Formuluje dlouhodobou strategii NAP a jeho akční plány, navrhuje nezbytné zdroje a podmínky jejich realizace, dohlíží na tuto realizaci včetně projektů řešených v rámci jednotlivých bodů akčního plánu a hodnotí jejich výsledky.

Podílí se na přípravě legislativního a metodického zajištění činnosti NAP.

Ve spolupráci se Subkomise pro antibiotickou politiku ČLS JEP (SKAP), formuluje zásady národní antibiotické politiky včetně doporučených postupů a podporuje jejich implementaci. Koordinuje spolupráci institucí, organizací a dalších subjektů zainteresovaných v oblasti používání antibiotik, prevence a kontroly antibiotické rezistence.

Koordinuje informování a vzdělávání odborné i laické veřejnosti v oblasti uvážlivého používání antibiotik a antibiotické rezistence nezávisle na farmaceutickém průmyslu. Zajišťuje distribuci informací o činnosti a prioritách NAP.

Vydává výroční zprávu o činnosti NAP, kterou předává ministru zdravotnictví, ministru zemědělství a zveřejňuje ji na internetových stránkách NAP. Výroční zpráva obsahuje detailní informace o plnění jednotlivých bodů akčního plánu a její součástí jsou rovněž výstupy surveillance antibiotické rezistence a spotřeby antibiotik v humánní i veterinární oblasti.