Celogenomová sekvenace v ČR - týdenní zprávy

Celý článek 6. únor 2023 | RNDr. Helena Jiřincová, MUDr. Radomíra Limberková

V diskriminačních PCR testech převažují subvarianty omikronu BA.4 nebo BA.5 již ze 75 %

Národní referenční laboratoř (NRL) pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění SZÚ hlásí od minulého týdne další výrazný nárůst v zastoupení zachycené specifické mutace L452R, která ukazuje na šíření subvariant BA.4 nebo BA.5. Jde o mezitýdenní nárůst z 53 procent v týdnu od 13. do 19. 6. na téměř 75 % v týdnu do 26. 6. 2022. Vývoj naznačují i data z celogenomové sekvenace, kdy lze vidět nárůst jak BA.4, tak především BA.5. Tento nárůst je pozvolnější s ohledem na časovou prodlevu, plynoucí z doby nutné pro provedení sekvenací.

Celý článek 27. červen 2022 | Tisková zpráva

Diskriminační PCR testy zaznamenaly ve vzorcích razantní nárůst záchytu mutace L452R, která ukazuje na šíření subvariant BA.4 nebo BA.5

Národní referenční laboratoř (NRL) pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění SZÚ hlásí výrazný posun oproti předchozímu týdnu v zastoupení zachycené specifické mutace L452R. Jde o mezitýdenní procentuální skok ze zhruba 8 procent vzorků vyšetřených diskriminační PCR (8,27 %) v týdnu od 6. do 12. 6. na více než 53 procenta (53,2 %) v týdnu od 13. do 19.6.  Tento posun lze s největší pravděpodobností přičíst nárůstu subvariant omikronu BA.4/BA.5, který ale zatím není potvrzený celogenomovou sekvenací. 

Celý článek 20. červen 2022 | Tisková zpráva

SARS CoV-2 podrobná zpráva ke dni 28. 2. 2022

NRL, oddělení epidemiologie infekčních nemocí a oddělení biostatistiky pravidelně analyzují data a poskytují MZČR i laboratořím týdenní přehledový dokument, jehož cílem je monitorovat šíření variant SARS-CoV-2, které se na území ČR vyskytují, poskytovat informace o nových potenciálních i reálných rizicích v souvislosti s šířením a evolucí viru SARS-CoV-2, poskytovat metodické pokyny vyšetřujícím laboratořím a poskytovat další kvalitativní i kvantitativní informace s cílem připravit na datech založené poklady pro laboratorní šetření a adekvátní nastavení protiepidemických opatření v ČR. Zpráva je Vám k dispozici zde.

Celý článek 1. březen 2022 | Petra Prouzová

Nedostupnost aktuálních dat ke COVID-19 z důvodu technického výpadku

Celý článek 28. únor 2022 | Štěpánka Čechová

SARS CoV-2 podrobná zpráva SZÚ 21. 2. 2022

Pravidelná týdenní podrobná zpráva ke sledování vývoje SARS-CoV-2 na území ČR. V období od 13. 2. do 21. 2. 2022 (dle data odběru) má NRL k dispozici data 32 151 provedených testů diskriminační PCR z 57 laboratoří.  K 21. 2. 2022 bylo v ČR celogenomově sekvenováno 29 698 SARS-CoV-2 pozitivních vzorků, zdrojem jsou interní data NRL a mezinárodní platforma GISAID. V této databázi je zveřejněno celkem 1 621 sekvenací s datem odběru vzorku mezi  21. lednem a 21. únorem . Zjištěné údaje a grafy jsou rozpracovány v této zprávě.

Celý článek 22. únor 2022 | RNDr. Helena Jiřincová

SARS CoV-2 podrobná zpráva SZÚ 14. 2. 2022

Národní referenční laboratoř, Oddělení epidemiologie infekčních nemocí a Oddělení biostatistiky pravidelně analyzují data a poskytují MZČR i laboratořím tento týdenní přehledový dokument, jehož cílem je monitorovat šíření variant SARS-CoV-2, které se na území ČR vyskytují, poskytovat informace o nových potenciálních i reálných rizicích v souvislosti s šířením a evolucí viru SARS-CoV-2, poskytovat metodické pokyny vyšetřujícím laboratořím a poskytovat další kvalitativní i kvantitativní informace s cílem připravit na datech založené poklady pro laboratorní šetření a adekvátní nastavení protiepidemických opatření v ČR.

Celý článek 14. únor 2022 | RNDr. Helena Jiřincová

NRL doporučuje odběry PCR pro zjištění infekce SARS-CoV-2 provádět současně z nosu i krku

V České republice zůstává zcela dominantní variantou omikron, jehož výskyt přesahuje 95 procent všech pozitivních vzorků. Variantu BA.2 dosud celogenomová sekvenace potvrdila v celkem 18 případech a za poslední týden pak tvoří zhruba  procento suspektních, neboli dosud sekvenací nepotvrzených pozitivních testů. V případě infekce omikronem praxe ukazuje, že odběr pouze z nosu (nosohltanu) nemusí být pro prokázání infekce metodou PCR dostatečný a Národní referenční laboratoř (NRL) proto doporučuje provádět vždy odběr výtěrem z nosu i krku. 

Celý článek 7. únor 2022 | Tisková zpráva

Dominuje omikron, situace se vyvíjí dle předpokladů

Epidemiologická situace se v současnosti výrazně zhoršuje v nárůstu počtu infikovaných. Varianta omikron se přenáší s vyšší účinností a její podíl přesahuje plošně 95 %. Především v Dánsku a Švédsku rozšířenou subvariantu BA.2 potvrdila dosud celogenomová sekvenace v České republice v 5 případech.

Celý článek 31. leden 2022 | Tisková zpráva

Omikron je v ČR plošně dominantní, přesahuje 95% všech vzorků vyšetřených metodou diskriminační PCR

Epidemiologická situace se v současnosti výrazně zhoršuje v počtech nových případů, ale počty hospitalizovaných zatím mají klesající trend. Varianta omikron se přenáší s vyšší účinností a nyní její podíl přesahuje v České republice 95 % všech provedených testů metodou diskriminační PCR. Podezření na variantu BA.2, která v Evropě dominuje v Dánsku a Švédsku, aktuálně testy diskriminační PCR na území ČR ukazují ve 173 možných záchytech. Tyto nálezy je třeba ověřit sekvenací. Klinická praxe v zasažených zemích ale dosud nehlásí změny v průběhu onemocnění ani v počtech hospitalizací v souvislosti s touto variantou. 

Celý článek 24. leden 2022 | Tisková zpráva

Podíl varianty omikron v ČR u vyšetřených vzorků přesahuje 80 procent

V období od 9. 1. do 16. 1. 2022 (dle data odběru) má Národní referenční laboratoř (NRL) k dispozici data 40 468 provedených testů diskriminační PCR z 89 laboratoří. Varianta omikron se přenáší s vyšší účinností a k 16. 1. se její podíl pohybuje kolem 80 % vzorků vyšetřených metodou diskriminační PCR. Téměř 20 procent pozitivních vzorků pak ve sledovaném období ještě stále připadalo na variantu delta a její subvarianty.

Celý článek 17. leden 2022 | Tisková zpráva

Omikron v České republice dominuje

Podle předpokladů se varianta omikron již stala dominantní variantou na území České republiky. Přenáší se s vyšší účinností a plošně se nad hranici 50 % zkoumaných pozitivních případů v Česku dostala k 8. 1. 2022. Za následující den, tedy neděli (9. 1.), kdy data odrážejí spíše testy z laboratoří ve větších městech, a také zpravidla v neděli chodí na vyšetření méně lidí, pak podíl detekcí varianty omikron dosáhl až k hranici 79 procent (78,59%).

Celý článek 10. leden 2022 | Tisková zpráva

Varianta omikron bude zřejmě do deseti dnů v ČR dominovat

V období od 25. 12. 2021 do 3. 1. 2022 má Národní referenční laboratoř (NRL) k dispozici data 18 323 provedených testů diskriminační PCR ze 74 laboratoří. Na variantu delta (včetně subvariant AY.x) z nich připadá přibližně 85 % případů. Podezření na variantu omikron se týká celkem 1 642 případů, což představuje zhruba 15 %. Dle vývoje lze předpokládat, že varianta omikron bude do zhruba deseti dnů v České republice dominovat.

Celý článek 4. leden 2022 | Tisková zpráva

Počet hlášených případů omikronu v Evropě už zhruba čtyřnásobně překonal Jihoafrickou republiku

K 17. prosinci 2021 je ve světě celogenomovou sekvenací potvrzeno a nahlášeno do mezinárodních systémů 7 697 případů varianty omikron. Jde o zhruba 500% nárůst oproti minulému týdnu. V české republice šlo k 17. 12. o celkem 6 potvrzených případů, a to 2 z Libereckého a 4 z Jihomoravského kraje. Celkově pak na našem území stále převažuje varianta delta a její subvarianty.

Celý článek 20. prosinec 2021 | Tisková zpráva

Všechna podezření na nákazu variantou omikron se musí prověřovat metodou celogenomové sekvenace

Výskyt původní varianty delta klesl v celogenomově sekvenovaných vzorcích pod tři procenta a na území České republiky dominují subvarianty delty. Národní referenční laboratoř (NRL) k dnešnímu dni nesekvenuje žádný další pozitivní vzorek s podezřením na omikron. Celkově bylo ve světě k 10. 12. 2021 nahlášeno do mezinárodních platforem 1 555 případů omikronu, z toho 525 záchytů pochází z Jihoafrické republiky a například Velká Británie zapsala 450 záchytů.

Celý článek 13. prosinec 2021 | Tisková zpráva

SARS-CoV-2: metodický pokyn zajištění vzorků pro celogenomovou sekvenaci

Zpráva NRL

Celý článek 18. březen 2021 | RNDr. Helena Jiřincová NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění

SARS-CoV-2: metodický pokyn sledování variant a klíčových mutací

Informace NRL, k 18.3.2021: Metodický pokyn sledování variant a klíčových mutací

Celý článek 18. březen 2021 | RNDr. Helena Jiřincová NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění

SARS-COV-2: incidence 20I/501Y.V1 na Trutnovsku – Náchodsku a v Praze v 1.KT 2021

 Mimořádná zpráva NRL.

Celý článek 10. únor 2021 | Helena Jiřincová, NRL pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění, Jan Pačes, Oddělením genomiky a bioinformatiky, Ústav molekulární genetiky AV ČR

Doporučené mlultiplex PCR soupravy pro detekci mutaci charakterizující emergentní varianty SARS-CoV-2

Zpráva NRL

Celý článek 27. leden 2021 | RNDr. Helena Jiřincová, NRL pro chřipku a nechřipková respiračníá onemocnění virov

Podezření na výskyt britské varianty VUI 202012/01 (20B.YV1) v ČR

Mimořádná zpráva NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění - Britská mutace.

Celý článek 16. leden 2021 | RNDr. Helena Jiřincová, NRL pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění

Průkaz viability viru SARS-CoV-2 v NRL pro chřipku

NRL přijímá pro vyšetření standardně odebrané materiály do virologického odběrového média nebo do univerzálního transportního média pro virologické vyšetření.

Celý článek 28. srpen 2020 | RNDr. Helena Jiřincová

Vyšetřování SARS-CoV-2 v NRL pro chřipku

Vyšetřování SARS-CoV-2 v NRL pro chřipku, SZÚ

Celý článek 28. srpen 2020 | RNDr. Helena Jiřincová