherčíková, CSc.)

1.1.8. Oddělení pro přípravu půd a umývárny (Ing. Dagmar Štětinová)

1.1.9. Oddělení stafylokokových a alimentárních bakteriálních infekcí
(, Mgr. Ondřej Daniel)